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- PDB-5mfm: Designed armadillo repeat protein peptide fusion YIIIM6AII_GS11_(KR)5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mfm
タイトルDesigned armadillo repeat protein peptide fusion YIIIM6AII_GS11_(KR)5
要素
  • Importin subunit alpha
  • YIIIM6AII_GS11_(KR)5
キーワードDE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
B: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
C: Importin subunit alpha
D: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
E: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
F: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
P: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
Q: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,07047
ポリマ－291,5338
非ポリマー1,53739
水6,449358
1
A: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7179
ポリマ－36,4061
非ポリマー3118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6157
ポリマ－36,4061
非ポリマー2096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Importin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,02110
ポリマ－36,6921
非ポリマー3299
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,77310
ポリマ－36,4061
非ポリマー3679
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4543
ポリマ－36,4061
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: YIIIM6AII_GS11_(KR)5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6786
ポリマ－36,4061
非ポリマー2735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
P: YIIIM6AII_GS11_(KR)5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4061
ポリマ－36,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
Q: YIIIM6AII_GS11_(KR)5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4061
ポリマ－36,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.760, 89.390, 123.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABDEFPQC

#1: タンパク質
YIIIM6AII_GS11_(KR)5


分子量: 36405.797 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質 Importin subunit alpha


分子量: 36692.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: AO440_003254, AO440_005522 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 397分子

#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 37.5% (MPD/PEG1000/PEG3350), 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, Bicine/TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.69 Å / Num. obs: 77719 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 50.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / CC1/2: 0.156 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→44.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.533 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3887 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 77719 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 78.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8082 Å20 Å23.3082 Å2
2---3.5701 Å20 Å2
3---0.7619 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→44.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15537 0 57 358 15952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00816218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0321933HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5933SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes636HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2227HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16218HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2146SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies52HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19869SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 286 5 %
Rwork0.258 5436 -
all0.259 5722 -
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8286-0.4351.480.79550.69942.4966-0.1289-0.10180.11770.0989-0.00010.11980.0837-0.12940.129-0.1091-0.01560.003-0.0551-0.0335-0.0282-1.99611.9414-25.6833
22.5282-0.03031.44690.9245-0.30461.68420.02040.2430.0827-0.13040.02140.22570.3371-0.1097-0.0418-0.1098-0.0335-0.1097-0.03210.065-0.0662-16.451947.221411.5232
30.3970.1706-0.01980-0.0043-0.0110.00090.0029-0.00250.0010.00540.0057-0.0089-0.0031-0.0063-0.02160.0008-0.00910.0044-0.0168-0.0054-93.034844.4305-41.1398
43.18420.07831.18181.003-0.58511.06730.0932-0.3978-0.0203-0.2141-0.1238-0.1780.2231-0.13990.0307-0.07340.02250.0157-0.03680.0331-0.0947-57.357.4835-56.365
5-0.0389-0.35950.14560-0.27390.3663-0.002-0.0013-0.0017-0.00750.00080.0052-0.0064-0.00380.00120.00920.0036-0.0465-0.01740.0232-0.024-69.340919.3334-88.8374
66.01670.02283.37360.6911-0.02772.30990.1189-0.32750.24160.0475-0.3032-0.05880.23310.00820.1843-0.134-0.0522-0.0060.00860.0082-0.2621-43.396644.2471-16.4024
74.02010.79450.97270-0.36162.53440.1164-0.54960.166-0.0706-0.2137-0.04690.02690.06310.0973-0.18660.0194-0.00250.0125-0.0612-0.1214-35.185513.7472-46.1899
83.63990.6482.48260.8389-0.39162.81950.01350.22960.3481-0.0115-0.28020.09720.24720.31770.2667-0.10020.01250.0134-0.04580.003-0.1367-56.678649.9758-37.2937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ P|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ Q|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ D|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ E|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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