PDB-5ma8: GFP-binding DARPin 3G124nc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ma8

タイトル

GFP-binding DARPin 3G124nc

要素

GA-binding protein subunit beta-1
Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / designed ankyrin protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Hansen, S. / Stueber, J. / Ernst, P. / Koch, A. / Bojar, D. / Batyuk, A. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Design and applications of a clamp for Green Fluorescent Protein with picomolar affinity.
著者: Hansen, S. / Stuber, J.C. / Ernst, P. / Koch, A. / Bojar, D. / Batyuk, A. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5ma8.ent.gz	372.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ma8_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ma8_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	5ma8_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	5ma8_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5ma8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/5ma8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ma3C 5ma4C 5ma5C 5ma6C 5ma9C 5madC 5makC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ma6-d 5mad-4 2dqf-2 5wmk-d 4i1c-d 6ea9-1 3nrn-d 1j1x-d 5mad-2 2dqc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: GA-binding protein subunit beta-1

C: GA-binding protein subunit beta-1

B: Green fluorescent protein

D: Green fluorescent protein

88.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GA-binding protein subunit beta-1

B: Green fluorescent protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: GA-binding protein subunit beta-1

D: Green fluorescent protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.140, 62.140, 213.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	GA-binding protein subunit beta-1 分子量: 16965.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 27453.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 M Sodium Acetate. 0.1M TRIS (HOAc) pH 7.5, 25% PEG 2K MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→43.94 Å / Num. obs: 33548 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Net I/σ(I): 22.33

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→43.94 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	1657	4.95 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.1916	33484	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5966	0	0	181	6147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6093
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	8254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.212	2204
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1084

