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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mc4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Gly448Arg mutant of Human Prolidase with Mn ions and GlyPro ligand | ||||||
要素 | Xaa-Pro dipeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / mutation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wilk, P. / Mueller, U. / Dobbek, H. / Weiss, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018 タイトル: Structural basis for prolidase deficiency disease mechanisms. 著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Piwowarczyk, R. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mc4.cif.gz | 392.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mc4.ent.gz | 322.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mc4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/5mc4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5mbyC 5mbzC 5mc0C 5mc1C 5mc2C 5mc3C 5mc5C 6h2pC 6h2qC 5m4jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/m35mc4 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53654.949 Da / 分子数: 2 / 変異: G448R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase |
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-非ポリマー , 6種, 656分子
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH範囲: 7.6-8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.799→47.971 Å / Num. obs: 109217 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 26.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 99.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M4J 解像度: 1.8→47.97 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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