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万見
- PDB-5mk9: Maltodextrin binding protein MalE1 from L. casei BL23 bound to be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mk9
タイトルMaltodextrin binding protein MalE1 from L. casei BL23 bound to beta-cyclodextrin
要素MalE1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding protein / lactobacillus casei
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / beta-cyclodextrin / MalE1
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.919 Å
データ登録者Homburg, C. / Bommer, M. / Wuttge, S. / Hobe, C. / Beck, S. / Dobbek, H. / Deutscher, J. / Licht, A. / Schneider, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1078 ドイツ
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Inducer exclusion in Firmicutes: insights into the regulation of a carbohydrate ATP binding cassette transporter from Lactobacillus casei BL23 by the signal transducing protein P-Ser46-HPr.
著者: Homburg, C. / Bommer, M. / Wuttge, S. / Hobe, C. / Beck, S. / Dobbek, H. / Deutscher, J. / Licht, A. / Schneider, E.
履歴
登録2016年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MalE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7645
ポリマ－40,5051
非ポリマー1,2594
水13,529751
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.137, 74.895, 90.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MalE1


分子量: 40504.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
遺伝子: malE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0L7B0
#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 mM Na-Hepes, pH 7.0, 20-25% Jeffamine ED2003, pH 7.0, 5 mM beta-cyclodextrin / 1% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.919→45.12 Å / Num. obs: 232000 / % possible obs: 95.06 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.82 % / Biso Wilson estimate: 6.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/av σ(I): 1 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 0.919→0.95 Å / 冗長度: 11.46 % / Rmerge(I) obs: 1.136 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.668 / % possible all: 87.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1168: ???)精密化
XDSVERSION November 3, 2014データ削減
XDSVERSION November 3, 2014データスケーリング
SHELXDE2013/2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.919→26.068 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.73
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1218 11599 5 %random selection
Rwork0.1087 ---
obs0.1094 231983 95.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.919→26.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2840 0 80 751 3671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2214517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0941200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9194-0.92990.25273220.23486131X-RAY DIFFRACTION79
0.9299-0.94080.21743640.21036921X-RAY DIFFRACTION91
0.9408-0.95230.2253730.18887085X-RAY DIFFRACTION92
0.9523-0.96430.18773730.17987079X-RAY DIFFRACTION92
0.9643-0.9770.17633740.16577107X-RAY DIFFRACTION93
0.977-0.99040.15113750.15497134X-RAY DIFFRACTION93
0.9904-1.00450.16293770.15677159X-RAY DIFFRACTION93
1.0045-1.01950.14753770.13097148X-RAY DIFFRACTION93
1.0195-1.03550.123770.11547173X-RAY DIFFRACTION94
1.0355-1.05250.12873790.10417207X-RAY DIFFRACTION94
1.0525-1.07060.11283790.09487197X-RAY DIFFRACTION94
1.0706-1.09010.10443800.08747216X-RAY DIFFRACTION94
1.0901-1.1110.09823840.0897304X-RAY DIFFRACTION95
1.111-1.13370.09723840.08477280X-RAY DIFFRACTION95
1.1337-1.15840.09243850.07617319X-RAY DIFFRACTION95
1.1584-1.18530.09553860.0787346X-RAY DIFFRACTION95
1.1853-1.2150.09563880.0787371X-RAY DIFFRACTION96
1.215-1.24780.09363900.08027397X-RAY DIFFRACTION96
1.2478-1.28450.09663910.07947439X-RAY DIFFRACTION96
1.2845-1.3260.10383910.0837419X-RAY DIFFRACTION97
1.326-1.37340.1023930.0857476X-RAY DIFFRACTION97
1.3734-1.42830.10893970.08617537X-RAY DIFFRACTION97
1.4283-1.49330.10673970.0857551X-RAY DIFFRACTION97
1.4933-1.57210.09533980.0857556X-RAY DIFFRACTION98
1.5721-1.67060.10194020.09277649X-RAY DIFFRACTION98
1.6706-1.79950.1124030.10177652X-RAY DIFFRACTION98
1.7995-1.98050.11514070.10687726X-RAY DIFFRACTION99
1.9805-2.2670.12164090.11167780X-RAY DIFFRACTION99
2.267-2.85560.1414140.12447870X-RAY DIFFRACTION100
2.8556-26.0790.13744300.1298155X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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