PDB-5mnh: Cationic trypsin in complex with benzamidine (deuterated sample a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mnh

タイトル

Cationic trypsin in complex with benzamidine (deuterated sample at 295 K)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.93 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2021年8月4日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mnh.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mnh.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mneC 5mnfC 5mngC 5mnnC 5mnoC 5mnqC 5mnzC 5mo0C 5mo2C 5mopC 5moqC 5mosC 4i8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1c5t-d 5moq-d 1bty-d 3uy9-16 6sy3-d 3gy4-d 5mnq-d 1anb-d 4i8h-d 5mos-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.901, 58.614, 67.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 16.5% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.93→42.618 Å / Num. obs: 145727 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.633 % / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 28.68
反射シェル	解像度: 0.93→0.99 Å / 冗長度: 8.435 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度: 0.93→27.451 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 6.37

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1012	7284	5 %	Random selection
R_work	0.0941	-	-	-
obs	0.0945	145638	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.93→27.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1612	0	20	181	1813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	2698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.841	717
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.9303-0.9408	0.1853	234	0.1728	4446	X-RAY DIFFRACTION	98
0.9408-0.9519	0.1504	240	0.1537	4564	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9519-0.9635	0.1375	238	0.1437	4519	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9635-0.9757	0.1523	240	0.1331	4548	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9757-0.9885	0.1333	239	0.121	4545	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9885-1.0021	0.1129	241	0.1127	4573	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0021-1.0164	0.0988	241	0.0984	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0164-1.0316	0.1087	240	0.0904	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0316-1.0477	0.0877	242	0.0805	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0477-1.0649	0.076	242	0.073	4597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0649-1.0832	0.0753	241	0.07	4585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0832-1.1029	0.0715	241	0.0642	4571	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1029-1.1241	0.068	240	0.0579	4562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1241-1.1471	0.068	243	0.0549	4614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1471-1.172	0.0602	240	0.0541	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.172-1.1993	0.0654	244	0.0573	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1993-1.2293	0.0721	241	0.0594	4594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2293-1.2625	0.0598	243	0.06	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2625-1.2997	0.0659	244	0.0625	4636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2997-1.3416	0.0761	242	0.0645	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3416-1.3896	0.0788	243	0.0672	4615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3896-1.4452	0.0741	243	0.0677	4618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4452-1.511	0.079	243	0.069	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.511-1.5906	0.0723	246	0.0714	4658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5906-1.6903	0.0728	245	0.0778	4667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6903-1.8208	0.0939	247	0.084	4678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8208-2.004	0.0891	246	0.0885	4671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.004-2.2938	0.0962	248	0.0932	4714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2938-2.8894	0.1183	249	0.1199	4732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8894-27.4624	0.1518	258	0.1311	4905	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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