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- PDB-5mio: KIF2C-DARPIN FUSION PROTEIN BOUND TO TUBULIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mio
タイトルKIF2C-DARPIN FUSION PROTEIN BOUND TO TUBULIN
要素
  • Kinesin-like protein KIF2C,KIF2C FUSED TO A DARPIN,KIF2C FUSED TO A DARPIN
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードMOTOR PROTEIN / KINESIN-13 MICROTUBULE ATPASE MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / metaphase chromosome alignment / centromeric DNA binding / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / Kinesins / microtubule depolymerization ...postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / metaphase chromosome alignment / centromeric DNA binding / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / Kinesins / microtubule depolymerization / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic metaphase chromosome alignment / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / chromosome, centromeric region / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / cellular response to interleukin-4 / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / presynapse / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / postsynapse / cilium / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site ...: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LOC / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain / Kinesin-like protein KIF2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Wang, W. / Gigant, B.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-12-BSV8-0002-01 フランス
Fondation ARCPDF 20130606987 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Insight into microtubule disassembly by kinesin-13s from the structure of Kif2C bound to tubulin.
著者: Wang, W. / Cantos-Fernandes, S. / Lv, Y. / Kuerban, H. / Ahmad, S. / Wang, C. / Gigant, B.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Kinesin-like protein KIF2C,KIF2C FUSED TO A DARPIN,KIF2C FUSED TO A DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,2359
ポリマ－162,3153
非ポリマー1,9216
水00
1
A: Tubulin alpha-1B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7523
ポリマ－50,2041
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8433
ポリマ－50,0001
非ポリマー8432
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Kinesin-like protein KIF2C,KIF2C FUSED TO A DARPIN,KIF2C FUSED TO A DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6413
ポリマ－62,1101
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.810, 229.760, 293.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Kinesin-like protein KIF2C,KIF2C FUSED TO A DARPIN,KIF2C FUSED TO A DARPIN / Kinesin-like protein 6 / Mitotic centromere-associated kinesin / MCAK


分子量: 62110.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NECK + MOTOR DOMAIN OF KIF2C FUSED TO THE A-C2 DARPIN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF2C, KNSL6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99661

-
非ポリマー , 5種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン


分子量: 399.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6
#8: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細FOR BETA-TUBULIN, THERE ARE THREE MAJOR ISOTYPES EXPRESSED IN THE BRAIN (BANERJEE AT AL, JBC 1988, ...FOR BETA-TUBULIN, THERE ARE THREE MAJOR ISOTYPES EXPRESSED IN THE BRAIN (BANERJEE AT AL, JBC 1988, VOL 263:3029-34). THE BETA 2B ISOTYPE SEQUENCE WAS USED BUT POINT MUTATIONS WERE INTRODUCED WHEN POSSIBLE TO TAKE THE ISOTYPE DIVERSITY INTO ACCOUNT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40 mM Pipes-K pH 6.8 4% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→49 Å / Num. obs: 29646 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 92.48 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 5.34
反射 シェルCC1/2: 0.342 / Rrim(I) all: 2.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EYP, 2HEH

5eyp

2heh


解像度: 3.19→42.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.666
詳細: THE DEBYE AND STARANISO PROGAMS DEVELOPPED BY GLOBAL PHASING LTD. WERE APPLIED TO THE AIMLESS SCALED DATA WITHOUT TRUNCATION OF THE RESOLUTION. THESE CORRECTED ANISOTROPIC AMPLITUDES WERE ...詳細: THE DEBYE AND STARANISO PROGAMS DEVELOPPED BY GLOBAL PHASING LTD. WERE APPLIED TO THE AIMLESS SCALED DATA WITHOUT TRUNCATION OF THE RESOLUTION. THESE CORRECTED ANISOTROPIC AMPLITUDES WERE USED FOR FURTHER CYCLES OF REFINEMENTS WITH BUSTER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1009 5.07 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.213 19903 66.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1419 Å20 Å20 Å2
2--10.4242 Å20 Å2
3----3.2823 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.19→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10299 0 122 0 10421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110635HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.114426HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3692SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10635HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1393SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12613SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 -5.37 %
Rwork0.244 952 -
all0.244 1006 -
obs--23.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22370.1731-0.0742.3901-0.33061.4461-0.0445-0.1454-0.376-0.09640.05140.0340.1865-0.0439-0.0070.9473-0.26360.07030.6127-0.05460.4562-24.8932-76.027431.1859
21.14960.0699-0.14143.1118-0.45132.07590.03110.0880.1076-0.38060.0734-0.0445-0.0041-0.0635-0.10451.1898-0.3130.03530.5621-0.06080.2755-14.0661-37.604216.7912
31.4017-0.3514-0.10553.4938-0.91482.4948-0.2946-0.16370.1990.15560.29090.246-0.1498-0.28390.00371.0783-0.1252-0.00560.5642-0.12030.1716-32.3371-35.311954.3047
44.1802-0.5011-1.12828.1341-3.47485.55320.03780.01420.49240.12750.0103-0.6574-0.22710.2255-0.04811.2806-0.3340.0290.6968-0.11250.53990.2437-2.107125.2663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|227:588 800:801 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|622:744 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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