[日本語] English
万見
- PDB-5mki: Crystal structure of SmAP (LSm) protein from Methanococcus vannielii -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mki
タイトルCrystal structure of SmAP (LSm) protein from Methanococcus vannielii
要素Like-Sm ribonucleoprotein core
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Lsm / SmAP
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus vannielii SB (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.048 Å
データ登録者Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. / Tishchenko, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Scientific Foundation14-14-00496 ロシア
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Crystal structures and RNA-binding properties of Lsm proteins from archaea Sulfolobus acidocaldarius and Methanococcus vannielii: Similarity and difference of the U-binding mode.
著者: Lekontseva, N. / Mikhailina, A. / Fando, M. / Kravchenko, O. / Balobanov, V. / Tishchenko, S. / Nikulin, A.
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Like-Sm ribonucleoprotein core
B: Like-Sm ribonucleoprotein core
C: Like-Sm ribonucleoprotein core
D: Like-Sm ribonucleoprotein core
E: Like-Sm ribonucleoprotein core
F: Like-Sm ribonucleoprotein core
G: Like-Sm ribonucleoprotein core
H: Like-Sm ribonucleoprotein core
I: Like-Sm ribonucleoprotein core
J: Like-Sm ribonucleoprotein core
K: Like-Sm ribonucleoprotein core
L: Like-Sm ribonucleoprotein core
M: Like-Sm ribonucleoprotein core
N: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,74525
ポリマ－114,10614
非ポリマー63911
水8,863492
1
A: Like-Sm ribonucleoprotein core
B: Like-Sm ribonucleoprotein core
C: Like-Sm ribonucleoprotein core
D: Like-Sm ribonucleoprotein core
E: Like-Sm ribonucleoprotein core
F: Like-Sm ribonucleoprotein core
G: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,25412
ポリマ－57,0537
非ポリマー2005
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
2
H: Like-Sm ribonucleoprotein core
I: Like-Sm ribonucleoprotein core
J: Like-Sm ribonucleoprotein core
K: Like-Sm ribonucleoprotein core
L: Like-Sm ribonucleoprotein core
M: Like-Sm ribonucleoprotein core
N: Like-Sm ribonucleoprotein core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,49213
ポリマ－57,0537
非ポリマー4396
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.671, 114.221, 71.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Like-Sm ribonucleoprotein core


分子量: 8150.450 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus vannielii SB (古細菌)
遺伝子: Mevan_0470 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A6UPF5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein 10 mg/ml, 30% PEG400, 0,1M HEPES, pH 7.5, 0,2 M CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.048→50 Å / Num. all: 240673 / Num. obs: 63608 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル解像度: 2.048→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.638 / % possible all: 95.38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I4K

1i4k


解像度: 2.048→43.164 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 3163 4.98 %
Rwork0.1907 --
obs0.1939 63555 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.048→43.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7692 0 25 492 8209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8810516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5134993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0476-2.07820.32281410.29372336X-RAY DIFFRACTION89
2.0782-2.11070.3341550.27872688X-RAY DIFFRACTION99
2.1107-2.14530.33731390.2662593X-RAY DIFFRACTION99
2.1453-2.18230.34671500.27212652X-RAY DIFFRACTION99
2.1823-2.22190.33971460.25482568X-RAY DIFFRACTION98
2.2219-2.26470.30141250.25672591X-RAY DIFFRACTION97
2.2647-2.31090.33451570.23752622X-RAY DIFFRACTION99
2.3109-2.36110.31471340.22132644X-RAY DIFFRACTION99
2.3611-2.41610.31331220.21632691X-RAY DIFFRACTION99
2.4161-2.47650.30011190.21362659X-RAY DIFFRACTION99
2.4765-2.54340.33811520.21752610X-RAY DIFFRACTION99
2.5434-2.61830.28071510.18952615X-RAY DIFFRACTION99
2.6183-2.70280.28711370.20072639X-RAY DIFFRACTION98
2.7028-2.79930.27671350.20092578X-RAY DIFFRACTION96
2.7993-2.91140.28881440.19852671X-RAY DIFFRACTION99
2.9114-3.04390.24541440.18612632X-RAY DIFFRACTION99
3.0439-3.20430.2741450.19932649X-RAY DIFFRACTION99
3.2043-3.4050.2121070.18032662X-RAY DIFFRACTION98
3.405-3.66780.23861130.16662649X-RAY DIFFRACTION97
3.6678-4.03660.22261240.16842657X-RAY DIFFRACTION99
4.0366-4.62020.20841390.13762674X-RAY DIFFRACTION99
4.6202-5.81870.20461100.15732663X-RAY DIFFRACTION98
5.8187-43.1740.20451740.18732649X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る