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- PDB-5m97: Structure of the Mal3 EB1-like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m97
タイトルStructure of the Mal3 EB1-like domain
要素Microtubule integrity protein mal3
キーワードCELL CYCLE / EB1 domain / microtubule-binding / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


dynein-driven meiotic oscillatory nuclear movement / post-anaphase array microtubule end / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / cortical microtubule / cell cortex of cell tip / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle astral microtubule / nuclear microtubule / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body ...dynein-driven meiotic oscillatory nuclear movement / post-anaphase array microtubule end / nuclear migration involved in conjugation with cellular fusion / cortical microtubule / cell cortex of cell tip / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / mitotic spindle astral microtubule / nuclear microtubule / mitotic spindle midzone / mitotic spindle pole body / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / astral microtubule / cytoskeletal anchor activity / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / microtubule lateral binding / spindle midzone / microtubule organizing center / ATPase activator activity / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / molecular condensate scaffold activity / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule integrity protein mal3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Zakian, S. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001155 英国
Wellcome TrustFC001155 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001155 英国
引用ジャーナル: J. Cell. Sci. / 年: 2016
タイトル: An unconventional interaction between Dis1/TOG and Mal3/EB1 in fission yeast promotes the fidelity of chromosome segregation.
著者: Matsuo, Y. / Maurer, S.P. / Yukawa, M. / Zakian, S. / Singleton, M.R. / Surrey, T. / Toda, T.
履歴
登録2016年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Microtubule integrity protein mal3
A: Microtubule integrity protein mal3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0602
ポリマ－18,0602
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.380, 37.910, 101.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Microtubule integrity protein mal3


分子量: 9030.100 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 174-247 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mal3, SPAC18G6.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10113
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M NaCl, 30% MPD and 0.1 M sodium acetate at pH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→35.52 Å / Num. obs: 32150 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0925 / Net I/σ(I): 16.19
反射 シェル解像度: 1.33→1.378 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.963 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / CC1/2: 0.571 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
REFMAC5.8.0155精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.33→35.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.058
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2118 1570 4.9 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.195 32150 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.92 Å2 / Biso mean: 22.3733 Å2 / Biso min: 9.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→35.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 0 114 1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0191159
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5191.9641564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.69832542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4395138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.412564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77115233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.868159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0240.02274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7181.604546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5711.595545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8692.388686
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.365 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 121 -
Rwork0.342 2197 -
all-2318 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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