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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mo9 | ||||||
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タイトル | Structure of human TrkB receptor ligand binding domain in complex with the Fab frgment of antibody AB20 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Trk receptor / antibody / antigen / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 brain-derived neurotrophic factor receptor activity / trans-synaptic signaling by neuropeptide, modulating synaptic transmission / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / retinal rod cell development / peripheral nervous system neuron development / brain-derived neurotrophic factor binding ...brain-derived neurotrophic factor receptor activity / trans-synaptic signaling by neuropeptide, modulating synaptic transmission / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / retinal rod cell development / peripheral nervous system neuron development / brain-derived neurotrophic factor binding / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / mechanoreceptor differentiation / neurotrophin binding / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NTRK2 activates RAC1 / Activated NTRK2 signals through FYN / NGF-independant TRKA activation / myelination in peripheral nervous system / Activated NTRK2 signals through PI3K / glutamate secretion / feeding behavior / neuronal action potential propagation / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / central nervous system neuron development / oligodendrocyte differentiation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of anoikis / Activated NTRK2 signals through RAS / vasculogenesis / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / axon terminus / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / learning / long-term synaptic potentiation / cellular response to amino acid stimulus / neuron migration / neuron differentiation / terminal bouton / receptor protein-tyrosine kinase / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / early endosome membrane / protease binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / dendritic spine / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / early endosome / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / axon / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.594 Å | ||||||
データ登録者 | Hoerer, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Pharmacol. Exp. Ther. / 年: 2017 タイトル: Pharmaceutical Characterization of Tropomyosin Receptor Kinase B-Agonistic Antibodies on Human Induced Pluripotent Stem (hiPS) Cell-Derived Neurons. 著者: Traub, S. / Stahl, H. / Rosenbrock, H. / Simon, E. / Florin, L. / Hospach, L. / Horer, S. / Heilker, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mo9.cif.gz | 145.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mo9.ent.gz | 113.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mo9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mo9_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mo9_full_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mo9_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mo9_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/5mo9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1hcfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23675.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): Ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織 (発現宿主): Epithelium |
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#2: 抗体 | 分子量: 23931.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Epithelium / 器官: Ovary / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): Ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組織 (発現宿主): Epithelium |
#3: タンパク質 | 分子量: 16909.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment: Ligand binding domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTRK2, TRKB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16620, receptor protein-tyrosine kinase |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % / 解説: rod-shaped |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 6% w/v PEG 3350, 25 mM Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0005 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0005 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.594→37.402 Å / Num. obs: 18392 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.594→2.639 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.744 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1hcf 解像度: 2.594→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.466 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.513 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.253
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47.98 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.594→37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.11→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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