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3501-2.4193	0.36	123	0.2972	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4193-2.4974	0.3331	134	0.282	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4974-2.5866	0.3039	158	0.2711	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5866-2.6902	0.2876	151	0.2518	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6902-2.8126	0.286	150	0.2297	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8126-2.9608	0.2686	150	0.2315	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9608-3.1463	0.2849	146	0.2247	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1463-3.3891	0.2684	121	0.2027	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3891-3.73	0.2489	126	0.1883	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.2694	0.2007	126	0.1623	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2694-5.3774	0.1868	116	0.1432	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3774-43.9473	0.1748	156	0.149	2662	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0024	0.6423	-0.1106	1.9627	-0.1765	3.929	0.1852	-0.0112	0.7349	0.5882	-0.532	0.0451	-0.5244	0.6866	0.0398	0.3864	-0.0499	0.0478	0.4966	-0.0499	0.8702	-79.4445	52.8495	22.5334
2	1.6504	-0.9492	-0.0702	0.9198	0.5103	1.2583	-0.0445	-0.1728	1.0933	0.2381	-0.203	0.6317	0.0498	-0.0568	-0.0639	0.3202	-0.0372	0.1007	0.4684	0.0163	0.9033	-83.2333	49.9836	19.8444
3	0.5315	-0.5521	-0.0316	2.1377	-0.6098	2.4193	0.2172	0.2121	0.1608	0.3901	0.0398	0.7884	-0.1328	0.0531	-0.0225	0.292	-0.02	0.0683	0.3938	-0.0358	0.6657	-81.7831	40.8384	21.2251
4	0.955	-0.2759	0.1748	0.7231	0.1935	0.8097	0.1344	0.353	0.2659	-0.0024	-0.0933	0.3829	0.1267	0.0642	-0.0271	0.2499	0.0343	-0.0012	0.5387	0.0442	0.4826	-76.9182	36.3887	16.0387
5	0.8436	0.6378	-0.0662	1.2515	-0.0599	0.9978	0.1283	0.5509	-0.0009	-0.294	-0.0226	-0.0481	0.2781	0.0797	-0.0077	0.2848	0.073	-0.0384	0.6359	0.0317	0.4425	-70.642	32.7684	9.6178
6	0.4976	-0.3334	-0.6977	1.6632	-1.5106	3.7959	-0.1586	-0.3829	-0.263	0.0405	0.1833	-0.7471	0.9748	0.4806	0.0208	0.3817	0.1467	-0.0565	0.6502	-0.014	0.4311	-67.3826	27.1696	18.8568
7	0.6968	-0.1005	0.8292	1.4057	0.0852	1.1145	-0.3777	0.019	-0.4788	0.7055	0.3833	0.1918	0.6583	-0.6605	-0.0008	0.479	0.0853	-0.0319	0.5207	-0.0607	0.5713	-76.1472	21.9943	18.2412
8	2.8625	1.0028	0.0138	0.7946	-0.1068	0.9673	0.097	-0.1741	0.0332	-0.188	-0.0746	-0.1526	0.1856	0.2159	-0.0125	0.3509	0.1256	0.005	0.6715	-0.0751	0.4067	-65.2839	25.3362	8.899
9	0.114	0.1866	-0.5494	0.3259	-0.9185	2.8396	0.0554	-0.1256	0.2146	0.0012	-0.3636	-0.4197	0.1241	0.5441	0.0151	0.4756	0.1709	-0.0332	0.5369	0.0948	0.5892	-60.9449	21.2609	18.601
10	1.4152	0.6793	0.216	2.3363	1.5174	3.9653	0.0599	0.2291	-1.0304	0.26	-0.5096	0.156	0.7998	0.2018	-0.0409	0.5292	0.0536	0.0456	0.5542	-0.0698	0.7244	-67.625	14.416	17.5412
11	1.8671	0.2993	-0.6271	3.4418	-2.095	4.5993	0.1661	0.2578	0.2001	-0.8395	0.0834	0.1852	0.4139	0.0164	-0.0388	0.4699	0.0642	0.0171	0.5104	-0.1326	0.5846	-24.4209	79.5425	-16.8896
12	2.7665	1.6828	-2.1766	3.4231	-1.9175	1.9564	0.0538	-0.3763	-0.416	-0.2758	-0.3561	-0.9141	0.6728	0.9856	0.0483	0.4703	0.1544	0.0117	0.7694	-0.0936	0.6925	-16.9549	74.2487	-12.9618
13	1.8532	-0.116	-0.6223	1.4514	-0.1636	1.4756	0.0468	-0.094	0.2377	-0.0451	0.1475	-0.3911	0.1965	0.2402	0.0031	0.3358	0.0092	0.0172	0.5162	-0.1331	0.5001	-23.9782	80.5547	-7.696
14	0.9526	0.1394	-0.3866	1.0246	-0.2255	1.2033	0.0944	-0.4565	0.2071	0.0426	0.0672	-0.1947	0.0734	0.1889	-0.0052	0.3208	-0.0364	0.012	0.5238	-0.1168	0.4609	-30.0083	83.6398	1.8986
15	0.6389	0.3657	-0.8434	2.7482	0.0478	1.2726	0.0554	-0.7505	-0.3961	0.5345	-0.1649	-0.0352	0.3626	-0.2875	-0.0792	0.4827	-0.0893	0.0153	0.7333	0.0253	0.4985	-34.5992	77.7197	11.2669
