PDB-5m7e: Tubulin-BKM120 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m7e

タイトル

Tubulin-BKM120 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.046 Å

データ登録者

Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Wymann, M.P.

資金援助

スイス,

スペイン,

英国, 6件

組織	認可番号	国
Swiss Commission for Technology and Innovation (CTI)	14032.1 ; 15811.2 ; 17241.1	スイス
Stiftung fuer Krebsbekaempfung	341	スイス
Swiss National Science Foundation	310030_153211 ; 316030_133860 ; 310030B_138659; 31003A_166608 ;	スイス
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2457 BIPEDD2	スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)	U105184308	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Deconvolution of Buparlisib's mechanism of action defines specific PI3K and tubulin inhibitors for therapeutic intervention.
著者: Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Beaufils, F. / Burke, J.E. / Melone, A. / Inglis, A.J. / Rageot, D. / Sele, A.M. / Cmiljanovic, V. / Cmiljanovic, N. / Bargsten, K. / Aher, A. / Akhmanova, A. / ...

履歴

登録	2016年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m7e.cif.gz	914.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m7e.ent.gz	746.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m7e_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m7e_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5m7e_validation.xml.gz	82.9 KB	表示
CIF形式データ	5m7e_validation.cif.gz	115 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jhaC 5jhbC 5m7gC 5m8dC 5m8gC 4i4tS 4o2b S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fjm-d 5z4u-d 5xaf-d 6f7c-d 6o61-d 7jfr-d 4iij-d 5yl4-d 5xkf-d 5njh-d 6y4n-d 5h74-d 5ov7-d 5mf4-d 6gf3-d 5xhc-d 6agk-d 4yj2-d 5lov-d 6pc4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.593, 157.985, 179.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 699分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-SD5 / 5-[2,6-di(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine / ブパルリシブ分子量: 410.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁F₃N₆O₂
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 3% PEG 4000, 4-6% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM MES/IMIDAZOLE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.046→44.932 Å / Num. obs: 187079 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.821 / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / CC_1/2: 0.359 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.046→44.932 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	9355	5 %
R_work	0.1734	-	-
obs	0.1749	187079	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.046→44.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17163	0	218	681	18062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17789
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	24120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.29	10651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2629
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0461-2.0694	0.324	294	0.3097	5578	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0694-2.0937	0.3086	310	0.2801	5883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0937-2.1193	0.2897	309	0.266	5887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1193-2.1461	0.2969	308	0.2527	5842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1461-2.1743	0.2823	311	0.2473	5918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1743-2.2041	0.2896	309	0.2385	5868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2041-2.2356	0.2519	309	0.2279	5869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.269	0.2608	310	0.2215	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.3044	0.2569	310	0.2141	5903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3044-2.3422	0.2687	310	0.2137	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3422-2.3826	0.2364	309	0.1983	5873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3826-2.4259	0.23	312	0.1959	5927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4259-2.4726	0.231	310	0.1852	5887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4726-2.523	0.2316	310	0.1954	