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- PDB-5mlc: Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mlc
タイトルCryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • 23S ribosomal RNA, chloroplastic
  • 4.8S ribosomal RNA, chloroplastic
  • 5S ribosomal RNA, chloroplastic
  • PSRP5alpha, chloroplastic
  • PSRP6, chloroplastic
  • Ribosome-recycling factor, chloroplastic
キーワードRIBOSOME / Chloroplast / ribosomal protein / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / ribosomal large subunit binding / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit ...plastid translation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / ribosomal large subunit binding / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome-recycling factor / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain ...Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome-recycling factor / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL27c ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Large ribosomal subunit protein uL22c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Ribosome-recycling factor, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Graf, M. / Arenz, S. / Huter, P. / Doenhoefer, A. / Novacek, J. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR-1805 ドイツ
German Research FoundationSPP-1879 ドイツ
German Research FoundationGRK-1721 ドイツ
iNEXT653706
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions.
著者: Michael Graf / Stefan Arenz / Paul Huter / Alexandra Dönhöfer / Jirí Novácek / Daniel N Wilson /
要旨: Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic ...Ribosomes are the protein synthesizing machines of the cell. Recent advances in cryo-EM have led to the determination of structures from a variety of species, including bacterial 70S and eukaryotic 80S ribosomes as well as mitoribosomes from eukaryotic mitochondria, however, to date high resolution structures of plastid 70S ribosomes have been lacking. Here we present a cryo-EM structure of the spinach chloroplast 70S ribosome, with an average resolution of 5.4 Å for the small 30S subunit and 3.6 Å for the large 50S ribosomal subunit. The structure reveals the location of the plastid-specific ribosomal proteins (RPs) PSRP1, PSRP4, PSRP5 and PSRP6 as well as the numerous plastid-specific extensions of the RPs. We discover many features by which the plastid-specific extensions stabilize the ribosome via establishing additional interactions with surrounding ribosomal RNA and RPs. Moreover, we identify a large conglomerate of plastid-specific protein mass adjacent to the tunnel exit site that could facilitate interaction of the chloroplast ribosome with the thylakoid membrane and the protein-targeting machinery. Comparing the Escherichia coli 70S ribosome with that of the spinach chloroplast ribosome provides detailed insight into the co-evolution of RP and rRNA.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3525
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S ribosomal RNA, chloroplastic
B: 5S ribosomal RNA, chloroplastic
C: 4.8S ribosomal RNA, chloroplastic
D: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
E: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic
F: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
G: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
H: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic
I: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic
L: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
M: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
N: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic
O: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
P: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic
Q: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic
R: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
S: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
T: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
U: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
V: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
W: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
X: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic
Y: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic
Z: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic
2: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
3: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
4: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
5: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
6: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
9: Ribosome-recycling factor, chloroplastic
7: PSRP5alpha, chloroplastic
8: PSRP6, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,573,21232
ポリマ－1,573,21232
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area174800 Å2
ΔGint-1535 kcal/mol
Surface area506150 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA, chloroplastic


分子量: 911650.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA, chloroplastic


分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#3: RNA鎖 4.8S ribosomal RNA, chloroplastic


分子量: 33330.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 12299

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 DEFGHILMNOPQRSTUVWXYZ23456

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L4


分子量: 29853.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3, chloroplastic


分子量: 33034.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QEC7, UniProt: P82191*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / R-protein L4


分子量: 32479.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: O49937
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5, chloroplastic


分子量: 24248.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82192
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6, chloroplastic


分子量: 24516.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4N9, UniProt: P82193*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9, chloroplastic


分子量: 22038.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RQ91, UniProt: P82180*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / CL13


分子量: 28211.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model of the NTE. / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L29


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L15, chloroplastic


分子量: 29081.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHT0, UniProt: P22798*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L24


分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L17, chloroplastic


分子量: 14577.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RLJ4, UniProt: P82194*PLUS
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L18, chloroplastic


分子量: 18410.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QQ60, UniProt: P82195*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / CL19


分子量: 26121.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L20, chloroplastic


分子量: 15725.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / CL21 / CS-L7


分子量: 28441.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model of the NTE. / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L13


分子量: 23292.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model of the CTE. / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / PRPL23


分子量: 21832.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / CL24


分子量: 21481.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Backbone model of the last six amino acids. / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27683
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27, chloroplastic


分子量: 21366.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4I2, UniProt: P82190*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28, chloroplastic


分子量: 16460.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RD02, UniProt: P82245*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29, chloroplastic


分子量: 19083.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R7W8, UniProt: P82248*PLUS
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32, chloroplastic


分子量: 6650.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L33, chloroplastic


分子量: 7668.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / CL34


分子量: 16126.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / CL35


分子量: 17376.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36, chloroplastic


分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230

-
タンパク質 , 3種, 3分子 978

#30: タンパク質 Ribosome-recycling factor, chloroplastic / RRF / CpFrr / RRFHCP / Ribosome-releasing factor / chloroplastic


分子量: 30477.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82231
#31: タンパク質 PSRP5alpha, chloroplastic / 50S ribosomal protein L40 / CL40 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 5 alpha / PSRP-5


分子量: 15351.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27684
#32: タンパク質 PSRP6, chloroplastic / CL25 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 6 / PSRP-6


分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82411

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S subunit of the spinach chloroplast ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Organelle: Chloroplast
緩衝液pH: 7.4
詳細: Solutions were made fresh and filtered previous to usage.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2100 mMPotassium acetateK(OAc)1
325 mMMagnesium acetateMg(OAc)21
46 mM2-MercaptoethanolBeta-ME1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 2.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: FREALIGN / バージョン: 9.11 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37636 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化解像度: 3.6→3.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / SU B: 26.577 / SU ML: 0.341
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.23715 --
obs0.23715 347198 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.52 Å2-0.31 Å21.03 Å2
2--2.91 Å2-0.72 Å2
3----5.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 90655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0130.014100500
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0030.0256798
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7991.448147926
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.5263134515
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg23.8719.7420239
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.84121.454963
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg21.82154632
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg17.69615291
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.170.21716864
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.0265618
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0221844
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it8.1289.3113657
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other8.1279.3113656
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it13.72613.93917017
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other13.72613.93917018
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.4598.78686843
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other7.4598.78686843
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other12.48913.213130910
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined22.48370902
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other22.48370898
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.429 25677 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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