PDB-5mfk: Designed armadillo repeat protein YIII(Dq.V1)4CPAF in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mfk

タイトル

Designed armadillo repeat protein YIII(Dq.V1)4CPAF in complex with peptide (KR)4

要素

(KR)4
YIII(Dq.V1)4CPAF

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mfk.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mfk.ent.gz	156.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mfk_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mfk_full_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示
XML形式データ	5mfk_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	5mfk_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mfk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5mfbC 5mfeC 5mffC 5mfgC 5mfhC 5mfiC 5mfjC 5mflC 5mfmC 5mfnC 5mfoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c38-d 5mfb-1 5ltv-2 5t20-5 1t2v-3 4ifi-d 2erh-d 3pxe-1 5t20-1 2hje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YIII(Dq.V1)4CPAF

B: YIII(Dq.V1)4CPAF

C: (KR)4

D: (KR)4

54 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YIII(Dq.V1)4CPAF

C: (KR)4

登録者が定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YIII(Dq.V1)4CPAF

D: (KR)4

登録者が定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.470, 51.920, 69.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	YIII(Dq.V1)4CPAF 分子量: 25851.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	(KR)4 分子量: 1163.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.2 M KSCN, 0.1 M Na Acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40.41 Å / Num. obs: 20024 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 42.95 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / CC_1/2: 0.923 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.3→40.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.41 / SU R_free Blow DPI: 0.244 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.248

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	987	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	19733	98.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.4054 Å²	0 Å²	1.18 Å²
2-	-	-6.6786 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7268 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→40.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3685	0	0	158	3843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	3749	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	5074	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1384	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		149	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		511	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3749	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.4
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		511	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4738	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.42 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	143	5 %
R_work	0.211	2715	-
all	0.212	2858	-
obs	-	-	99.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5038	-1.0871	0.0886	1.3926	0.0086	0.8157	0.0637	-0.1823	-0.2294	-0.0826	-0.058	0.0638	0.1509	0.0688	-0.0057	-0.0391	0.037	-0.0043	-0.0091	-0.0147	-0.0531	22.9342	9.5747	11.911
2	1.7008	-0.7075	1.3121	1.0995	-1.3453	2.7803	0.0441	0.1986	0.2067	-0.0837	-0.0789	0.0235	0.0006	0.1337	0.0348	-0.068	-0.009	0.0152	-0.0239	0.0281	-0.0266	40.9639	21.0025	33.018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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