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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mhh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of engineered human lipocalin 2 carrying p-boronophenylalanine at position 36 | |||||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-barrel / p-boronophenylalanine / lipocalin / Strep-tag | |||||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Skerra, A. / Eichinger, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rational Design of an Anticalin-Type Sugar-Binding Protein Using a Genetically Encoded Boronate Side Chain. 著者: Edwardraja, S. / Eichinger, A. / Theobald, I. / Sommer, C.A. / Reichert, A.J. / Skerra, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3i0aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21870.545 Da / 分子数: 1 / 変異: L36BFP Y52F K125W K134N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BFP: p-boronophenylalanine / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91801 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.888→64.246 Å / Num. all: 12330 / Num. obs: 12330 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.141 / Rsym value: 0.131 / Net I/av σ(I): 3.533 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 89836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3I0A 解像度: 2→64.246 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.393 / SU ML: 0.124 / SU R Cruickshank DPI: 0.1961 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.172 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.83 Å2 / Biso mean: 34.564 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→64.246 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.353 Å / Origin y: -23.443 Å / Origin z: -12.686 Å
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