PDB-5me9: Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5me9

タイトル

Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1.

要素

Cell division cycle protein CDT1

キーワード

CELL CYCLE / Cdt1 / MCM / winged helix / yeast / DNA replication

機能・相同性

機能・相同性情報

pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / double-strand break repair via break-induced replication / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication origin binding / cell division / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Pye, V.E. / Frigola, J. / Diffley, J.F.X. / Cherepanov, P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cdt1 stabilizes an open MCM ring for helicase loading.
著者: Jordi Frigola / Jun He / Kerstin Kinkelin / Valerie E Pye / Ludovic Renault / Max E Douglas / Dirk Remus / Peter Cherepanov / Alessandro Costa / John F X Diffley /

要旨: ORC, Cdc6 and Cdt1 act together to load hexameric MCM, the motor of the eukaryotic replicative helicase, into double hexamers at replication origins. Here we show that Cdt1 interacts with MCM ...

履歴

登録	2016年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5me9.cif.gz	466 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5me9.ent.gz	388.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5me9_full_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示
XML形式データ	5me9_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	5me9_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5me9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5me9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3679C 3680C 3681C 5meaC 5mebC 5mecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5if9-d 4cwd-d 5hk0-d 5mea-d 4q6p-d 2xre-2 4bhg-d 1zag-3 4c5w-d 5c8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell division cycle protein CDT1

B: Cell division cycle protein CDT1

C: Cell division cycle protein CDT1

ヘテロ分子

151 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division cycle protein CDT1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell division cycle protein CDT1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cell division cycle protein CDT1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.897, 122.545, 148.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cell division cycle protein CDT1 / SIC1 indispensable protein 2 / Topoisomerase-A hypersensitive protein 11 分子量: 49858.590 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 2-438 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues 1-438 of Cdt1 were recombinantly expressed and purified, residues which are missing in the structure were not defined in the electron density. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TAH11, CDT1, SID2, YJR046W, J1641 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47112
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→74.197 Å / Num. obs: 42303 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	phenix.autosolve	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→74.197 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 28.99

