PDB-5mgy: Crystal structure of Pseudomonas stutzeri flavinyl transferase Ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mgy

タイトル

Crystal structure of Pseudomonas stutzeri flavinyl transferase ApbE, apo form

要素

FAD:protein FMN transferase

キーワード

PROTEIN BINDING / FAD binding protein flavinyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein flavinylation / FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, L. / Trncik, C. / Andrade, S.L.A. / Einsle, O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2016
タイトル: The flavinyl transferase ApbE of Pseudomonas stutzeri matures the NosR protein required for nitrous oxide reduction.
著者: Zhang, L. / Trncik, C. / Andrade, S.L. / Einsle, O.

履歴

登録	2016年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / reflns_shell / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mgy.cif.gz	915.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mgy.ent.gz	787.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mgy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5mgy_validation.pdf.gz	520.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mgy_full_validation.pdf.gz	555.9 KB	表示
XML形式データ	5mgy_validation.xml.gz	83.8 KB	表示
CIF形式データ	5mgy_validation.cif.gz	113.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/5mgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/5mgy	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2f0a-d 2orp-d 5dgm-d 5jv2-d 1b9h-d 1yqk-d 4zsj-d 5u6i-d 2d0e-d 6j4p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

H: FAD:protein FMN transferase

B: FAD:protein FMN transferase

G: FAD:protein FMN transferase

A: FAD:protein FMN transferase

C: FAD:protein FMN transferase

D: FAD:protein FMN transferase

E: FAD:protein FMN transferase

F: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

288 kDa, 8 ポリマー
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1

H: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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2

B: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

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3

G: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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4

A: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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5

C: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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6

D: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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7

E: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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8

F: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.656, 91.983, 138.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	H	29 - 348
2	1	1	1	B	29 - 348
1	1	2	1	H	29 - 345
2	1	2	1	G	29 - 345
1	1	3	1	H	29 - 348
2	1	3	1	A	29 - 348
1	1	4	1	H	29 - 348
2	1	4	1	C	29 - 348
1	1	5	1	H	29 - 348
2	1	5	1	D	29 - 348
1	1	6	1	H	29 - 348
2	1	6	1	E	29 - 348
1	1	7	1	H	29 - 348
2	1	7	1	F	29 - 348
1	1	8	1	B	29 - 345
2	1	8	1	G	29 - 345
1	1	9	1	B	29 - 348
2	1	9	1	A	29 - 348
1	1	10	1	B	29 - 348
2	1	10	1	C	29 - 348
1	1	11	1	B	29 - 348
2	1	11	1	D	29 - 348
1	1	12	1	B	29 - 348
2	1	12	1	E	29 - 348
1	1	13	1	B	29 - 348
2	1	13	1	F	29 - 348
1	1	14	1	G	29 - 345
2	1	14	1	A	29 - 345
1	1	15	1	G	29 - 345
2	1	15	1	C	29 - 345
1	1	16	1	G	29 - 345
2	1	16	1	D	29 - 345
1	1	17	1	G	29 - 345
2	1	17	1	E	29 - 345
1	1	18	1	G	29 - 345
2	1	18	1	F	29 - 345
1	1	19	1	A	29 - 348
2	1	19	1	C	29 - 348
1	1	20	1	A	29 - 348
2	1	20	1	D	29 - 348
1	1	21	1	A	29 - 348
2	1	21	1	E	29 - 348
1	1	22	1	A	29 - 348
2	1	22	1	F	29 - 348
1	1	23	1	C	29 - 348
2	1	23	1	D	29 - 348
1	1	24	1	C	29 - 348
2	1	24	1	E	29 - 348
1	1	25	1	C	29 - 348
2	1	25	1	F	29 - 348
1	1	26	1	D	29 - 348
2	1	26	1	E	29 - 348
1	1	27	1	D	29 - 348
2	1	27	1	F	29 - 348
1	1	28	1	E	29 - 348
2	1	28	1	F	29 - 348

