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万見
- PDB-5ml9: Cocrystal structure of Fc gamma receptor IIIa interacting with Af... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ml9
タイトルCocrystal structure of Fc gamma receptor IIIa interacting with Affimer F4, a specific binding protein which blocks IgG binding to the receptor.
要素
  • Affimer F4 with specificity for Fc gamma receptor IIIa
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fc gamma receptor IIIa Affimer Competitive inhibitor FCGR3A
機能・相同性
機能・相同性情報


immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell proliferation ...immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / IgG receptor activity / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of tumor necrosis factor production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Robinson, J.I. / Tomlinson, D.C. / Baxter, E.W. / Owen, R.L. / Thomsen, M. / Win, S.J. / Nettleship, J.E. / Tiede, C. / Foster, R.J. / Waterhouse, M.P. ...Robinson, J.I. / Tomlinson, D.C. / Baxter, E.W. / Owen, R.L. / Thomsen, M. / Win, S.J. / Nettleship, J.E. / Tiede, C. / Foster, R.J. / Waterhouse, M.P. / Harris, S.A. / Owens, R.J. / Fishwick, C.W.G. / Goldman, A. / McPherson, M.J. / Morgan, A.W.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Arthritis Research UK19764 英国
Ann Wilks Memorial Fund650810 英国
NIHRLMBRU 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K018779/1 英国
European Union708051 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Affimer proteins inhibit immune complex binding to Fc gamma RIIIa with high specificity through competitive and allosteric modes of action.
著者: Robinson, J.I. / Baxter, E.W. / Owen, R.L. / Thomsen, M. / Tomlinson, D.C. / Waterhouse, M.P. / Win, S.J. / Nettleship, J.E. / Tiede, C. / Foster, R.J. / Owens, R.J. / Fishwick, C.W.G. / ...著者: Robinson, J.I. / Baxter, E.W. / Owen, R.L. / Thomsen, M. / Tomlinson, D.C. / Waterhouse, M.P. / Win, S.J. / Nettleship, J.E. / Tiede, C. / Foster, R.J. / Owens, R.J. / Fishwick, C.W.G. / Harris, S.A. / Goldman, A. / McPherson, M.J. / Morgan, A.W.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A
B: Affimer F4 with specificity for Fc gamma receptor IIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,67713
ポリマ－33,2652
非ポリマー1,41211
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.481, 72.587, 96.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A / CD16a antigen / Fc-gamma RIII-alpha / FcRIIIa / FcR-10 / IgG Fc receptor III-2


分子量: 20028.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Whole blood / 遺伝子: FCGR3A, CD16A, FCG3, FCGR3, IGFR3 / Variant: 158V / プラスミド: pOPING / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08637
#2: タンパク質 Affimer F4 with specificity for Fc gamma receptor IIIa


分子量: 13236.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 1種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 92分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Cacodylate pH=6.50 0.2 M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→56.5 Å / Num. obs: 16390 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.34→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A SUBSECTION OF A COMPLEX OF AN ADHIRON BOUND TO A SOLUBLE PROTEIN (MANUSCRIPT IN PREPARATION) WAS USED AS A SEARCH MODEL.

解像度: 2.35→48.74 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 832 5.15 %
Rwork0.219 --
obs0.222 16155 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2179 0 75 84 2338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4743143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6361345
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3501-2.49730.33131310.32142493X-RAY DIFFRACTION95
2.4973-2.69010.38871460.29632601X-RAY DIFFRACTION97
2.6901-2.96080.32071190.26532565X-RAY DIFFRACTION96
2.9608-3.38920.2861590.23312573X-RAY DIFFRACTION97
3.3892-4.26960.24061380.1842558X-RAY DIFFRACTION94
4.2696-48.74960.22481390.18092533X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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