PDB-5mnf: Cationic trypsin in its apo form (deuterated sample at 295 K)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mnf

タイトル

Cationic trypsin in its apo form (deuterated sample at 295 K)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.99 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mnf.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mnf.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mneC 5mngC 5mnhC 5mnnC 5mnoC 5mnqC 5mnzC 5mo0C 5mo2C 5mopC 5moqC 5mosC 4i8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mnz-d 5mo2-d 2zpr-2 5mnb-d 1xuh-d 1o3d-d 4d8n-d 5mor-d 1utj-d 5mnm-d 5mnp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.999, 58.623, 67.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 16% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.99→44.279 Å / Num. obs: 121717 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.681 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 27.03
反射シェル	解像度: 0.99→1.05 Å / 冗長度: 8.29 % / R_merge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度: 0.99→19.226 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 7.04

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.107	6080	5 %	Random selection
R_work	0.0961	-	-	-
obs	0.0967	121609	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.99→19.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1607	0	6	184	1797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	2555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.629	673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	341

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.99-1.0012	0.2156	198	0.1922	3760	X-RAY DIFFRACTION	98
1.0012-1.013	0.1865	199	0.1684	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.013-1.0254	0.1623	200	0.15	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0254-1.0383	0.182	202	0.138	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0383-1.052	0.1359	199	0.1161	3782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.052-1.0664	0.1196	201	0.1076	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0664-1.0816	0.1095	201	0.0974	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0816-1.0978	0.1063	201	0.089	3813	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0978-1.1149	0.1046	202	0.0794	3853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1149-1.1332	0.0802	201	0.0782	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1332-1.1528	0.0881	200	0.071	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1528-1.1737	0.0727	201	0.074	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1737-1.1963	0.092	202	0.0766	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1963-1.2207	0.078	203	0.0701	3839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2207-1.2472	0.0809	201	0.0669	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2472-1.2762	0.0722	202	0.0634	3850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2762-1.3082	0.0711	201	0.0657	3816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3082-1.3435	0.0868	203	0.068	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3435-1.383	0.0756	202	0.0709	3852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.383-1.4277	0.0804	201	0.0722	3820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4277-1.4787	0.0925	204	0.07	3872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4787-1.5379	0.0832	203	0.0691	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5379-1.6078	0.0776	203	0.0696	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6078-1.6925	0.0847	205	0.0767	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6925-1.7985	0.0958	203	0.0817	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7985-1.9372	0.0961	205	0.0865	3907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9372-2.132	0.0936	205	0.0871	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.132-2.4399	0.1014	207	0.1004	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4399-3.072	0.1338	210	0.1242	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.072-19.2296	0.1413	215	0.121	4092	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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