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- PDB-5mdk: Crystal structure of an O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase from Ralst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mdk
タイトルCrystal structure of an O2-tolerant [NiFe]-hydrogenase from Ralstonia eutropha in its as-isolated form (oxidized state - state 3)
要素(Uptake hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NIFE] HYDROGENASE / KNALLGASBACTERIA / PROTEOBACTERIA / AEROBIC HYDROGEN BACTERIA / DEHYDROGENASE / HYDROGEN CATALYSIS / METALLOENZYME / DIHYDROGEN / BIMETALLIC / METALLOPROTEIN CATALYTIC CENTER / NI-FE ACTIVE SITE / T-CLUSTER / FE-S CLUSTER / [4Fe-3S] CLUSTER / [3Fe-4S] CLUSTER / [4Fe-4S] CLUSTER / AS-ISOLATED STATE / OXIDIZED STATE / NATIVE / OXYGEN TOLERANT HYDROGENASE / MEMBRANE BOUND / MEMBRANE / HYDROPHOBIC TUNNEL / GAS TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...hydrogenase (acceptor) / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / FE4-S3 CLUSTER / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Uptake hydrogenase large subunit / Uptake hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha H16 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schmidt, A. / Kalms, J. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationCluster of Excellence - Unifying Concepts in Catalysis - UniCat - (EXC 314) ドイツ
German Research FoundationSFB 740-B6 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Tracking the route of molecular oxygen in O2-tolerant membrane-bound [NiFe] hydrogenase.
著者: Kalms, J. / Schmidt, A. / Frielingsdorf, S. / Utesch, T. / Gotthard, G. / von Stetten, D. / van der Linden, P. / Royant, A. / Mroginski, M.A. / Carpentier, P. / Lenz, O. / Scheerer, P.
履歴
登録2016年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年3月28日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Uptake hydrogenase large subunit; HOXG
S: Uptake hydrogenase small subunit; HOXK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,58210
ポリマ－103,2742
非ポリマー1,3088
水11,746652
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.110, 95.567, 119.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Uptake hydrogenase ... , 2種, 2分子 LS

#1: タンパク質 Uptake hydrogenase large subunit; HOXG / Hydrogenlyase / Membrane-bound hydrogenase large subunit


分子量: 67247.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia eutropha H16 (バクテリア)
遺伝子: HOXG / 発現宿主: Ralstonia eutropha H16 (バクテリア) / 株 (発現宿主): H16 DSM 428 STANIER 337 / 参照: UniProt: P31891, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Uptake hydrogenase small subunit; HOXK / Hydrogenlyase / Membrane-bound hydrogenase small subunit


分子量: 36027.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia eutropha H16 (バクテリア)
遺伝子: HOXK / 発現宿主: Ralstonia eutropha H16 (バクテリア) / 株 (発現宿主): H16 DSM 428 STANIER 337 / 参照: UniProt: P31892, hydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 7種, 660分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NFV / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER


分子量: 210.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2NiO2
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#8: 化合物 ChemComp-F4S / FE4-S3 CLUSTER / T-CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20-30% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.78 Å / Num. obs: 134109 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RGW/4IUB

3rgw

4iub


解像度: 1.5→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 2.833 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15335 6825 5.1 %RANDOM
Rwork0.1252 ---
obs0.12662 127184 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6742 0 35 652 7429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0387143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0226667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9589774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8453.00115371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8115935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33523.754325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.753151150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0571547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3771.9213539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3761.9213538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5832.8834436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5832.8834437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4542.1013604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4512.1023597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6813.0875298
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.50116.8348901
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.50116.8348902
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.968313810
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.7765199
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.002514078
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 526 -
Rwork0.244 9085 -
obs--97.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5374-0.37680.00680.512-0.03780.1779-0.01990.0255-0.0550.0115-0.0058-0.0134-0.01240.02590.02560.0338-0.0072-0.00570.00890.00410.03191.8353-2.82316.7742
20.4232-0.1095-0.0510.2791-0.07470.4703-0.0699-0.097-0.03030.07430.04360.0492-0.0251-0.03220.02630.05110.0230.0140.03190.01230.0182-13.70485.853424.5772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L3 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2S5 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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