16	1.304	-0.7069	-0.2418	0.821	-0.0309	0.498	-0.2255	-0.3292	-0.0973	0.2231	0.2668	0.0102	0.171	-0.136	-0.0208	0.3269	-0.0531	0.0233	0.6807	-0.1496	0.4734	-40.2969	87.8608	11.8474
17	1.1527	0.8706	-0.3725	2.4285	-1.2556	0.642	-0.0332	-0.446	-0.7207	-0.1097	0.5369	0.7438	-0.0615	-0.187	-0.0239	0.4076	-0.1311	0.0397	0.6395	0.1187	0.5652	-45.4917	77.9146	13.3622
18	2.9811	0.74	0.2008	2.8477	-0.2008	3.372	0.3734	-0.5094	-0.6676	0.9125	-0.2574	0.305	0.1459	-0.1743	0.0044	0.6125	0.038	-0.0115	1.0214	0.0941	0.5921	-39.8722	76.1984	20.7193
19	0.8267	0.6549	0.5501	0.608	0.644	0.8883	0.2709	-0.8888	-0.4254	0.7327	-0.4079	0.2203	0.4053	0.3182	-0.0369	0.4825	-0.0411	0.0235	0.7901	-0.0321	0.6264	-60.8188	40.2319	35.7003
20	2.9626	0.7182	-0.8248	0.1986	-0.2829	1.1422	0.0049	-0.165	1.1535	0.0537	-0.1938	-0.3676	-0.2313	0.06	-0.7418	0.397	-0.0081	0.1589	0.4615	0.0017	1.4609	-49.848	54.2433	18.873
21	0.2399	-0.3872	-0.051	0.5195	-0.1783	2.0379	-0.1531	-0.0655	1.0996	-0.1444	0.2016	-0.1196	0.032	-0.3411	0.0598	0.2532	0.033	0.0326	0.4457	0.0887	0.9058	-57.1872	48.5977	17.9457
22	1.0568	-1.4985	-0.411	2.5091	0.5405	1.0483	-0.2164	0.3283	0.5289	-0.6903	-0.517	0.4441	-0.4341	-0.3278	-0.0056	0.4148	0.0967	0.1684	0.5465	0.122	1.156	-49.1733	56.174	7.6973
23	0.1749	0.1561	-0.0498	0.4686	-0.082	0.4506	0.2654	0.1566	0.7754	-0.1167	-0.1019	0.1233	-0.19	0.1269	0.0501	0.27	0.0132	0.0685	0.5376	0.1354	0.9493	-49.0457	47.0151	13.3705
24	2.1165	-0.5135	-0.4376	1.1627	-0.2328	2.2059	0.0146	-0.0903	1.0129	0.1358	0.2884	-0.3699	0.3196	0.0401	0.3842	0.0717	0.0231	0.0527	0.4368	-0.076	0.7846	-46.8526	44.2666	20.7944
25	0.8669	0.0387	-0.4221	1.7942	-0.2425	2.5669	-0.2552	-0.1254	0.5468	0.0519	0.0251	-0.6309	0.1826	0.4139	0.0597	0.2323	0.0517	-0.0271	0.5512	-0.0303	0.5707	-41.7195	36.5836	19.6827
26	1.3833	-0.4033	-0.3577	0.7511	0.232	1.5267	-0.055	0.0724	0.4079	0.0694	0.1001	-0.1391	0.1114	0.0529	0.0288	0.2235	0.016	0.0123	0.4627	0.0375	0.5011	-50.6632	40.2557	20.1366
27	0.6847	0.9285	0.9941	1.2478	1.3682	1.9991	-0.4419	-0.3279	-0.719	0.4631	0.1341	0.0447	0.9959	0.1782	-0.0164	0.479	0.0443	0.0734	0.4347	-0.0901	1.1456	-45.5326	65.6652	-9.0017
28	3.3808	-1.9549	0.5364	3.0635	-0.3797	0.0222	0.0939	1.626	-0.0678	-0.6077	-0.2229	0.053	0.0234	-0.4996	0.1263	0.4202	0.2149	-0.0859	1.1439	-0.0965	0.4131	-53.0204	86.3363	-19.8126
29	0.9693	-0.5737	0.0966	2.2269	-0.4679	0.6007	-0.0887	0.7367	0.0395	-0.3479	-0.1946	-0.3457	-0.2548	-0.317	-0.0219	0.4696	0.1616	0.0025	0.7521	0.0748	0.3919	-49.0432	87.3832	-17.938
30	1.675	-0.3923	-0.0023	0.8397	0.4736	1.177	0.4481	0.7545	-0.4655	-0.2935	-0.1659	0.0109	0.1264	-0.0506	0.0057	0.3389	0.0983	0.0442	0.4294	0.0407	0.4372	-44.0982	82.7108	-9.1237
31	1.1877	-0.1992	-0.599	0.7995	-0.3852	0.8144	0.4089	0.1139	0.0703	-0.229	0.0662	0.127	-0.0751	0.6482	-0.0567	0.4537	0.1201	0.037	1.0123	0.1714	0.5926	-52.4983	97.6049	-19.1996
32	1.5194	0.5703	-3.0258	1.225	-1.518	6.1649	0.5009	1.3019	0.4683	-0.5979	-0.249	0.3208	0.4088	-0.3368	-0.0945	0.3767	0.2216	-0.0716	0.7545	0.029	0.5037	-54.3935	89.8593	-11.6507
33	1.7354	-0.783	2.2944	2.0041	-0.8001	3.0914	-0.4635	0.378	-1.8359	0.3362	-0.0768	0.8966	0.5332	0.0021	-0.0517	0.5444	0.027	0.2387	0.4196	-0.0449	1.0371	-52.465	69.9772	-1.0816
34	0.1393	0.3344	0.1618	1.6462	-0.1825	1.4332	0.0191	1.0714	-1.4425	0.0276	-0.1368	0.7752	-0.3071	-0.6531	0.4453	0.0417	0.0911	-0.2192	0.9327	-0.5782	1.4276	-60.7616	78.7853	-11.4282
35	1.1406	-0.7223	0.1415	2.1443	0.5365	0.8421	-0.0815	-0.0377	-0.136	-0.6181	0.2777	0.2876	-0.1405	-0.7163	1.0779	0.2948	0.0376	-0.5255	1.2105	-0.7117	0.6838	-59.233	80.4846	-17.8823
