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- PDB-5mb4: Crystal Structure of the Psathyrella asperospora lectin PAL in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mb4
タイトルCrystal Structure of the Psathyrella asperospora lectin PAL in complex with GlcNAc
要素GlcNAc specific lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / fungi / seven bladed beta propeller / GlcNAc
機能・相同性FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / MALONATE ION / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / GlcNAc specific lectin
機能・相同性情報
生物種Psathyrella (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ribeiro, J. / Varrot, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Labex ArcaneANR-11-LABX-0003-01 フランス
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Biophysical characterization and structural determination of the potent cytotoxic Psathyrella asperospora lectin.
著者: Ribeiro, J.P. / Ali Abol Hassan, M. / Rouf, R. / Tiralongo, E. / May, T.W. / Day, C.J. / Imberty, A. / Tiralongo, J. / Varrot, A.
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GlcNAc specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,71616
ポリマ－42,7071
非ポリマー2,01015
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.550, 120.550, 198.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-625-

HOH

21A-681-

HOH

31A-947-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GlcNAc specific lectin


分子量: 42706.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Psathyrella (菌類) / Variant: Asperospora / 参照: UniProt: A0A1U7Q1Z0*PLUS

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糖 , 2種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 354分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.35 % / 解説: plate
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein at 10 mg per ml in PBS 2.4M sodium malonate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.91 Å / Num. obs: 37041 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.608 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bwr

2bwr


解像度: 2→30.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.643 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21449 1879 5.1 %RANDOM
Rwork0.16936 ---
obs0.17168 35162 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0.38 Å2-0 Å2
2---0.77 Å2-0 Å2
3---2.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3016 0 103 347 3466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7211.9624388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99836746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1475404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85123.958144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.115455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9471519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8432.6491610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8432.6481609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5583.9622013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5593.9632014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4842.8871615
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4832.8861615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6284.2432375
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.11732.0333505
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.92831.7643459
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 131 -
Rwork0.288 2599 -
obs--99.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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