PDB-5mq4: Crystal Structure of the leucine zipper of human PRKCBP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mq4

タイトル

Crystal Structure of the leucine zipper of human PRKCBP1

要素

Protein kinase C-binding protein 1

キーワード

TRANSFERASE / Leucine zipper

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of dendritic spine development / modulation of excitatory postsynaptic potential / site of DNA damage / positive regulation of dendritic spine maintenance / protein localization to chromatin / methylated histone binding / negative regulation of cell migration / dendritic shaft ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Krojer, T. / Savitsky, P. / Picaud, S. / Newman, J. / Tallant, C. / Heroven, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Filippakopoulos, P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the leucine zipper of human PRKCBP1
著者: Krojer, T. / Savitsky, P. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P.

履歴

登録	2016年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mq4.cif.gz	292.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mq4.ent.gz	241.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mq4_validation.pdf.gz	485.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mq4_full_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示
XML形式データ	5mq4_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	5mq4_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/5mq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5y06-d 6th1-d 4ilo-1 6ek4-2 5y05-d 4ilo-2 4c16-2 1072 1nay-2 5wtl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Protein kinase C-binding protein 1

B: Protein kinase C-binding protein 1

C: Protein kinase C-binding protein 1

D: Protein kinase C-binding protein 1

E: Protein kinase C-binding protein 1

F: Protein kinase C-binding protein 1

ヘテロ分子

91.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein kinase C-binding protein 1

D: Protein kinase C-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein kinase C-binding protein 1

F: Protein kinase C-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein kinase C-binding protein 1

