PDB-5mh3: Crystal structure of a DM9 domain containing protein from Crassos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mh3

タイトル

Crystal structure of a DM9 domain containing protein from Crassostrea gigas with K43A mutation

要素

Natterin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta fold

機能・相同性

DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / Natterin-3

機能・相同性情報

生物種

Crassostrea gigas (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Weinert, T. / Warkentin, E. / Pang, G.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: DM9 Domain Containing Protein Functions As a Pattern Recognition Receptor with Broad Microbial Recognition Spectrum.
著者: Jiang, S. / Wang, L. / Huang, M. / Jia, Z. / Weinert, T. / Warkentin, E. / Liu, C. / Song, X. / Zhang, H. / Witt, J. / Qiu, L. / Peng, G. / Song, L.

履歴

登録	2016年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mh3.cif.gz	702.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mh3.ent.gz	583.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5mh3_validation.pdf.gz	503.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mh3_full_validation.pdf.gz	515.2 KB	表示
XML形式データ	5mh3_validation.xml.gz	85.9 KB	表示
CIF形式データ	5mh3_validation.cif.gz	121.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mh3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5mh0C 5mh1C 5mh2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mh2-1 4es6-d 2fum-3 5mh2-2 6b2p-d 5wv4-d 4d91-d 5idb-d 5ore-d 2ijx-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Natterin-3

B: Natterin-3

C: Natterin-3

D: Natterin-3

E: Natterin-3

F: Natterin-3

G: Natterin-3

H: Natterin-3

I: Natterin-3

J: Natterin-3

K: Natterin-3

L: Natterin-3

ヘテロ分子

187 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Natterin-3

B: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Natterin-3

E: Natterin-3

ヘテロ分子

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3

H: Natterin-3

ヘテロ分子

D: Natterin-3

ヘテロ分子

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4

D: Natterin-3

ヘテロ分子

H: Natterin-3

ヘテロ分子

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31.1 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Natterin-3

J: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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6

G: Natterin-3

I: Natterin-3

ヘテロ分子

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7

L: Natterin-3

ヘテロ分子

K: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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8

K: Natterin-3

ヘテロ分子

L: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.930, 97.960, 101.420
Angle α, β, γ (deg.)	101.34, 107.87, 106.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Natterin-3 分子量: 15478.596 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 遺伝子: CGI_10011001, CGI_10018577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K1QRB6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.0 25%PEG 3350 0.2M Lithium sulphate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 273332 / Num. obs: 261115 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.07 / Num. measured obs: 21413 / Num. unique all: 24071 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: DM9CP

