PDB-5meb: Crystal structure of yeast Cdt1 C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5meb

タイトル

Crystal structure of yeast Cdt1 C-terminal domain

要素

Cell division cycle protein CDT1

キーワード

CELL CYCLE / Cdt1 / MCM / winged helix / yeast / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / double-strand break repair via break-induced replication / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication origin binding / cell division / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Pye, V.E. / Frigola, J. / Diffley, J.F.X. / Cherepanov, P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cdt1 stabilizes an open MCM ring for helicase loading.
著者: Jordi Frigola / Jun He / Kerstin Kinkelin / Valerie E Pye / Ludovic Renault / Max E Douglas / Dirk Remus / Peter Cherepanov / Alessandro Costa / John F X Diffley /

要旨: ORC, Cdc6 and Cdt1 act together to load hexameric MCM, the motor of the eukaryotic replicative helicase, into double hexamers at replication origins. Here we show that Cdt1 interacts with MCM ...

履歴

登録	2016年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5meb.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5meb.ent.gz	89.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5meb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5meb_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5meb_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	5meb_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	5meb_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5meb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5meb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3679C 3680C 3681C 5me9C 5meaC 5mecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pqz-d 3evx-1 3cnw-2 4yme-d 3evx-4 5is1-d 5h1d-d 3kpa-2 6u6v-d 5n8q-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell division cycle protein CDT1

B: Cell division cycle protein CDT1

ヘテロ分子

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division cycle protein CDT1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell division cycle protein CDT1

登録者が定義した集合体
12.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.930, 85.870, 89.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cell division cycle protein CDT1 / SIC1 indispensable protein 2 / Topoisomerase-A hypersensitive protein 11 分子量: 12935.186 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 495-604 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TAH11, CDT1, SID2, YJR046W, J1641 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47112
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.17 % / 解説: 64.94
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% glycerol, 0.1M MES pH 6.5, 1.8M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97246 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97246 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45 Å / Num. obs: 31908 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 18.4 % / R_merge(I) obs: 1.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	phenix.autosolve	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→44.595 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.45 / 位相誤差: 21.1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	3116	5.06 %	random
R_work	0.1835	-	-	-
obs	0.1848	31905	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.595 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	10	319	2091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1877
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	2543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.948	734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8281	0.2955	146	0.2895	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8281-1.8581	0.2955	137	0.2833	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8581-1.8902	0.2816	138	0.2608	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8902-1.9245	0.3067	142	0.2503	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9245-1.9615	0.2478	158	0.2219	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9615-2.0016	0.2142	141	0.2244	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0016-2.0451	0.2034	141	0.2036	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0451-2.0927	0.2122	131	0.1836	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0927-2.145	0.2258	138	0.1824	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.145-2.203	0.2538	141	0.1875	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.203-2.2678	0.2155	135	0.1855	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.341	0.2275	135	0.1837	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.341-2.4247	0.2771	95	0.1931	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4247-2.5218	0.2311	124	0.1876	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5218-2.6365	0.2057	159	0.1772	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6365-2.7755	0.2024	142	0.1753	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7755-2.9494	0.2075	121	0.1841	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9494-3.177	0.1772	133	0.1778	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.177-3.4966	0.2058	142	0.1603	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4966-4.0023	0.176	168	0.1541	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0023-5.0414	0.1733	130	0.1533	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0414-44.6087	0.217	150	0.2034	2579	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0628	0.5218	-0.0427	1.1736	0.4478	0.5511	-0.0693	-0.2601	-0.2136	0.352	-0.2155	0.229	0.561	-0.6042	-0.0001	0.4178	-0.0311	0.0666	0.4128	-0.0181	0.2984	29.9943	54.6815	63.2003
2	5.0217	0.1311	0.654	3.0478	-0.5594	1.5861	0.0897	-0.1081	-0.1903	0.0456	-0.0637	-0.0327	0.0516	-0.0414	-0.0066	0.1355	-0.0176	-0.0076	0.1423	0.0018	0.1334	42.3171	59.9104	45.8245
3	0.992	-0.1478	-0.0478	1.339	0.2426	0.3634	-0.3124	-0.244	0.0844	0.6994	0.0649	0.2518	-0.3976	-0.234	0.0006	0.3282	-0.0013	0.0178	0.252	-0.0613	0.3215	31.2753	47.7548	47.3732
4	0.6352	-0.5683	0.2018	0.1829	-0.1289	0.588	0.004	0.1475	0.1322	-0.1458	-0.1281	0.0153	-0.1955	-0.2123	-0.0003	0.3488	0.0301	0.0007	0.3248	0.0072	0.2671	28.3563	30.0654	26.7729
5	4.3117	-0.8668	-0.5136	2.5186	-0.4945	1.7543	0.0995	0.1781	0.0507	-0.0441	-0.0557	-0.0009	0.0069	0.0092	-0.0021	0.1444	0.0162	0.0105	0.1367	-0.0022	0.1204	41.0661	25.4615	42.5307
6	0.7406	-0.0303	-0.1852	1.2837	0.5731	0.2983	0.0521	0.1379	0.2411	-0.3483	-0.2971	0.272	0.0892	-0.3733	-0.0001	0.2945	0.0409	-0.0089	0.2255	-0.0281	0.3501	30.0127	37.1446	43.1725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 493:513)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 514:586)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 587:604)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 493:514)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 515:584)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 585:601)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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