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万見
- PDB-5mr0: Thermophilic archaeal branched-chain amino acid transaminases fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mr0
タイトルThermophilic archaeal branched-chain amino acid transaminases from Geoglobus acetivorans and Archaeoglobus fulgidus: biochemical and structural characterisation
要素(Putative branched-chain-amino-acid ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / Thermophilic archaea / branch-chain transaminases / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / : / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Branched-chain amino acid aminotransferase I / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / James, P. / Sayer, C. / Sutter, J.M. / Schmidt, M. / Schoenheit, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L002035/1 英国
引用ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2019
タイトル: Thermostable Branched-Chain Amino Acid Transaminases From the ArchaeaGeoglobus acetivoransandArchaeoglobus fulgidus: Biochemical and Structural Characterization.
著者: Isupov, M.N. / Boyko, K.M. / Sutter, J.M. / James, P. / Sayer, C. / Schmidt, M. / Schonheit, P. / Nikolaeva, A.Y. / Stekhanova, T.N. / Mardanov, A.V. / Ravin, N.V. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, ...著者: Isupov, M.N. / Boyko, K.M. / Sutter, J.M. / James, P. / Sayer, C. / Schmidt, M. / Schonheit, P. / Nikolaeva, A.Y. / Stekhanova, T.N. / Mardanov, A.V. / Ravin, N.V. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, V.O. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
D: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
E: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
F: Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,15032
ポリマ－194,6466
非ポリマー3,50426
水13,169731
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35940 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area53790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.210, 140.230, 168.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 290 / Label seq-ID: 1 - 290

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
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13AA
23DD
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24EE
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213EE
114DD
214FF
115EE
215FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

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Putative branched-chain-amino-acid ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT / Transaminase B


分子量: 32403.014 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: ilvE, AF_0933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O29329, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: タンパク質 Putative branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT / Transaminase B


分子量: 32631.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: ilvE, AF_0933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O29329, branched-chain-amino-acid transaminase

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非ポリマー , 6種, 757分子

#3: 化合物
ChemComp-PXG / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / 3-[[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチル]アミノ]安息香酸


分子量: 368.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N2O7P
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 50 % v/v PEG 200, 5mM gabaculine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→67.13 Å / Num. obs: 119864 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 2.07 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.249 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2eiy

2eiy


解像度: 1.98→64.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.512 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20942 6000 5 %RANDOM
Rwork0.17971 ---
obs0.18122 113796 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.134 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.98→64.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13566 0 223 731 14520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01915057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.99920558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.09551994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.03123.893732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.168152753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.02315142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.22291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02111570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.457.6947189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.09214.299041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.4769.1337868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.89876.27963149
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A193560.07
12B193560.07
21A192760.08
22C192760.08
31A193800.07
32D193800.07
41A194140.07
42E194140.07
51A193380.08
52F193380.08
61B193060.07
62C193060.07
71B193680.07
72D193680.07
81B193240.07
82E193240.07
91B192380.08
92F192380.08
101C190280.08
102D190280.08
111C190800.07
112E190800.07
121C191140.07
122F191140.07
131D192380.08
132E192380.08
141D190380.08
142F190380.08
151E192920.07
152F192920.07
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 385 -
Rwork0.337 8139 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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