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万見
- PDB-5min: Apo form of the soluble PQQ-dependent Glucose Dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5min
タイトルApo form of the soluble PQQ-dependent Glucose Dehydrogenase from Acinetobacter calcoaceticus
要素Quinoprotein glucose dehydrogenase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Apo form
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose 1-dehydrogenase (PQQ, quinone) / quinoprotein glucose dehydrogenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PQQ-dependent dehydrogenase, s-GDH family / Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Quinoprotein glucose dehydrogenase B
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Stines-Chaumeil, C. / Mavre, F. / Limoges, B. / Kauffmann, B. / Mano, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo form of the soluble PQQ-dependent Glucose Dehydrogenase from Acinetobacter calcoaceticus
著者: Stines-Chaumeil, C. / Mavre, F. / Limoges, B. / Kauffmann, B. / Mano, N.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinoprotein glucose dehydrogenase B
B: Quinoprotein glucose dehydrogenase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4889
ポリマ－100,2122
非ポリマー2767
水19,7981099
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area34490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.407, 54.898, 85.474
Angle α, β, γ (deg.)88.040, 81.580, 69.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Quinoprotein glucose dehydrogenase B / Glucose dehydrogenase B [pyrroloquinoline-quinone] / Soluble glucose dehydrogenase / s-GDH


分子量: 50105.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
遺伝子: gdhB / プラスミド: pp2418 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P13650, glucose 1-dehydrogenase (PQQ, quinone)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1099 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 % / 解説: Prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000 (12%) 100 mM TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日 / 詳細: OSMIC VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→25.73 Å / Num. obs: 83379 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.07 % / Net I/σ(I): 9.42

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C9U

1c9u


解像度: 1.76→25.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9584 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9414 / SU R Cruickshank DPI: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 4137 4.96 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1795 83379 91.74 %-
原子変位パラメータBiso max: 102.43 Å2 / Biso mean: 20.23 Å2 / Biso min: 5.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6439 Å2-1.2862 Å20.4221 Å2
2---1.8344 Å20.217 Å2
3---1.1905 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.207 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→25.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7073 0 7 1099 8179
Biso mean--21.16 30.56 -
残基数----905
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2478SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes199HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1056HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7329HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion955SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9205SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7329HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10002HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.14
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3232 246 5.11 %
Rwork0.2794 4572 -
all0.2816 4818 -
obs--72.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3235-0.13490.03390.28930.14380.66360.01160.08360.0117-0.0219-0.03070.00020.0072-0.02230.0191-0.038-0.0112-0.0042-0.0368-0.0061-0.029520.026419.329375.803
20.3214-0.05660.01440.4712-0.04870.5498-0.0286-0.0691-0.01090.05890.0081-0.01-0.0023-0.02530.0205-0.04450.0061-0.0202-0.0297-0.0172-0.038528.76162.8951112.0442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 452
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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