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万見
- PDB-5mn2: Cocrystal structure of Fc gamma receptor IIIa interacting with Af... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mn2
タイトルCocrystal structure of Fc gamma receptor IIIa interacting with Affimer G3, a specific binding protein which blocks IgG binding to the receptor.
要素
  • Affimer G3
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fc gamma receptor IIIa Affimer Allosteric inhibitor FCGR3A
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity IgG receptor activity / immune receptor activity / natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell proliferation ...low-affinity IgG receptor activity / immune receptor activity / natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell proliferation / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / FCGR3A-mediated phagocytosis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Immunoglobulin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll ...: / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Immunoglobulin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Robinson, J.I. / Owen, R.L. / Tomlinson, D.C. / Baxter, E.W. / Nettleship, J.E. / Waterhouse, M.P. / Harris, S.A. / Owens, R.J. / McPherson, M.J. / Morgan, A.W. ...Robinson, J.I. / Owen, R.L. / Tomlinson, D.C. / Baxter, E.W. / Nettleship, J.E. / Waterhouse, M.P. / Harris, S.A. / Owens, R.J. / McPherson, M.J. / Morgan, A.W. / Tiede, C. / Goldman, A. / Thomsen, M.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Arthritis Research UK19764 英国
Ann Wolks Memorial Fund650810 英国
NIHR 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K018779/1 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Affimer proteins inhibit immune complex binding to Fc gamma RIIIa with high specificity through competitive and allosteric modes of action.
著者: Robinson, J.I. / Baxter, E.W. / Owen, R.L. / Thomsen, M. / Tomlinson, D.C. / Waterhouse, M.P. / Win, S.J. / Nettleship, J.E. / Tiede, C. / Foster, R.J. / Owens, R.J. / Fishwick, C.W.G. / ...著者: Robinson, J.I. / Baxter, E.W. / Owen, R.L. / Thomsen, M. / Tomlinson, D.C. / Waterhouse, M.P. / Win, S.J. / Nettleship, J.E. / Tiede, C. / Foster, R.J. / Owens, R.J. / Fishwick, C.W.G. / Harris, S.A. / Goldman, A. / McPherson, M.J. / Morgan, A.W.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
B: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
C: Affimer G3
D: Affimer G3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,24215
ポリマ－63,1954
非ポリマー2,04711
水2,630146
1
A: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
D: Affimer G3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,09610
ポリマ－31,5982
非ポリマー1,4988
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
C: Affimer G3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1465
ポリマ－31,5982
非ポリマー5493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.985, 59.925, 100.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / CD16a antigen / Fc-gamma RIII-alpha / FcRIIIa / FcR-10 / IgG Fc receptor III-2


分子量: 20076.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mRNA / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Whole blood / 遺伝子: FCGR3A, CD16A, FCG3, FCGR3, IGFR3 / Variant: 158F / プラスミド: pOPING / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08637
#2: タンパク質 Affimer G3


分子量: 11521.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 1種, 7分子

#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 150分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20.0% v/v Glycerol 16.0% w/v Polyethylene glycol 8000 0.04 M Potassium di-Hydrogen Phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→51.1 Å / Num. obs: 30227 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A subsection of a complex of an Adhiron bound to a soluble protein (manuscript in preparation) was used as a search model.

解像度: 2.35→43.39 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 1510 5 %
Rwork0.2055 --
obs0.2075 30208 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4016 0 127 146 4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4595883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8072505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3501-2.42590.37061650.28572620X-RAY DIFFRACTION97
2.4259-2.51260.3371320.28272671X-RAY DIFFRACTION97
2.5126-2.61320.3661460.27842605X-RAY DIFFRACTION97
2.6132-2.73210.29971340.26192622X-RAY DIFFRACTION97
2.7321-2.87610.27991230.23712626X-RAY DIFFRACTION97
2.8761-3.05630.28191370.23862625X-RAY DIFFRACTION96
3.0563-3.29220.28081090.23382640X-RAY DIFFRACTION96
3.2922-3.62330.271400.20832597X-RAY DIFFRACTION95
3.6233-4.14730.23261520.18292550X-RAY DIFFRACTION94
4.1473-5.22370.17211310.16282567X-RAY DIFFRACTION93
5.2237-43.39730.22481410.19882575X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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