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.443661, 0.035364, 0.895497), (-0.037632, 0.999075, -0.02081), (-0.895404, -0.024466, 0.444581)	-89.75872, 13.41462, 165.656021
3	given	(1), (1), (1)
4	given	(-0.999157, -0.040653, 0.005729), (-0.040575, 0.99909, 0.013141), (-0.006258, 0.012897, -0.999897)	-0.74542, -3.18193, 270.516785
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(-0.444757, 0.038495, -0.894824), (0.03459, 0.999069, 0.025788), (0.894983, -0.019483, -0.445674)	89.706291, 5.52171, 102.415527
7	given	(1), (1), (1)
8	given	(-0.897057, 0.058773, 0.437988), (0.061168, 0.99809, -0.008652), (-0.43766, 0.01903, -0.898939)	32.5023, 6.52345, 224.284424
9	given	(1), (1), (1)
10	given	(0.893188, 0.058297, -0.445888), (-0.06659, 0.997776, -0.002938), (0.444725, 0.032316, 0.895084)	-31.13928, 14.75033, 44.712139
11	given	(1), (1), (1)
12	given	(-0.031638, 0.059122, -0.997749), (0.039476, 0.997544, 0.057858), (0.99872, -0.037556, -0.033894)	134.396881, -6.56577, 138.498611
13	given	(1), (1), (1)
14	given	(0.03119, 0.049698, 0.998277), (-0.01164, 0.998713, -0.049356), (-0.999446, -0.010081, 0.031728)	-135.816925, 7.88202, 129.858261
15	given	(1), (1), (1)
16	given	(-0.436139, -0.068025, 0.897304), (-0.075337, 0.996398, 0.038919), (-0.89672, -0.050626, -0.439693)	-53.76273, -16.14142, 126.677361
17	given	(1), (1), (1)
18	given	(-0.999994, -0.003296, 0.000888), (-0.003291, 0.999981, 0.00513), (-0.000905, 0.005127, -0.999986)	136.5504, 0.01465, 132.750351
19	given	(1), (1), (1)
20	given	(-0.00842, -0.028415, 0.999561), (0.04115, 0.99874, 0.028738), (-0.999118, 0.041374, -0.00724)	2.00645, -4.02642, 135.698395
21	given	(1), (1), (1)
22	given	(0.000343, -0.040485, -0.99918), (-0.045784, 0.998132, -0.040458), (0.998951, 0.045761, -0.001511)	134.273651, 6.35683, -1.29441
23	given	(1), (1), (1)
24	given	(-0.909938, 0.022946, -0.414109), (0.014376, 0.999613, 0.0238), (0.414495, 0.015703, -0.909916)	124.472328, -11.41323, 189.084976
25	given	(1), (1), (1)
26	given	(0.909433, -0.00591, 0.415809), (0.013916, 0.999772, -0.016226), (-0.415618, 0.020543, 0.909307)	11.90939, -6.03267, -57.08847
27	given	(1), (1), (1)
28	given	(0.437322, -0.078868, 0.89584), (0.065386, 0.996299, 0.055793), (-0.896925, 0.034175, 0.44086)	-89.668999, 2.81447, 168.717285
29	given	(1), (1), (1)
30	given	(0.896521, -0.099467, -0.431691), (0.092035, 0.995025, -0.038133), (0.433336, -0.005544, 0.901215)	-33.318748, 7.75459, 46.545292
31	given	(1), (1), (1)
32	given	(-0.892436, -0.099393, 0.440089), (-0.09726, 0.99488, 0.027462), (-0.440566, -0.018295, -0.897534)	31.041809, 16.218479, 225.853683
33	given	(1), (1), (1)
34	given	(0.024067, -0.099359, 0.994761), (0.0546, 0.993694, 0.097932), (-0.998218, 0.051957, 0.02934)	-134.05722, -10.57042, 132.688293
35	given	(1), (1), (1)
36	given	(-0.024728, -0.090869, -0.995556), (-0.026573, 0.995568, -0.09021), (0.999341, 0.024225, -0.027033)	135.384735, 14.86315, 140.071243
37	given	(1), (1), (1)
38	given	(0.009548, 0.025291, -0.999635), (0.036106, 0.99902, 0.02562), (0.999302, -0.036338, 0.008625)	134.539719, -3.60475, -3.1192
39	given	(1), (1), (1)
40	given	(-0.001482, 0.037295, 0.999303), (-0.040873, 0.998467, -0.037324), (-0.999163, -0.040899, 4.5E-5)	2.41496, 5.68829, 134.087799
41	given	(1), (1), (1)
42	given	(0.90939, -0.025943, 0.415134), (0.019173, 0.999607, 0.020468), (-0.415502, -0.010654, 0.90953)	12.03386, -11.09854, -56.392132
43	given	(1), (1), (1)
44	given	(-0.909002, 0.002963, -0.416781), (0.009074, 0.999878, -0.012682), (0.416692, -0.015309, -0.908919)	124.862823, -6.65503, 189.677444
45	given	(1), (1), (1)
46	given	(-0.999953, -0.005303, 0.008128), (-0.005398, 0.999917, -0.011727), (-0.008065, -0.01177, -0.999898)	136.181442, 1.02207, 133.487366
47	given	(1), (1), (1)
48	given	(-0.405952, 0.025253, 0.913545), (0.05727, 0.998356, -0.002148), (-0.912098, 0.051447, -0.406731)	-54.672661, -8.64487, 121.823334
49	given	(1), (1), (1)
50	given	(0.408372, 0.020851, -0.912578), (-0.029452, 0.99952, 0.009658), (0.91234, 0.022933, 0.40879)	192.432114, -10.26866, 11.19982
51	given	(1), (1), (1)
52	given	(0.41306, -0.030269, -0.910201), (0.070178, 0.997534, -0.001325), (0.907996, -0.063328, 0.414165)	190.991241, -8.60633, 10.22421
53	given	(1), (1), (1)
54	given	(-0.415491, -0.026401, 0.909214), (-0.042348, 0.999056, 0.009658), (-0.908611, -0.03449, -0.416217)	-55.206501, -10.14428, 122.854317
55	given	(1), (1), (1)
56	given	(-0.999613, 0.027745, -0.001969), (0.027729, 0.999587, 0.00759), (0.002179, 0.007533, -0.999969)	0.51396, -1.06696, 270.737701

