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- PDB-5mmz: Structure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmz
タイトルStructure of PRL-1 in complex with the Bateman domain of CNNM2
要素
  • Metal transporter CNNM2
  • Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
キーワードMETAL TRANSPORT / Cyclin M / Magnesium transport / ACDP
機能・相同性
機能・相同性情報


prenylated protein tyrosine phosphatase activity / magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle ...prenylated protein tyrosine phosphatase activity / magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle / basolateral plasma membrane / エンドソーム / エンドソーム / positive regulation of cell migration / 細胞周期 / 小胞体 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / CBS-domain / CBS-domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain ...Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / CBS-domain / CBS-domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / RmlC-like jelly roll fold / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal transporter CNNM2 / Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. ...Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / Claverie-Martin, F. / Muller, D. / Tremblay, M.L. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of the Oncogenic Interaction of Phosphatase PRL-1 with the Magnesium Transporter CNNM2.
著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / ...著者: Gimenez-Mascarell, P. / Oyenarte, I. / Hardy, S. / Breiderhoff, T. / Stuiver, M. / Kostantin, E. / Diercks, T. / Pey, A.L. / Ereno-Orbea, J. / Martinez-Chantar, M.L. / Khalaf-Nazzal, R. / Claverie-Martin, F. / Muller, D. / Tremblay, M.L. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2016年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年12月20日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2
B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7112
ポリマ－37,7112
非ポリマー00
水1267
1
A: Metal transporter CNNM2
B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

A: Metal transporter CNNM2
B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4234
ポリマ－75,4234
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_875-x+3,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.730, 128.478, 153.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / mACDP2 / Cyclin-M2


分子量: 17866.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnnm2, Acdp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TWN3
#2: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 / Protein-tyrosine phosphatase 4a1 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 1 / PRL-1


分子量: 19845.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptp4a1, Prl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63739, プロテインチロシンホスファターゼ
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→98.63 Å / Num. obs: 20944 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.41 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IY0

4iy0


解像度: 2.4→98.6 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 1019 4.87 %
Rwork0.2254 --
obs0.2266 20921 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→98.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2299 0 0 7 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8043191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.311839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004413
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.398-2.52440.37691360.33622775X-RAY DIFFRACTION99
2.5244-2.68260.3081390.29052782X-RAY DIFFRACTION100
2.6826-2.88960.34631620.2922806X-RAY DIFFRACTION100
2.8896-3.18030.31661570.28162810X-RAY DIFFRACTION100
3.1803-3.64030.25691380.24012841X-RAY DIFFRACTION100
3.6403-4.58540.24111410.20842878X-RAY DIFFRACTION100
4.5854-41.20690.2081460.1953010X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.0706 Å / Origin y: 150.2689 Å / Origin z: 180.7528 Å
111213212223313233
T0.5012 Å2-0.027 Å20.0319 Å2-0.5442 Å2-0.085 Å2--0.5408 Å2
L1.346 °2-1.3004 °20.1173 °2-2.7744 °2-0.1168 °2--0.6182 °2
S0.0716 Å °-0.0658 Å °0.1819 Å °-0.0101 Å °-0.1051 Å °-0.0369 Å °-0.2911 Å °-0.1517 Å °0.0107 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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