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- PDB-5mho: FXIIIa in complex with the inhibitor ZED2369 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mho
タイトルFXIIIa in complex with the inhibitor ZED2369
要素
  • Coagulation factor XIII A chain
  • inhibitor ZED2369
キーワードHYDROLASE / factor XIII / inhibition / transglutaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / : / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / : / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain / Transglutaminases active site. / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Transglutaminase-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor XIII A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
BMBFFKZ0316030 ドイツ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: FXIIIa in complex with the inhibitor ZED2369
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.
#1: ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl. / 年: 2013
タイトル: Structure of active coagulation factor XIII triggered by calcium binding: basis for the design of next-generation anticoagulants.
著者: Stieler, M. / Weber, J. / Hils, M. / Kolb, P. / Heine, A. / Buechold, C. / Pasternack, R. / Klebe, G.
履歴
登録2016年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XIII A chain
B: Coagulation factor XIII A chain
G: inhibitor ZED2369
H: inhibitor ZED2369
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,04313
ポリマ－170,5154
非ポリマー5299
水1,928107
1
A: Coagulation factor XIII A chain
G: inhibitor ZED2369
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4746
ポリマ－85,2572
非ポリマー2164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Coagulation factor XIII A chain
H: inhibitor ZED2369
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5707
ポリマ－85,2572
非ポリマー3125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.555, 80.508, 102.904
Angle α, β, γ (deg.)88.20, 76.91, 82.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain


分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T649I, Q651E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A1, F13A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド inhibitor ZED2369


分子量: 1051.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 170 mM ammonium sulfate, 85 mM sodium cacodylate, 25.5 % PEG8000, 15 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→48.11 Å / Num. obs: 37113 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.92→3.09 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化開始モデル: 4KTY

4kty


解像度: 2.92→17.706 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.58
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1775 4.87 %Random selection
Rwork0.2173 ---
obs0.2189 36458 95.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→17.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10450 0 93 107 10650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67414741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2966371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9172-2.99570.37681240.33332611X-RAY DIFFRACTION93
2.9957-3.08340.32151600.31422648X-RAY DIFFRACTION96
3.0834-3.18240.32311290.28862671X-RAY DIFFRACTION96
3.1824-3.29540.33351320.27352670X-RAY DIFFRACTION96
3.2954-3.42650.32291480.26092655X-RAY DIFFRACTION96
3.4265-3.58120.2549990.23182722X-RAY DIFFRACTION96
3.5812-3.76830.26351210.21792712X-RAY DIFFRACTION96
3.7683-4.00180.21931320.20142660X-RAY DIFFRACTION96
4.0018-4.30670.21411430.19142681X-RAY DIFFRACTION97
4.3067-4.73260.20991740.16742682X-RAY DIFFRACTION97
4.7326-5.40030.23981290.17912715X-RAY DIFFRACTION97
5.4003-6.74080.25411460.20892692X-RAY DIFFRACTION97
6.7408-17.7060.17581380.18172564X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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