#1: タンパク質	FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase 分子量: 36017.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri ATCC 14405 = CCUG 16156 (バクテリア) 遺伝子: CXK99_00610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8RKH1, FAD:protein FMN transferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 28% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→138.06 Å / Num. obs: 104767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0155 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.6→138.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 32.48 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.314 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27394	5134	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23187	-	-	-
obs	0.23392	99638	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.044 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.11 Å²	-0 Å²	0.75 Å²
2-	-	-1.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→138.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18672	0	8	45	18725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	18990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	18068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.004	1.975	25701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.12	3	41587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.624	5	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.159	24.277	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.932	15	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.353	15	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	21748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.937	4.921	9867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.937	4.921	9866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.406	7.361	12290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.406	7.362	12291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.883	5.403	9123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.883	5.404	9124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.451	7.925	13412
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.314	91.511	76300
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.314	91.511	76301
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	H	2232	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.13
1	H	2243	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.13
1	H	2252	TIGHT POSITIONAL	0.18	0.13
1	H	2241	TIGHT POSITIONAL	0.18	0.13
1	H	2177	TIGHT POSITIONAL	0.2	0.13
1	H	2261	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.13
1	H	2246	TIGHT POSITIONAL	0.2	0.13
1	H	2261	TIGHT POSITIONAL	0.2	0.13
1	H	2261	TIGHT POSITIONAL	0.23	0.13
1	H	2250	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.13
1	H	2252	TIGHT THERMAL	8.51	1.32
2	H	2261	TIGHT POSITIONAL	0.2	0.13
2	H	2270	TIGHT POSITIONAL	0.18	0.13
2	H	2259	TIGHT POSITIONAL	0.17	0.13
2	H	2319	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.13
2	H	2334	TIGHT POSITIONAL	0.18	0.13
2	H	2334	TIGHT POSITIONAL	0.2	0.13
2	H	2330	TIGHT POSITIONAL	0.21	0.13
2	H	2319	TIGHT POSITIONAL	0.22	0.13
2	H	2377	TIGHT POSITIONAL	0.21	0.13
2	H	2261	TIGHT THERMAL	8.36	1.32
3	H	2270	TIGHT THERMAL	8.5	1.32
4	H	2334	TIGHT THERMAL	6.14	1.32
5	H	2330	TIGHT THERMAL	6.68	1.32
6	H	2388	TIGHT THERMAL	6.81	1.32
7	H	2377	TIGHT THERMAL	8.75	1.32
8	B	2159	TIGHT THERMAL	11.93	1.32
9	B	2288	TIGHT THERMAL	4.3	1.32
10	B	2232	TIGHT THERMAL	6.84	1.32
11	B	2243	TIGHT THERMAL	6.43	1.32
12	B	2252	TIGHT THERMAL	8.06	1.32
13	B	2241	TIGHT THERMAL	6.17	1.32
14	G	2177	TIGHT THERMAL	12.35	1.32
15	G	2261	TIGHT THERMAL	8.03	1.32
16	G	2246	TIGHT THERMAL	8.83	1.32
17	G	2261	TIGHT THERMAL	9.48	1.32
18	G	2261	TIGHT THERMAL	9.77	1.32
19	A	2250	TIGHT THERMAL	7.02	1.32
20	A	2261	TIGHT THERMAL	6.65	1.32
21	A	2270	TIGHT THERMAL	7.3	1.32
22	A	2259	TIGHT THERMAL	6.92	1.32
23	C	2319	TIGHT THERMAL	3.64	1.32
24	C	2334	TIGHT THERMAL	6.22	1.32
25	C	2334	TIGHT THERMAL	6.74	1.32
26	D	2330	TIGHT THERMAL	6.09	1.32
27	D	2319	TIGHT THERMAL	6.04	1.32
28	E	2377	TIGHT THERMAL	6.82	1.32