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2311	4056	5.06 %	Random selection
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2006	42217	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→74.197 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9047	0	53	92	9192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.767	12659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.865	3440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7318	0.3509	184	0.2918	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7318-2.7651	0.3631	135	0.2981	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7651-2.8001	0.315	140	0.2766	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8001-2.8369	0.261	126	0.283	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8369-2.8758	0.3269	125	0.2815	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8758-2.9169	0.363	140	0.269	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9169-2.9604	0.2941	174	0.2698	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9604-3.0067	0.362	115	0.2613	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0067-3.056	0.2552	137	0.2667	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.056-3.1087	0.3215	133	0.2658	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1087-3.1652	0.2955	120	0.2388	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1652-3.2261	0.3407	128	0.2446	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2261-3.2919	0.274	150	0.2313	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2919-3.3635	0.2409	102	0.2221	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3635-3.4418	0.2738	153	0.2166	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4418-3.5278	0.2721	134	0.2053	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5278-3.6232	0.2594	142	0.2061	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6232-3.7298	0.1939	125	0.2035	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7298-3.8502	0.2281	142	0.1938	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8502-3.9878	0.2396	146	0.1897	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9878-4.1475	0.2105	136	0.1695	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1475-4.3362	0.1899	125	0.1647	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3362-4.5648	0.1516	155	0.1542	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5648-4.8507	0.1916	145	0.1541	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8507-5.2252	0.1675	120	0.1523	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2252-5.7508	0.2196	156	0.178	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7508-6.5825	0.2271	170	0.2046	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5825-8.2915	0.2295	166	0.1966	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2915-74.2245	0.1992	132	0.1796	2589	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6495	0.7858	-0.482	1.9685	0.4309	2.2802	0.0068	-0.2316	0.214	0.1227	0.0878	-0.181	-0.4242	0.2501	-0	0.6748	-0.069	-0.0677	0.6396	-0.0199	0.6696	-39.7574	-32.7126	-46.0234
2	1.2528	-0.2974	-0.1012	2.5478	0.4896	2.9035	-0.0223	-0.2942	0.089	0.3887	-0.0179	-0.0503	-0.232	0.1456	0	0.6543	-0.1187	-0.035	0.6568	0.0101	0.6442	-42.9864	-37.1592	-42.4329
3	0.4426	-0.1624	0.3969	-0.5103	0.077	0.637	0.109	-0.1681	-0.1167	-0.1566	-0.2088	0.1758	-0.9408	-0.274	-0.0003	0.8722	0.0743	0.0108	0.6835	-0.0217	0.8126	-69.2774	-50.3014	-38.191
4	1.5666	0.4724	-1.3294	1.2572	-0.4141	2.1602	0.0269	0.4823	0.0036	-0.297	-0.0362	0.2711	-0.7297	-0.4885	-0	0.824	0.118	-0.0663	0.8639	-0.0481	0.8193	-79.7625	-54.9962	-34.847
5	1.6794	-1.4114	-0.4463	3.5416	0.7564	2.0139	-0.2101	-0.2006	-0.0735	0.5658	0.1683	-0.1254	0.6108	0.294	-0	0.5954	0.1064	0.0209	0.6703	0.0265	0.6148	2.2802	-25.3889	-55.5315
6	1.6058	-0.6443	0.1712	1.3276	1.1443	1.1569	-0.0839	0.1881	-0.204	0.0615	-0.0388	0.1889	0.213	0.0751	1.525	0.3892	0.0345	0.0684	0.3988	0.0035	0.4038	-5.9503	-20.5458	-59.0167
7	0.5921	0.1519	0.3089	0.7784	-0.2079	0.8136	-0.1543	0.0361	-0.0352	-0.1479	0.2162	0.5182	0.42	-0.3453	0	0.8698	-0.1182	-0.067	0.829	0.0403	0.9317	-37.8951	-11.5496	-65.5975
8	1.0545	-1.1751	-0.0503	1.3627	-0.2642	0.7363	0.0383	-0.3513	0.164	-0.1267	-0.0287	0.4156	-0.0359	-0.4067	-0	0.7555	-0.1231	-0.0292	0.8395	-0.0063	0.896	-33.9574	-0.9014	-68.6036
9	2.4598	-1.3604	-0.6781	3.7254	1.8514	1.6442	-0.1076	-0.0253	-0.0367	0.2387	0.1014	-0.0842	0.7418	0.4489	0.0002	0.9558	0.2263	-0.02	0.8628	0.0409	0.7119	3.2862	-26.3057	-8.2279
10	1.5593	-1.0323	-0.6842	1.9139	2.0017	2.5201	0.0096	0.3656	-0.3407	0.0596	-0.4473	0.2539	0.367	-0.0558	-0.0002	0.9734	0.2166	0.0024	0.849	-0.0484	0.7828	-5.6761	-22.2648	-10.3743
11	0.868	-0.182	-0.9716	0.9745	0.3364	1.0991	-0.1713	-0.371	0.0883	0.3483	-0.1264	-0.0212	0.8302	-0.5024	-0.0003	0.9995	-0.1116	-0.0939	0.7567	-0.0261	0.7144	-38.7275	-14.3412	-17.8263
12	1.5756	-0.5111	0.6402	1.3133	-0.3473	1.5014	0.063	-0.2279	-0.0078	0.0483	-0.1286	0.2002	0.5939	-0.1631	-0.0001	0.9113	-0.0425	-0.0552	0.7933	-0.0731	0.8176	-38.3076	-4.9352	-16.6722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 12:100)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 101:293)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 294:334)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 335:432)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 12:135)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 136:301)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 302:379)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 380:430)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 14:137)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 138:302)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 303:349)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 350:431)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)