PDB-5mos: Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mos

タイトル

Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with N-amidinopiperidine

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 0.96 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mos.cif.gz	151.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mos.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mos_validation.pdf.gz	391.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mos_full_validation.pdf.gz	391.3 KB	表示
XML形式データ	5mos_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	5mos_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mneC 5mnfC 5mngC 5mnhC 5mnnC 5mnoC 5mnqC 5mnzC 5mo0C 5mo2C 5mopC 5moqC 4i8hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mor-d 1s0q-d 1o30-d 3a82-d 1c5t-d 1o3l-d 5moo-d 1bty-d 4yta-d 3unr-d 3v13-d 1c5q-d 3t25-d 3uy9-4 4i8h-d 3uy9-16 2tgd-d 1tgt-d 3uy9-7 7bs5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.903, 58.646, 67.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-D86 / [azanyl(piperidin-1-yl)methylidene]azanium 分子量: 128.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄N₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 16.0-16.5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	295	1
2	295	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PETRA III, EMBL c/o DESY	P14 (MX2)	1	0.7749
NUCLEAR REACTOR	FRM II	BIODIFF	2	2.673, 2.678

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2015年6月10日
MAATEL BIODIFF	2	IMAGE PLATE	2014年10月9日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.7749	1
2	2.673	1
3	2.678	1

反射

Entry-ID: 5MOS

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_sym value	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
0.96-42.621	132628	99.4	8.681	0.038	1	28.43
1.5-50	31665	88.7	3.1	0.11	2	7.525

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
0.96-1.02	8.412	0.566	4.3	1	98.9
1.5-1.53	2.6	0.454	2.182	2	79.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2429)	精密化
XDS		データ削減
HKL-2000		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

% reflection R_free: 5.02 % / SU ML: 0.04 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 6.54 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
0.96-27.451	X-RAY DIFFRACTION	0.1044	0.0929	0.0934	6648	132539	99.4	1	1.36
1.5-22.152	NEUTRON DIFFRACTION	0.1796	0.1663	0.167	1587	31623	88.55	2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.96→27.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1612	0	15	171	1798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3902
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.38	6663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.047	1011
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	797
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3902
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.38	6663
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.047	1011
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	281
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	797

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9603-0.9712	0.1769	209	0.1659	4089	X-RAY DIFFRACTION	98
0.9712-0.9826	0.1625	226	0.1525	4155	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9826-0.9946	0.1278	215	0.1431	4141	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9946-1.0072	0.141	191	0.1324	4167	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0072-1.0204	0.1348	239	0.1164	4144	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0204-1.0344	0.1251	218	0.1062	4161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0344-1.0492	0.0883	227	0.091	4167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0492-1.0648	0.1079	228	0.0837	4104	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0648-1.0815	0.0907	240	0.0753	4125	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0815-1.0992	0.0746	200	0.0692	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0992-1.1182	0.0679	221	0.0649	4143	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1182-1.1385	0.0748	223	0.0615	4135	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1385-1.1604	0.0688	248	0.0569	4188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1604-1.1841	0.0758	222	0.0606	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1841-1.2098	0.0742	220	0.0626	4211	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2098-1.238	0.077	233	0.0629	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.238-1.2689	0.0776	215	0.0627	4208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2689-1.3032	0.0768	214	0.064	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3032-1.3416	0.0771	230	0.0655	4166	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3416-1.3849	0.0873	198	0.0657	4213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3849-1.4344	0.0733	221	0.0681	4184	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4344-1.4918	0.0791	204	0.0669	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4918-1.5597	0.0812	221	0.0695	4208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5597-1.6419	0.0845	226	0.0706	4256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6419-1.7448	0.0809	220	0.0753	4230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7448-1.8795	0.0872	226	0.0797	4262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8795-2.0685	0.0961	238	0.0815	4256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0685-2.3677	0.1094	229	0.09	4268	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3677-2.9825	0.1158	226	0.1156	4308	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9825-27.4627	0.1572	220	0.1355	4481	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4989-1.5473	0.2637	121	0.2935	2383	NEUTRON DIFFRACTION	78
1.5473-1.6025	0.2413	136	0.2249	2505	NEUTRON DIFFRACTION	83
1.6025-1.6667	0.2324	126	0.1961	2604	NEUTRON DIFFRACTION	85
1.6667-1.7425	0.1955	143	0.1869	2625	NEUTRON DIFFRACTION	86
1.7425-1.8343	0.1881	150	0.1764	2690	NEUTRON DIFFRACTION	88
1.8343-1.9492	0.1757	150	0.1631	2682	NEUTRON DIFFRACTION	88
1.9492-2.0996	0.1828	144	0.1506	2729	NEUTRON DIFFRACTION	89
2.0996-2.3107	0.1588	155	0.1428	2696	NEUTRON DIFFRACTION	88
2.3107-2.6446	0.1466	145	0.1402	2823	NEUTRON DIFFRACTION	91
2.6446-3.3301	0.1662	165	0.1486	3008	NEUTRON DIFFRACTION	96
3.3301-22.154	0.1583	152	0.151	3291	NEUTRON DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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