PDB-5mc5: Crystal Structure of delGlu452 mutant of Human Prolidase with Mn ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mc5

タイトル

Crystal Structure of delGlu452 mutant of Human Prolidase with Mn ions and GlyPro ligand

要素

Xaa-Pro dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wilk, P. / Mueller, U. / Dobbek, H. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2016年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mc5.cif.gz	427.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mc5.ent.gz	351.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mc5_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mc5_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	5mc5_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	5mc5_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mbyC 5mbzC 5mc0C 5mc1C 5mc2C 5mc3C 5mc4C 6h2pC 6h2qC 5m4jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mc1-d 5mc3-d 5mbz-d 5m4q-d 6h2p-d 6h2q-d 5mby-d 6sre-d 5mc0-d 5mc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m35mc5 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.779, 108.043, 211.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
1	1	2	CHAIN A
2	1	2	CHAIN B

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase 分子量: 53106.340 Da / 分子数: 2 / 変異: delE452 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

#1: タンパク質

Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase

分子量: 53106.340 Da / 分子数: 2 / 変異: delE452 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 6種, 973分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH範囲: 7.6-8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.899→48.1 Å / Num. obs: 93478 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.75 % / B_iso Wilson estimate: 28.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 6.67 % / R_merge(I) obs: 1.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
XSCALE		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M4J

5m4j

解像度: 1.9→46.58 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	2101	2.25 %
R_work	0.148	-	-
obs	0.148	93464	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7433	0	42	961	8436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7783
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	10552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9	2884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1387

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5366	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5366	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	1	A	14	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	14	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8985-1.9427	0.2964	134	0.2791	5843	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9427-1.9913	0.3036	140	0.2485	6058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9913-2.0451	0.2534	138	0.2274	6032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0451-2.1053	0.258	140	0.2073	6061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1053-2.1732	0.2331	139	0.1886	6064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1732-2.2509	0.2159	140	0.1788	6079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2509-2.341	0.1975	139	0.1697	6054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.341-2.4476	0.2226	139	0.1572	6069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4476-2.5766	0.1955	141	0.1551	6110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5766-2.738	0.1824	139	0.1465	6054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.738-2.9494	0.1905	140	0.1381	6100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9494-3.2461	0.141	142	0.1261	6146	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2461-3.7157	0.1397	141	0.1147	6148	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7157-4.6807	0.13	142	0.1081	6192	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6807-46.5909	0.1887	147	0.1501	6353	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0746	0.0739	0.14	0.9878	-0.4264	1.3318	0.0272	-0.0688	0.1765	0.2594	0.0189	0.1615	-0.2797	-0.1482	-0.0529	0.3146	0.0445	0.0422	0.2592	0.0101	0.2845	11.3444	23.8317	95.814
2	0.65	0.067	0.4393	1.0176	0.06	2.1446	0.0141	-0.1312	0.0259	0.2326	0.0178	0.0789	-0.1904	0.0194	-0.041	0.2725	0.0204	0.0318	0.2338	0.016	0.2681	16.0877	16.0089	95.1552
3	0.6262	0.0925	-0.5672	1.5807	0.6589	1.59	-0.0317	-0.1066	-0.1284	-0.0245	0.1063	-0.1463	0.1297	0.1722	-0.0624	0.2808	0.0417	-0.0324	0.2592	0.0168	0.2919	18.1941	14.536	65.275
4	0.6557	-0.1842	-0.2115	1.0321	0.4475	1.4363	0.0106	-0.0216	-0.2029	0.0183	0.0494	-0.039	0.1596	0.1478	-0.0517	0.2216	0.0352	-0.0409	0.2136	0.0079	0.2811	21.5543	-4.6649	73.0809
5	1.0831	1.1125	-0.6431	1.2157	0.0241	7.4406	-0.0607	0.1329	-0.0523	-0.1307	0.0697	0.3751	-0.1856	-0.6147	-0.0089	0.2422	0.0444	-0.0664	0.2886	0.001	0.4219	5.1916	1.2945	68.664
6	1.1622	0.1461	0.1896	0.7449	0.0131	0.7897	0.0014	0.0209	-0.1735	-0.0571	0.0121	-0.2369	0.1243	0.0964	-0.0159	0.228	0.0526	0.0245	0.2247	-0.0018	0.309	39.7548	25.9981	69.3035
7	1.702	-0.6889	0.2436	1.9986	0.0967	1.038	-0.1422	-0.2302	0.038	0.2584	0.1487	-0.3216	0.068	0.1777	0.0048	0.2265	0.04	-0.013	0.2796	-0.0105	0.3562	46.4353	32.6304	78.5375
8	2.3983	0.1069	-0.7141	0.7193	-0.2237	0.5969	-0.0231	-0.1737	0.1171	0.0229	0.052	0.1465	-0.0391	0	-0.024	0.2708	0.0627	-0.0195	0.2386	0.0231	0.2964	11.7933	34.8898	69.6226
9	1.7022	-0.3667	-0.1783	1.3231	0.0765	0.6809	0.0007	-0.1255	0.2945	0.0417	0.0282	0.0518	-0.1968	-0.0528	-0.033	0.2694	0.0662	0.0041	0.2111	0.0042	0.2891	17.7417	52.7452	74.212
10	1.2817	-0.0351	0.5432	3.0359	1.4514	3.4726	-0.0224	-0.3472	0.1663	0.5811	-0.1191	0.4778	-0.2192	-0.4593	0.1531	0.4073	0.0773	0.0838	0.3541	-0.0148	0.3957	4.1052	56.5302	85.0795
11	7.4053	1.6153	0.3136	0.6569	0.0565	0.6949	-0.2109	0.4167	0.0487	-0.313	0.1498	0.0568	-0.0686	-0.0912	0.0648	0.4026	0.0626	-0.0054	0.242	0.0409	0.3164	13.3705	46.8786	59.9467
12	3.2377	-3.7416	1.4055	9.6045	-2.5477	2.5225	-0.1309	0.0287	0.0408	-0.0441	0.2131	0.0146	0.0328	0.2349	-0.0783	0.3861	0.0818	-0.1228	0.7435	-0.069	0.5213	21.9568	5.4873	76.2584
13	0.6034	1.861	1.2592	8.7979	7.4629	6.8179	0.008	-0.1442	0.0149	-0.1323	0.1617	0.0214	0.1429	-0.0323	-0.1764	0.4688	0.1091	-0.0278	0.564	0.0369	0.6334	18.7581	44.0108	77.5972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 124 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 125 THROUGH 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 277 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 278 THROUGH 452 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 453 THROUGH 482 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 189 THROUGH 271 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 272 THROUGH 418 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 419 THROUGH 452 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 453 THROUGH 483 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 2 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 2 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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