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万見
- PDB-5miu: G307E variant of Murine Apoptosis Inducing Factor (oxidized state) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5miu
タイトルG307E variant of Murine Apoptosis Inducing Factor (oxidized state)
要素Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Apoptosis Inducing Factor OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes ...electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / apoptotic mitochondrial changes / response to L-glutamate / NADH dehydrogenase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / FAD binding / cellular response to nitric oxide / response to ischemia / cellular response to estradiol stimulus / mitochondrial intermembrane space / cellular response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / positive regulation of neuron apoptotic process / neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / response to oxidative stress / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain ...Mitochondrial apoptosis-inducing factor, C-terminal domain / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / Apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, C-term / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sorrentino, L. / Cossu, F. / Milani, M. / Aliverti, A. / Mastrangelo, E.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural bases of the altered catalytic properties of a pathogenic variant of apoptosis inducing factor.
著者: Sorrentino, L. / Cossu, F. / Milani, M. / Aliverti, A. / Mastrangelo, E.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3724
ポリマ－116,8012
非ポリマー1,5712
水45025
1
A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1862
ポリマ－58,4001
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1862
ポリマ－58,4001
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.040, 110.060, 119.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8


分子量: 58400.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aifm1, Aif, Pdcd8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z0X1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 4000,0.2 M sodium acetate, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.7 Å / Num. obs: 16448 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.973 / Rrim(I) all: 0.0393 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1197 / CC1/2: 0.735 / Rrim(I) all: 0.1295 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GD3

3gd3


解像度: 3.5→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.671 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27857 857 5.2 %RANDOM
Rwork0.21175 ---
obs0.21524 15590 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.89 Å20 Å20 Å2
2---3.48 Å20 Å2
3---10.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6955 0 106 25 7086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0197209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9779760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.639316056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3765895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85123.592309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.818151233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4591555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2137.1723595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2127.1723594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3910.754485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3910.7494486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4867.4153614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4857.4153615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.83510.9865276
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.84456.0717853
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.84456.0737854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 78 -
Rwork0.347 1111 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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