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万見
- PDB-5mf5: PA3825-EAL Mg-CdG Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mf5
タイトルPA3825-EAL Mg-CdG Structure
要素Diguanylate phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / EAL / Phosphodiesterase / biofilm formation / P Aeruginosa / PA3825
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative cyclic diguanylate phosphodiesterase, CSS motif-containing domain / CSS motif domain associated with EAL / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / TIM Barrel ...Putative cyclic diguanylate phosphodiesterase, CSS motif-containing domain / CSS motif domain associated with EAL / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / : / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Horrell, S. / Bellini, D. / Strange, R. / Wagner, A. / Walsh, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Dimerisation induced formation of the active site and the identification of three metal sites in EAL-phosphodiesterases.
著者: Bellini, D. / Horrell, S. / Hutchin, A. / Phippen, C.W. / Strange, R.W. / Cai, Y. / Wagner, A. / Webb, J.S. / Tews, I. / Walsh, M.A.
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年12月21日ID: 4Y9Q
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22019年7月3日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_remark / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_PDB_remark.text / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2455
ポリマ－28,4821
非ポリマー7634
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.590, 64.590, 135.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-451-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate phosphodiesterase


分子量: 28481.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AO964_02925 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: A0A140SMD7, UniProt: Q9HXH7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.8 M sodium phosphate monobasic, 1.2 M potassium phosphate dibasic and 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.2 M Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→29.16 Å / Num. obs: 28763 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 178724
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.77-1.826.70.651379020720.8510.2670.7052.699.9
7.92-29.165.30.019211239810.0080.02155.798.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.3.6データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y9O

4y9o


解像度: 1.77→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.02 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1427 5 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1994 27262 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.43 Å2 / Biso mean: 32.941 Å2 / Biso min: 14.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.08 Å2-0 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2004 0 49 168 2221
Biso mean--24.41 37.32 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6372.0132964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00134753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8225270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.71822.95998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80715362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6591521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3723.0931062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3723.091061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5114.6141338
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 119 -
Rwork0.287 1940 -
all-2059 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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