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- PDB-5mn3: NMR structure of the Littorina littorea metallothionein, a snail ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mn3
タイトルNMR structure of the Littorina littorea metallothionein, a snail MT folding into three distinct domains
要素domain-swapped metallothionein from Littorina Littorea
キーワードMETAL TRANSPORT / NMR metallothionein metal cluster
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Littorina litorea (無脊椎動物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Zerbe, O. / Jurt, S. / Baumann, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationI 1482-N28 スイス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2017
タイトル: Structural Adaptation of a Protein to Increased Metal Stress: NMR Structure of a Marine Snail Metallothionein with an Additional Domain.
著者: Baumann, C. / Beil, A. / Jurt, S. / Niederwanger, M. / Palacios, O. / Capdevila, M. / Atrian, S. / Dallinger, R. / Zerbe, O.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年7月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: domain-swapped metallothionein from Littorina Littorea
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,20710
ポリマ－10,1961
非ポリマー1,0129
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 domain-swapped metallothionein from Littorina Littorea


分子量: 10195.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues wt(8-38) are exchanged with ds(40-70) and wt(41-70) with ds(8-37)
由来: (組換発現) Littorina litorea (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(De3) / Variant (発現宿主): pLysS
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cd
詳細: residues wt(8-38) are exchanged with ds(40-70) and wt(41-70) with ds(8-37)
由来: (組換発現) Littorina litorea (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(De3) / Variant (発現宿主): pLysS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
191isotropic22D 1H-15N HSQC
151isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CO
131isotropic13D HN(COCA)CB
141isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D 13C-NOESY
1102isotropic13D 15N-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ds-LlMT, 90% H2O/10% D2O15N,13C Sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N] ds-LlMT, 90% H2O/10% D2O15N sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMds-LlMT[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mMds-LlMT[U-99% 15N]2
試料状態詳細: 0.5mM ds-LlMT 20 mM TRIS 1mM TSP / イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 2 / Label: sample_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 bar / Pressure err: 0.1 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA2.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS-XPLORBrunger, Schwieters精密化
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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