解像度: 1.6→19.987 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 22.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1964	13054	5 %
R_work	0.1689	-	-
obs	0.1702	261071	95.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.987 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13092	0	72	2031	15195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	18324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.386	7822
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1999
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3848	373	0.3416	7088	X-RAY DIFFRACTION	82
1.6182-1.6372	0.3395	426	0.3173	8106	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6372-1.6572	0.3286	426	0.2974	8076	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6572-1.6781	0.3073	428	0.2846	8147	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6781-1.7002	0.3223	432	0.2673	8201	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7002-1.7235	0.285	439	0.2612	8339	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7235-1.7481	0.2836	430	0.2472	8167	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7481-1.7742	0.2709	436	0.2389	8281	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7742-1.8019	0.264	432	0.2366	8220	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8019-1.8314	0.2852	435	0.2262	8252	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8314-1.8629	0.2346	436	0.2096	8288	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8629-1.8968	0.2217	437	0.1979	8311	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8968-1.9332	0.2233	435	0.1895	8274	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9332-1.9727	0.218	436	0.1842	8290	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9727-2.0155	0.2119	440	0.1772	8356	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0155-2.0624	0.202	444	0.1768	8440	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0624-2.1139	0.2258	433	0.1779	8222	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1139-2.171	0.1996	442	0.1736	8399	X-RAY DIFFRACTION	97
2.171-2.2348	0.2155	439	0.1643	8329	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2348-2.3068	0.1918	439	0.1562	8354	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3068-2.3891	0.1954	443	0.1569	8415	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3891-2.4846	0.2	442	0.1688	8397	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4846-2.5975	0.2006	441	0.1633	8384	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5975-2.7341	0.1972	443	0.1633	8404	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7341-2.9049	0.1845	438	0.1547	8330	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9049-3.1284	0.1824	445	0.1529	8442	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1284-3.4418	0.1652	444	0.1426	8446	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4418-3.9365	0.1438	437	0.1374	8310	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9365-4.9472	0.1449	438	0.1228	8313	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9472-19.9887	0.1862	445	0.1689	8436	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8097	1.4047	-1.7369	3.2887	-0.7634	2.0062	-0.0984	0.4719	0.2142	-0.3212	0.1839	0.2657	0.0843	-0.3973	-0.1034	0.2169	0.0024	-0.0605	0.2849	0.0247	0.1984	-4.446	6.2589	8.4974
2	6.691	1.7485	-1.026	2.6956	-2.6009	2.7182	0.0951	-0.3869	-0.4636	0.1476	-0.1691	0.1248	0.1899	-0.0893	0.0028	0.238	0.0315	-0.0065	0.2185	0.0359	0.2313	3.5118	-1.3172	21.5675
3	2.3569	0.044	-0.7802	1.9323	-0.0676	2.7195	-0.0041	0.0599	0.1959	0.022	0.028	0.2654	-0.1159	-0.376	-0.0179	0.1391	0.0291	-0.0346	0.1869	-0.0021	0.1847	-8.2352	8.3668	20.114
4	6.0128	0.6618	-1.368	3.0893	-0.1618	4.5306	-0.0094	0.1537	0.1033	0.0496	0.1185	0.2706	0.2188	-0.7569	-0.1393	0.1901	0.0146	-0.035	0.2186	0.0069	0.234	-10.6137	7.0715	18.0496
5	2.9577	-0.1731	-1.174	2.7012	1.2444	5.3146	0.0542	0.1134	0.3215	0.0067	-0.0444	0.0225	-0.045	0.2992	-0.0435	0.1424	0.037	-0.0006	0.162	0.0125	0.1846	7.5231	13.9257	11.5853
6	2.858	-0.2994	-1.0356	3.3079	-0.6341	3.4292	0.171	-0.2476	0.3361	0.2065	0.0156	0.0842	-0.1953	0.1448	-0.1733	0.1608	0.0136	0.0144	0.1803	-0.0544	0.2017	1.0589	15.816	23.3829
7	4.1782	1.7355	-0.6879	7.3906	-0.7515	3.7727	0.2811	-0.4916	0.2942	0.4075	-0.0773	0.2611	-0.1715	0.0346	-0.2067	0.2071	0.0349	0.022	0.2674	-0.045	0.1972	-3.4509	13.8753	31.5635
8	6.1447	1.1011	-4.5303	2.6173	-1.5051	3.4788	0.0574	-0.2108	0.3117	-0.092	-0.0345	-0.1906	0.0027	0.098	-0.0453	0.2261	-0.007	0.0195	0.1656	-0.052	0.2701	7.5593	17.4025	18.5726
9	2.3206	0.0237	-1.7615	1.6617	-0.4689	3.9493	-0.2892	0.0859	-0.2924	0.0115	-0.0239	0.0369	0.6135	-0.1581	0.2919	0.2896	-0.0096	0.0073	0.1607	-0.021	0.2072	11.0024	-1.9615	2.6699
10	2.907	-0.7506	-0.6315	3.5892	0.7926	2.718	-0.0756	0.0606	-0.0639	-0.07	0.0455	-0.161	0.1469	0.235	0.0265	0.1567	0.0359	-0.0018	0.1527	0.0001	0.1299	19.148	5.9759	2.9111
11	3.1606	1.3	-0.5053	1.3491	-0.2095	2.5304	-0.0544	-0.0328	-0.3184	-0.1853	0.0568	-0.1394	0.1873	0.1084	0.0098	0.1947	0.0327	0.0012	0.1548	-0.0026	0.1563	22.5209	6.3059	-2.4245
12	3.6037	0.6079	-1.8827	3.0475	0.1999	5.0536	-0.3514	0.0705	-0.1921	-0.3455	0.0938	-0.2179	0.4399	0.1975	0.2792	0.2271	0.0765	-0.0007	0.1567	0.0035	0.1566	21.2085	1.0872	-1.918
13	4.0195	1.3574	0.1143	1.6936	0.0035	2.5228	0.0008	-0.3005	-0.046	0.0815	-0.1046	0.0243	0.1059	0.0215	0.0857	0.1965	0.0348	0.0033	0.1544	-0.0038	0.1947	11.9074	2.0781	16.1549
14	2.0199	-0.0686	-0.4511	3.0829	-1.2414	2.6476	0.0125	-0.2949	-0.1012	0.1165	-0.1018	-0.2278	0.1671	0.4231	0.0589	0.147	0.0409	-0.0306	0.2125	0.0081	0.1702	24.5335	5.5721	12.5175
15	2.9513	-0.6878	2.4572	4.4711	-1.1133	4.1841	0.1285	-0.2184	-0.175	0.0178	-0.1072	-0.3546	0.1188	1.0169	0.1084	0.1264	0.0407	-0.014	0.3647	0.015	0.2336	31.5279	9.9959	7.8029
16	7.5536	2.9455	-5.5387	3.0571	-3.7864	6.4634	0.0011	-0.4066	-0.1319	0.3919	-0.0883	-0.1267	-0.0874	0.168	0.0815	0.203	0.0532	-0.0413	0.2176	-0.006	0.1636	18.8397	4.7877	18.416
17	7.7056	-3.1557	2.7623	4.393	-1.3923	3.2163	-0.0833	-0.5197	-0.1043	0.5635	0.0827	0.2297	-0.1707	-0.184	0.0013	0.1977	0.0031	0.0981	0.2614	-0.004	0.2416	27.9892	36.644	20.4279
18	5.2418	-2.8378	2.5128	1.932	-1.728	1.6353	-0.2465	-0.6615	0.032	0.213	0.1974	0.3236	-0.1652	-0.2689	0.0623	0.1789	0.0512	0.0309	0.2856	-0.0184	0.2391	29.3556	45.3519	16.7607
19	3.3677	0.6345	0.503	7.1478	-2.5444	2.1473	0.0291	0.2315	0.101	-0.1847	-0.021	0.3588	-0.4055	-0.0614	-0.0212	0.1731	0.034	0.0213	0.208	0.0109	0.2231	35.5511	47.4382	3.8849
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精密化 TLSグループ

