PDB-5me7: Crystal Structure of eiF4E from C. melo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5me7

タイトル

Crystal Structure of eiF4E from C. melo

要素

Eukaryotic transcription initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / eIF4E / C. melo

機能・相同性

機能・相同性情報

translation initiation factor activity / translational initiation / defense response to virus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cucumis melo (マスクメロン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Querol-Audi, J. / Silva, C. / Miras, M. / Aranda-Regules, M. / Verdaguer, N.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2017
タイトル: Structure of eIF4E in Complex with an eIF4G Peptide Supports a Universal Bipartite Binding Mode for Protein Translation.
著者: Miras, M. / Truniger, V. / Silva, C. / Verdaguer, N. / Aranda, M.A. / Querol-Audi, J.

履歴

登録	2016年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5me7.cif.gz	298.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5me7.ent.gz	244 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5me7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5me7_validation.pdf.gz	463 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5me7_full_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示
XML形式データ	5me7_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	5me7_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5me7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5me7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5me5C 5me6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5me6-1 5w8m-4 1oc3-3 5me6-2 2kfp-d 2lgh-d 6p8r-4 6hdu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

B: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

C: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

D: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

ヘテロ分子

85.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Eukaryotic transcription initiation factor 4E

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.746, 108.957, 122.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	MET	MET	A	A	53 - 234	4 - 185
2	1	ALA	ALA	MET	MET	B	B	53 - 234	4 - 185
1	2	ASN	ASN	VAL	VAL	A	A	51 - 235	2 - 186
2	2	ASN	ASN	VAL	VAL	C	C	51 - 235	2 - 186
1	3	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	52 - 235	3 - 186
2	3	ALA	ALA	VAL	VAL	D	D	52 - 235	3 - 186
1	4	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	53 - 235	4 - 186
2	4	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	53 - 235	4 - 186
1	5	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	53 - 235	4 - 186
2	5	ALA	ALA	VAL	VAL	D	D	53 - 235	4 - 186
1	6	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	52 - 235	3 - 186
2	6	ALA	ALA	VAL	VAL	D	D	52 - 235	3 - 186

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Eukaryotic transcription initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E 分子量: 21348.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumis melo (マスクメロン) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q00LS8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃ / 由来: (組換発現) Cucumis melo (マスクメロン) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→81.31 Å / Num. obs: 39619 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.103 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.32	3.6	0.384	2	1	97.8
2.32-2.46	3.8	0.282	2.6	1	99.7
2.46-2.63	3.7	0.212	3.4	1	99.8
2.63-2.84	3.6	0.153	4.6	1	99.6
2.84-3.11	3.8	0.116	5.4	1	99.9
3.11-3.48	3.7	0.095	5.8	1	99.4
3.48-4.02	3.7	0.089	6.2	1	99.4
4.02-4.92	3.7	0.086	6.5	1	99.3
4.92-6.96	3.5	0.085	6.6	1	99.3
6.96-47.08	3.4	0.087	5.8	1	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 12.595 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21392	1985	5 %	RANDOM
R_work	0.18671	-	-	-
obs	0.1881	37628	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.734 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5708	0	30	142	5880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.012	0.02	5337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.951	1.902	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.917	3	12290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.802	5	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.525	24.348	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.377	15	930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.861	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	6744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.796	2.697	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.792	2.696	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.845	4.031	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.846	4.031	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.582	3.042	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.582	3.042	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.08	4.42	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.897	21.913	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.886	21.819	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18564	0.11
1	2	B	18564	0.11
2	1	A	18814	0.09
2	2	C	18814	0.09
3	1	A	18438	0.1
3	2	D	18438	0.1
4	1	B	18370	0.1
4	2	C	18370	0.1
5	1	B	18264	0.11
5	2	D	18264	0.11
6	1	C	17952	0.1
6	2	D	17952	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	139	-
R_work	0.26	2619	-
obs	-	-	95.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.342	-0.7278	-1.2512	2.07	0.8127	3.2426	0.0399	0.3044	-0.0624	-0.1586	-0.1667	0.2082	0.132	-0.3559	0.1268	0.0504	-0.0012	-0.0363	0.0964	-0.0562	0.1091	-14.7824	2.9772	-16.7989
2	1.9007	0.1977	-0.0157	3.4873	-0.0721	1.6267	0.0381	0.159	-0.0683	-0.1111	-0.0186	-0.155	0.0275	0.2064	-0.0196	0.0061	0.0132	-0.0046	0.1359	0.0089	0.1104	-41.9941	23.5281	-14.9446
3	2.6372	0.1108	0.0357	2.3616	-0.113	2.7617	-0.005	-0.0216	0.017	-0.0383	-0.0265	0.2771	-0.1554	-0.1883	0.0315	0.0411	0.0028	-0.0097	0.062	0.0409	0.1352	-10.8438	41.0084	-20.4629
4	2.0617	-0.7665	0.3039	3.3286	-0.2644	2.004	-0.1262	-0.3346	0.3589	0.4209	-0.0117	0.039	-0.4806	-0.0732	0.1379	0.5836	0.0005	-0.0365	0.2498	-0.0723	0.2372	-18.5651	16.0251	-53.013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	53 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	51 - 235
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	51 - 235

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