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.42	404	-
R_work	0.376	7281	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5834	-0.0486	0.576	0.1469	0.2408	1.1796	-0.0228	-0.0453	0.0907	0.0339	-0.0515	-0.0271	0.0528	-0.1607	0.0743	0.0809	-0.0036	-0.0462	0.0272	-0.0049	0.0708	30.674	8.2802	140.0531
2	0.2512	0.1413	-0.0624	0.374	0.0044	0.4921	0.0137	0.0301	0.0093	0.0428	-0.018	-0.0292	-0.0419	-0.0586	0.0043	0.1005	-0.0039	-0.0253	0.013	0.0095	0.0514	77.6668	-0.0293	95.994
3	0.2214	0.0661	0.7349	0.1284	0.0932	2.8868	-0.0655	0.1136	0.0119	-0.0679	0.0316	0.0731	-0.4164	0.5414	0.0339	0.1467	-0.1115	-0.0603	0.1244	0.0128	0.054	-31.5537	7.4604	131.1647
4	0.2936	-0.1495	-0.216	0.5652	0.1145	0.2484	-0.0162	-0.061	-0.0055	-0.0621	-0.0279	0.0393	0.0373	0.084	0.0442	0.098	0.0444	-0.0389	0.043	0.0032	0.0504	59.0641	-0.0285	36.6327
5	0.513	-0.161	0.3341	0.2315	-0.1047	0.6436	0.051	0.15	0.0977	0.0353	-0.1112	-0.0024	0.0294	0.0789	0.0602	0.048	0.0067	0.0351	0.0666	0.0159	0.0969	38.5584	-0.3239	75.3107
6	0.5973	0.0809	0.15	0.2649	0.1409	0.4716	0.0198	-0.0634	0.0613	-0.0348	-0.0862	-0.0031	0.0091	-0.0451	0.0664	0.037	0.0101	0.0251	0.0308	0.0027	0.0783	97.974	0.0019	57.2435
7	0.3234	0.0255	-0.1853	0.1305	0.1157	0.5679	0.0002	-0.0326	-0.0402	-0.0274	-0.0011	-0.0855	0	-0.1443	0.0009	0.0514	0.0073	0.031	0.0887	-0.018	0.0693	5.4263	8.6179	104.2927
8	0.7894	0.0539	-0.7078	0.3393	-0.3066	0.94	0.0029	0.1353	0.0683	0.0704	0.064	0.0193	-0.0364	-0.1015	-0.067	0.0511	-0.0095	0.0177	0.0836	0.0059	0.029	-5.0165	8.4513	166.5817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	29 - 348
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	29 - 348
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	29 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	29 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	29 - 348
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	29 - 348
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	29 - 348
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	29 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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