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34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 1 through 17 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 18 through 26 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 27 through 57 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 58 through 69 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 70 through 84 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 85 through 116 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 117 through 134 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 135 through 143 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 1 through 17 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 18 through 26 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 27 through 57 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 58 through 69 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 70 through 84 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 85 through 126 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 127 through 134 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 135 through 143 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 1 through 17 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 18 through 26 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 27 through 57 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 58 through 69 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 70 through 84 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 85 through 126 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 127 through 134 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 135 through 143 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 18 through 26 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 27 through 44 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resid 45 through 57 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resid 58 through 69 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 70 through 84 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resid 85 through 116 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'H' and (resid 117 through 134 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'H' and (resid 135 through 143 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'I' and (resid 1 through 17 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'I' and (resid 18 through 26 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'I' and (resid 27 through 35 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'I' and (resid 36 through 44 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'I' and (resid 45 through 57 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'I' and (resid 58 through 69 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'I' and (resid 70 through 84 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'I' and (resid 85 through 116 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'I' and (resid 117 through 134 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'I' and (resid 135 through 143 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'J' and (resid 1 through 17 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'J' and (resid 18 through 26 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'J' and (resid 27 through 69 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'J' and (resid 70 through 84 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'J' and (resid 85 through 126 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'J' and (resid 127 through 134 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'J' and (resid 135 through 143 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'K' and (resid 1 through 17 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'K' and (resid 18 through 26 )
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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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