36	0.5763	0.6728	-0.2247	0.7142	-0.2072	0.5346	0.3955	1.1976	-0.113	-0.7738	-0.448	0.3196	-0.3233	-0.4008	0.0025	0.6761	0.2653	-0.1248	0.9877	-0.1879	0.5611	-58.4254	89.6433	-17.3095
37	0.5907	0.4081	0.7299	0.3338	0.5888	1.0546	0.3488	0.2454	0.424	-0.0411	-0.1464	-0.0131	-0.2573	-0.9043	0.0771	0.3331	0.1567	0.1297	0.3506	0.0781	0.5958	-54.4313	95.7216	-3.8876
38	0.2073	0.6215	0.4334	2.2148	0.8446	1.2446	0.2096	0.5331	-0.9302	-0.4759	0.0841	0.4922	-0.1267	-0.4764	-0.0096	0.4732	-0.0581	0.0233	0.6427	-0.1772	1.3793	-66.2908	72.2945	-5.4913
39	1.9395	0.6027	-0.5836	0.3221	-0.1209	5.0604	0.3704	0.8861	-0.8889	0.4452	-0.0724	0.4056	-0.6136	-0.7213	0.8374	0.0347	-0.0209	-0.0232	0.6091	-0.2584	0.9434	-62.9477	87.0792	-4.9388
40	0.3103	-0.1014	-0.1357	0.6169	-0.9841	1.8034	0.2822	0.2591	-0.2985	-0.0329	0.4779	0.8102	0.4775	0.127	0.4299	0.6743	-0.2042	0.2585	0.3991	-0.5069	1.8137	-61.4977	64.8082	-9.2562
41	2.0911	-1.027	-1.0481	2.6162	0.1571	1.0914	0.0581	0.1552	0.0933	-0.0525	0.0377	0.3987	-0.1305	-0.0749	-0.0002	0.2606	0.027	0.0497	0.3873	0.0743	0.5166	-47.6101	86.8369	-5.7399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 115 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 134 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 135 through 148 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 149 through 158 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 159 through 169 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 11 through 24 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 25 through 35 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 36 through 68 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 69 through 115 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 116 through 134 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 135 through 148 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 149 through 158 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 159 through 168 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 3 through 11 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 12 through 24 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 25 through 48 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 49 through 56 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 57 through 64 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 68 through 148 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 149 through 175 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 176 through 230 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 3 through 11 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 12 through 24 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 25 through 36 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 37 through 48 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 49 through 56 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 57 through 64 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 68 through 81 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 82 through 104 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 105 through 114 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 115 through 138 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 139 through 148 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 149 through 159 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resid 160 through 187 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 188 through 198 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 199 through 229 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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