E: Protein kinase C-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.638, 237.049, 210.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Protein kinase C-binding protein 1 / Cutaneous T-cell lymphoma-associated antigen se14-3 / CTCL-associated antigen se14-3 / Rack7 / Zinc ...Cutaneous T-cell lymphoma-associated antigen se14-3 / CTCL-associated antigen se14-3 / Rack7 / Zinc finger MYND domain-containing protein 8 分子量: 15058.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMYND8, KIAA1125, PRKCBP1, RACK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULU4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.22 %
結晶化	温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 1M ammonium sulfate -- 0.1M MES pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→64.15 Å / Num. obs: 46326 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 1.143 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→78.625 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	2344	5.07 %
R_work	0.2082	-	-
obs	0.2096	46260	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→78.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5501	0	37	1	5539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5639
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	7586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.288	3498
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7001-2.7552	0.3934	133	0.3594	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7552-2.8151	0.3499	147	0.3132	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8151-2.8806	0.3234	138	0.3034	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8806-2.9527	0.3243	139	0.2813	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9527-3.0325	0.3222	130	0.2579	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0325-3.1217	0.3251	145	0.2527	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1217-3.2225	0.2686	133	0.2492	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2225-3.3377	0.2901	128	0.2465	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3377-3.4713	0.3029	121	0.2469	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4713-3.6293	0.2214	131	0.2134	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6293-3.8206	0.2168	137	0.1892	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8206-4.06	0.1907	120	0.1744	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.3735	0.186	136	0.1601	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3735-4.8135	0.1878	149	0.162	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8135-5.5099	0.2331	163	0.1759	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5099-6.9412	0.2188	142	0.2119	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9412-78.6583	0.2044	152	0.197	2748	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6578	-5.6637	-0.7172	7.7694	0.7495	1.2405	-0.9248	-0.3648	1.1114	-0.1451	1.9578	-2.7236	-1.0493	1.2639	-0.7548	0.6608	-0.0866	-0.0527	0.5587	-0.0719	0.5852	34.7693	166.1574	87.6639
2	1.5616	-0.5821	-0.3779	4.9938	-0.722	-0.3633	-0.0708	0.0527	0.6683	0.8724	-0.1641	-2.38	-0.4959	0.0058	0.3159	0.9369	-0.1079	-0.1123	0.4356	0.1082	0.9957	39.5542	109.4311	93.9428
3	6.9859	2.3065	0.3357	5.7575	-1.8802	9.0181	-0.442	0.7767	-0.5873	-0.2768	0.1015	-0.4358	0.3214	0.018	0.2999	0.4189	-0.0279	0.0737	0.3663	-0.0599	0.3874	24.2547	65.1962	99.7723
4	-1.2114	-0.403	-0.0683	2.5127	-0.5724	-1.0593	0.0187	0.036	-0.0321	0.0291	-0.0837	1.3183	-0.0564	-0.0278	0.0727	1.127	0.0433	0.0523	0.564	-0.1646	1.2211	19.0951	126.3477	84.1378
5	9.6442	-5.0893	3.5922	6.2391	0.2772	6.6839	-0.2207	-0.5038	-0.28	0.4399	0.1981	0.104	0.3528	0.3105	0.0664	0.3164	0.0277	0.0929	0.4594	-0.0046	0.3194	32.3639	65.4281	75.0566
6	2.509	2.112	1.6421	1.979	1.1611	1.3806	0.316	1.6916	1.7698	-0.3643	-0.9682	-0.5813	0.0408	0.1888	0.7113	0.8076	0.2151	0.1035	1.3145	0.3457	0.8642	44.1792	61.8975	62.2476
7	-0.5108	-0.782	-0.0301	3.0051	0.1786	-2.7716	-0.1718	-0.0646	0.134	-0.7789	0.3756	-0.7514	-0.1359	-0.0535	-0.1263	2.1097	0.0515	0.1291	0.5243	-0.0201	0.767	31.7071	111.9835	58.4906
8	2.2549	-2.8967	-0.6825	6.1883	0.5139	3.2256	-0.0374	0.3743	-1.0363	0.233	-0.2277	1.2736	0.008	-0.8943	0.3133	0.2904	0.0186	0.0327	0.578	-0.0495	0.6239	12.8893	171.0333	65.6597
9	-0.5099	-0.4123	0.2768	2.5374	-0.9822	-0.7917	-0.2089	-0.1093	-0.0613	0.1093	0.3854	0.1029	-0.0224	-0.0426	-0.1015	1.0887	0.0488	0.0766	0.4049	0.0128	0.6848	28.7544	126.1292	93.9806
10	7.5889	-4.4675	5.9714	3.8033	-5.427	8.0445	-0.1875	-0.2032	0.6896	-0.1225	0.1209	-0.4969	0.0097	0.3075	0.0425	0.532	0.0763	0.1276	0.4799	-0.0008	0.5872	43.1637	65.6161	104.5095
11	6.9377	-5.7985	1.6966	5.9062	-1.1627	9.4702	0.2282	-0.2853	0.5514	0.8007	0.0011	1.6379	-0.9335	-1.437	-0.343	0.3815	0.016	0.1333	0.8329	-0.0799	0.5919	25.0056	78.2933	49.5754
12	0.6031	0.7311	0.5205	3.1569	2.0421	3.1711	0.0362	0.1323	-0.5496	0.6857	-0.216	0.4887	1.6528	-0.493	0.2873	1.1083	-0.1611	0.1358	0.471	-0.1302	0.8165	23.4379	141.2839	60.0663
13	5.832	3.4235	-0.8357	2.738	-2.0389	4.8995	-0.0632	0.4476	-0.1635	0.0539	0.0393	-0.2333	0.0253	0.3251	0.1328	0.3084	0.0577	0.0133	0.5025	-0.0029	0.2826	33.1156	175.6814	64.7132
14	-0.4671	0.3739	-0.0272	9.1524	0.6715	-0.5873	-0.1692	0.1234	-0.0665	0.3304	0.3583	-0.3015	-0.0295	0.0173	-0.2	1.0235	-0.0105	-0.0085	0.4273	-0.0306	0.6301	28.6595	126.5054	81.7746
15	4.2882	4.4396	4.6317	8.316	3.3334	4.7828	-0.2777	-0.1722	0.4151	-0.1471	0.1413	0.1788	-0.245	-0.7473	0.2055	0.2897	-0.0168	0.0928	0.4997	-0.0402	0.5145	14.1043	67.5745	68.1902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1002 through 1024 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1025 through 1074 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1075 through 1114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1004 through 1074 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1075 through 1114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 0 through 1005 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1006 through 1074 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1075 through 1114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1004 through 1074 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1075 through 1114 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 1004 through 1031 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 1032 through 1086 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 1087 through 1114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 1004 through 1074 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 1075 through 1114 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)