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- PDB-5mfe: Designed armadillo repeat protein YIIIM5AII in complex with (RR)4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mfe
タイトルDesigned armadillo repeat protein YIIIM5AII in complex with (RR)4 peptide
要素
  • (RR)4
  • YIIIM5AII
キーワードDE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YIIIM5AII
B: YIIIM5AII
C: YIIIM5AII
D: YIIIM5AII
E: (RR)4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,97637
ポリマ－121,3855
非ポリマー1,59032
水8,251458
1
B: YIIIM5AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2545
ポリマ－30,0271
非ポリマー2264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: YIIIM5AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,51212
ポリマ－30,0271
非ポリマー48511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: YIIIM5AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3787
ポリマ－30,0271
非ポリマー3506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: YIIIM5AII
E: (RR)4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,83213
ポリマ－31,3032
非ポリマー52911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.000, 103.673, 134.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
YIIIM5AII


分子量: 30027.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド (RR)4


分子量: 1275.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG8000 5%, MPD 27.27%, NaCacodylate 0.1M pH7 200mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.35 Å / Num. obs: 83955 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 33.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 3.68 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.155 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MFC

5mfc


解像度: 1.95→48.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 4163 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 83318 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7323 Å20 Å20 Å2
2--2.7384 Å20 Å2
3----1.0061 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8433 0 74 458 8965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018675HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1311799HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3069SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes357HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1188HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8675HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd7SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1157SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies8HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11145SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 284 5.02 %
Rwork0.226 5378 -
all0.227 5662 -
obs--92.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75560.4753-0.27020.8158-0.32131.42670.01040.04630.0935-0.07130.13740.0604-0.30430.0921-0.1477-0.01790.00110.0344-0.0719-0.0434-0.0823-8.161611.695224.8312
21.025-0.3055-0.01331.6503-0.68041.5306-0.0262-0.06170.08240.1767-0.05140.0102-0.0994-0.14850.0777-0.0895-0.0178-0.0264-0.1199-0.032-0.0648-33.57424.550940.9382
30.09840.2054-0.16590.7009-0.62140.9492-0.00940.0601-0.0694-0.1560.0459-0.01250.0696-0.0694-0.0366-0.01020.0114-0.022-0.04370.0305-0.0024-15.8618-25.11684.7921
40.73630.25660.01390.8581-0.46730.9927-0.037-0.111-0.09430.03210.01780.0180.0352-0.03540.0191-0.05020.04680.0153-0.03730.0139-0.0563-10.4715-30.056634.3101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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