[日本語] English
万見
- PDB-5mol: Human IgE-Fc crystal structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mol
タイトルHuman IgE-Fc crystal structure
要素Ig epsilon chain C region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin E / IgE-Fc / antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / type 2 immune response / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / mast cell degranulation / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Dore, K.A. / Davies, A.M. / Drinkwater, N. / Beavil, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100090 英国
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Thermal sensitivity and flexibility of the C epsilon 3 domains in immunoglobulin E.
著者: Dore, K.A. / Davies, A.M. / Drinkwater, N. / Beavil, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,75314
ポリマ－72,7102
非ポリマー3,04312
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.674, 75.782, 79.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-770-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ig epsilon chain C region


分子量: 36354.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 細胞株 (発現宿主): NSO / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01854

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 611分子

#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris HCL pH 8.5 25% PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→79.82 Å / Num. obs: 80503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 1.982 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.495 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wqr

2wqr


解像度: 1.75→79.817 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 4016 5.01 %
Rwork0.1973 --
obs0.199 80159 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→79.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4871 0 203 601 5675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9447253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2533232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006910
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.77060.37571480.40012562X-RAY DIFFRACTION99
1.7706-1.79220.45911190.38422565X-RAY DIFFRACTION99
1.7922-1.81490.38071400.37882610X-RAY DIFFRACTION99
1.8149-1.83880.4021360.35532569X-RAY DIFFRACTION99
1.8388-1.8640.4171460.35262580X-RAY DIFFRACTION99
1.864-1.89060.3471350.3282597X-RAY DIFFRACTION99
1.8906-1.91880.33531320.31122565X-RAY DIFFRACTION99
1.9188-1.94880.32011310.28762616X-RAY DIFFRACTION99
1.9488-1.98080.28251280.27432604X-RAY DIFFRACTION99
1.9808-2.01490.28781460.25562598X-RAY DIFFRACTION99
2.0149-2.05160.28121520.23452581X-RAY DIFFRACTION99
2.0516-2.0910.29521250.24072607X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.13370.28091320.23362601X-RAY DIFFRACTION99
2.1337-2.18010.28241410.22082614X-RAY DIFFRACTION100
2.1801-2.23080.23091420.2112607X-RAY DIFFRACTION100
2.2308-2.28660.23141300.2112651X-RAY DIFFRACTION100
2.2866-2.34840.25221420.2012607X-RAY DIFFRACTION100
2.3484-2.41750.25061470.20912611X-RAY DIFFRACTION100
2.4175-2.49560.23481290.19292625X-RAY DIFFRACTION100
2.4956-2.58480.25211470.19082618X-RAY DIFFRACTION100
2.5848-2.68830.22981400.19342631X-RAY DIFFRACTION100
2.6883-2.81060.22271310.18752639X-RAY DIFFRACTION99
2.8106-2.95880.21331460.18372630X-RAY DIFFRACTION100
2.9588-3.14420.25761400.18632659X-RAY DIFFRACTION100
3.1442-3.3870.19851340.17472660X-RAY DIFFRACTION100
3.387-3.72780.19721460.16562677X-RAY DIFFRACTION100
3.7278-4.26720.17241390.14992693X-RAY DIFFRACTION100
4.2672-5.37610.13971410.13342733X-RAY DIFFRACTION100
5.3761-79.89990.2231510.17072833X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8767-0.145-0.03241.4409-0.00291.74420.08040.0563-0.0845-0.0666-0.05090.05880.061-0.0367-0.00040.159-0.0206-0.02140.16370.00730.159419.1383-23.164816.541
21.85931.1928-0.35561.50410.40031.44980.05290.23360.5819-0.10430.2701-0.4088-0.7764-0.2620.04110.530.00430.09570.24690.01690.417934.7706-16.1124-6.8458
32.0679-0.23920.8741.83110.16551.65040.10870.09240.28030.0078-0.1086-0.08810.02120.0160.00060.1351-0.00540.00910.1460.02390.190538.6608-39.0834-23.8427
41.7402-0.04290.08881.06170.57561.3625-0.0586-0.1612-0.5531-0.2405-0.1422-0.03770.6094-0.1638-0.00190.4362-0.0470.01840.3313-0.01440.295916.0442-37.48436.6038
50.18330.0070.75390.14660.11331.8458-0.0562-0.21450.02120.2811-0.0547-0.06960.0237-0.3011-0.00070.29530.0001-0.00890.3094-0.0110.27497.1208-29.2026-15.2534
61.7342-0.68930.22850.8141-0.21180.81780.0096-0.09570.12770.0301-0.0217-0.0816-0.0457-0.0166-0.0020.1328-0.0251-0.00940.14430.00150.125714.3373-35.4594-30.5472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 228 through 340 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 341 through 433 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 434 through 544 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 225 through 306 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 307 through 370 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 371 through 545 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る