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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m8c | ||||||
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タイトル | Spliceosome component | ||||||
要素 | Pre-mRNA-processing factor 19 | ||||||
キーワード | SPLICING / Spliceosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / Prp19 complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein K63-linked ubiquitination / Dual incision in TC-NER / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity ...generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / Prp19 complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein K63-linked ubiquitination / Dual incision in TC-NER / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA repair / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Moura, T.R. / Pena, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018 タイトル: Prp19/Pso4 Is an Autoinhibited Ubiquitin Ligase Activated by Stepwise Assembly of Three Splicing Factors. 著者: Tales Rocha de Moura / Sina Mozaffari-Jovin / Csaba Zoltán Kibédi Szabó / Jana Schmitzová / Olexandr Dybkov / Constantin Cretu / Michael Kachala / Dmitri Svergun / Henning Urlaub / ...著者: Tales Rocha de Moura / Sina Mozaffari-Jovin / Csaba Zoltán Kibédi Szabó / Jana Schmitzová / Olexandr Dybkov / Constantin Cretu / Michael Kachala / Dmitri Svergun / Henning Urlaub / Reinhard Lührmann / Vladimir Pena / 要旨: Human nineteen complex (NTC) acts as a multimeric E3 ubiquitin ligase in DNA repair and splicing. The transfer of ubiquitin is mediated by Prp19-a homotetrameric component of NTC whose elongated ...Human nineteen complex (NTC) acts as a multimeric E3 ubiquitin ligase in DNA repair and splicing. The transfer of ubiquitin is mediated by Prp19-a homotetrameric component of NTC whose elongated coiled coils serve as an assembly axis for two other proteins called SPF27 and CDC5L. We find that Prp19 is inactive on its own and have elucidated the structural basis of its autoinhibition by crystallography and mutational analysis. Formation of the NTC core by stepwise assembly of SPF27, CDC5L, and PLRG1 onto the Prp19 tetramer enables ubiquitin ligation. Protein-protein crosslinking of NTC, functional assays in vitro, and assessment of its role in DNA damage response provide mechanistic insight into the organization of the NTC core and the communication between PLRG1 and Prp19 that enables E3 activity. This reveals a unique mode of regulation for a complex E3 ligase and advances understanding of its dynamics in various cellular pathways. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m8c.cif.gz | 285.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m8c.ent.gz | 232.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5m8c_validation.pdf.gz | 431.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5m8c_full_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5m8c_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5m8c_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40688.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PRP19, PSO4, YLL036C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32523, RING-type E3 ubiquitin transferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MOPS pH 7.0 12% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→48.992 Å / Num. obs: 31956 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.373 % / Rmerge F obs: 0.118 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 12.35 / Num. measured all: 107782 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LRV 解像度: 2.3→48.992 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 210.4 Å2 / Biso mean: 45.4473 Å2 / Biso min: 13.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→48.992 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 68.9064 Å / Origin y: 12.8411 Å / Origin z: 46.1817 Å
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精密化 TLSグループ |
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