PDB-5mjo: Structure of Psb29 at 1.55A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mjo

タイトル

Structure of Psb29 at 1.55A

要素

Protein Thf1

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / photosystem II FtsH

機能・相同性

Protein Thf1 / Thylakoid formation protein / plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II assembly / : / IODIDE ION / Protein Thf1

機能・相同性情報

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Murray, J.W. / Kozlo, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Philos. Trans. R. Soc. Lond., B, Biol. Sci.
年: 2017
タイトル: Structure of Psb29/Thf1 and its association with the FtsH protease complex involved in photosystem II repair in cyanobacteria.
著者: Bec Kova, M. / Yu, J. / Krynicka, V. / Kozlo, A. / Shao, S. / Konik, P. / Komenda, J. / Murray, J.W. / Nixon, P.J.

履歴

登録	2016年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mjo.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mjo.ent.gz	72.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mjo_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mjo_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	5mjo_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	5mjo_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mjrC 5mjwC 5mlfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vv6-1 5mjr-d 3kv0-d 2vv6-2 4k8n-5 3bcw-d 5tss-1 4kbs-2 1cz4-d 4kbr-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein Thf1

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.240, 56.730, 47.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein Thf1 分子量: 27268.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 遺伝子: thf1, tlr1134 / プラスミド: pRSETa modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: Q8DJT8
#2: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Bicine, pH 9.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.16 Å / Num. obs: 23219 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.949 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/av σ(I): 18.3675 / Net I/σ(I): 5.2976
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 16.68 % / R_merge(I) obs: 1.098 / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / % possible all: 99.17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→46.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.561 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19243	1187	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13321	-	-	-
obs	0.13631	22013	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0.15 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→46.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1507	0	3	110	1620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.07	1.957	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.17	3	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.057	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.3	23.827	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.068	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.643	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.985	1.322	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.933	1.315	751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.546	1.983	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.581	1.987	942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.385	1.899	807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.383	1.901	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.009	2.661	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.248	17.119	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.226	16.982	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.505	3	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	21.688	5	69
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.092	5	2998

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	72	-
R_work	0.147	1627	-
obs	-	-	99.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9664	1.8202	-1.9013	2.4204	-0.3613	1.0763	0.1304	-0.1313	0.1871	-0.0267	-0.0479	0.1054	-0.0887	0.067	-0.0825	0.023	-0.0055	0.0037	0.0135	-0.01	0.011	15.143	22.3585	1.4612
2	0.2854	0.3384	-0.0437	0.6585	0.182	0.2194	0.0117	-0.0214	-0.0057	0.0328	0.0033	-0.0264	0.0186	0.0275	-0.0151	0.031	0.0012	-0.0071	0.0068	-0	0.0036	9.2906	8.8478	6.8393
3	0.5362	1.1482	-0.4469	3.8296	-0.9368	0.573	0.0029	-0.0183	-0.0207	0.0381	-0.0222	-0.0904	0.0214	0.0368	0.0194	0.0213	0.0032	-0.0015	0.0034	0.0007	0.0026	10.6918	10.9943	-3.8067
4	0.7127	0.5558	-0.2411	0.4472	-0.2293	0.2061	0.0424	-0.0105	0.0194	0.0448	-0.0125	0.0202	-0.0331	-0.0002	-0.0298	0.0346	0.0022	-0.0025	0.0014	0.0006	0.0086	4.5283	24.3139	-11.5178
5	0.0451	-0.1665	0.1572	0.6332	-0.6065	0.5866	-0.0021	0.0025	-0.001	0.0206	0.0008	0.0005	-0.0195	-0.0078	0.0013	0.0325	-0.0019	-0.002	0.0088	-0.0015	0.0029	-0.0202	6.2278	-3.8675
6	0.5783	-0.0739	1.0519	3.236	-0.8888	2.0932	0.0947	-0.0624	-0.0347	0.041	0.0062	0.1669	0.1456	-0.114	-0.1009	0.0435	-0.0056	0.0019	0.0094	0.0029	0.0122	0.2667	9.949	3.5438
7	0.3472	0.0591	0.2641	0.0122	0.0389	0.2214	0.0121	-0.0095	-0.0088	0.0028	-0.0029	-0.0017	0.0168	-0.0094	-0.0092	0.0288	0.0004	-0.0016	0.0042	0.0008	0.0046	-5.2064	17.2473	-5.8296
8	0.0239	-0.044	-0.0292	0.2051	-0.0424	0.1133	0.0032	-0.0014	-0.0007	-0.0177	0.0039	0.0111	-0.0068	-0.0012	-0.0071	0.0298	0.0014	-0.0039	0.0039	0.0019	0.0032	-10.8983	18.8168	-24.342
9	0.3366	0.2687	0.034	0.2733	0.0847	0.0613	-0.0052	-0.0076	0.0123	-0.0145	-0.003	0.0151	-0.0051	0.0016	0.0082	0.0284	-0.0004	-0.0027	0.0015	0	0.005	-0.7226	13.461	-18.7117
10	0.0713	-0.1064	0.0202	0.2059	0.0001	0.0316	-0.006	0.001	0.0017	0.0005	0.0041	-0.0015	0.0057	0.0031	0.0018	0.0299	-0.0008	-0.0005	0.0022	0	0.0024	3.3755	7.8198	-23.5011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	42 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	52 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	73 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	81 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	103 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	126 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	150 - 189

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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