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.523-2.5779	0.2323	311	0.188	5913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5779-2.6378	0.2392	313	0.1831	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6378-2.7038	0.2346	310	0.1856	5891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7038-2.7769	0.2175	311	0.1902	5913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7769-2.8586	0.247	311	0.192	5909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8586-2.9508	0.2249	312	0.1927	5935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9508-3.0563	0.2202	313	0.1813	5945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0563-3.1786	0.2186	313	0.1742	5936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1786-3.3232	0.2092	312	0.1776	5947	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3232-3.4984	0.2151	314	0.171	5956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4984-3.7175	0.1736	313	0.1583	5945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7175-4.0043	0.1698	315	0.1471	5995	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0043-4.407	0.1565	317	0.1366	6014	X-RAY DIFFRACTION	100
4.407-5.044	0.1441	317	0.1289	6025	X-RAY DIFFRACTION	100
5.044-6.352	0.2029	320	0.1714	6085	X-RAY DIFFRACTION	100
6.352-44.9428	0.177	332	0.1622	6288	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5885	-0.2506	-0.2424	4.5719	1.4922	3.0409	0.0277	0.1515	0.2532	-0.4365	0.2712	-0.4481	-0.7369	0.4365	-0.2711	0.4881	-0.1324	0.1165	0.43	-0.1311	0.3753	31.6467	88.2032	51.6803
2	1.5621	-0.4739	-0.4167	3.487	1.2294	3.4044	0.0356	-0.0558	0.0458	0.3807	-0.0411	0.2854	-0.1633	-0.1015	-0.0051	0.3812	-0.0214	0.061	0.295	-0.0838	0.349	19.1262	82.3677	65.7314
3	0.924	-0.8403	0.1053	5.7484	1.9404	2.8888	-0.0575	-0.2287	0.0964	0.8469	0.0491	0.2057	-0.1218	-0.0924	0.0141	0.4516	-0.0541	0.1218	0.3931	-0.0715	0.3747	18.8729	83.2932	73.3164
4	1.556	0.3117	-0.282	3.5572	3.5532	9.1682	-0.0222	-0.0496	-0.2557	0.6528	0.3096	-0.4111	0.6282	0.9299	-0.2704	0.4234	0.1224	-0.0626	0.4012	-0.1352	0.453	32.8788	61.8695	60.6432
5	5.6994	-2.7763	-0.9764	9.5571	2.6578	4.7586	0.1915	0.3221	0.6228	-0.6452	-0.2595	0.2739	-1.0024	-0.2627	0.0851	0.4476	0.0147	0.0154	0.3637	-0.0053	0.4024	16.0508	69.7647	19.3046
6	1.9264	-0.5998	-0.2403	6.6197	0.5709	2.9505	0.0506	0.4906	-0.029	-0.5528	0.0502	-0.4811	-0.4729	0.3508	-0.1437	0.3104	-0.0585	0.0441	0.5209	-0.0537	0.3262	29.112	56.1837	14.5993
7	2.3216	1.5103	0.6484	6.4231	2.3977	4.0006	-0.0113	-0.1393	0.2451	0.0435	0.029	-0.1038	-0.2057	0.1874	-0.0265	0.2007	0.0107	0.0417	0.3522	-0.1167	0.3103	24.5148	53.064	26.1627
8	7.0799	-0.5797	1.9774	0.8972	-1.0716	1.7038	0.0382	-0.5983	-0.2156	0.1791	-0.204	0.5839	0.2476	-1.0048	0.2537	0.3539	-0.0799	0.0894	0.7206	-0.2735	0.5375	5.4187	50.7407	28.3155
9	1.936	-0.6728	0.481	1.6906	0.8862	3.0599	-0.0407	-0.3332	0.1706	0.0551	-0.0867	0.3646	-0.3509	-0.6534	0.1594	0.3372	0.0186	0.064	0.4689	-0.1595	0.4709	10.2407	61.8757	35.8743
10	4.264	-0.9333	1.183	2.1019	-0.6818	3.0936	-0.3627	-0.3014	0.1159	0.4	0.0673	0.4579	-0.2359	-1.3249	0.312	0.4458	0.0484	0.091	0.7478	-0.2155	0.4845	6.303	60.2718	44.8506
11	1.3373	-2.1586	-1.5818	4.8752	4.6362	4.7744	-0.0509	-0.1129	-0.0435	0.8245	-0.1874	0.5003	0.7197	-0.1435	0.2055	0.3641	-0.0811	0.0653	0.4119	-0.1128	0.3542	15.5798	41.8361	34.2343
12	2.2209	-0.6726	-0.6116	5.4096	4.6031	8.9894	0.0451	-0.4617	-0.2842	0.9422	0.0827	-0.2367	0.9716	0.635	-0.1337	0.3765	-0.0271	-0.0717	0.3882	-0.0126	0.3609	25.8971	37.8475	30.9491
13	1.3921	-0.5393	0.0927	3.1254	0.0327	1.6175	-0.0389	0.1657	0.1422	-0.2825	0.0867	-0.1355	-0.1583	0.1764	-0.0419	0.254	-0.0666	0.0438	0.315	-0.0357	0.2687	20.3834	33.1002	-12.0807
14	0.8456	-0.6626	0.0859	1.8148	0.9058	1.6132	-0.0247	-0.0524	-0.0271	0.1188	-0.0577	0.2144	0.0992	-0.2744	0.0882	0.2166	-0.065	0.0402	0.2758	-0.0333	0.2921	7.9931	25.9732	3.0895
15	4.6381	-2.1922	-0.0358	5.8566	1.0225	2.6642	0.0234	0.8511	0.0594	-0.9922	0.0152	0.0182	0.0238	-0.2263	-0.045	0.5559	-0.1221	0.05	0.7113	-0.0206	0.2935	17.3801	9.8159	-44.3766
16	1.5491	-0.0274	-0.4204	1.6586	0.3022	2.3644	-0.11	0.4822	-0.2182	-0.3979	0.1336	-0.1391	0.2798	-0.051	-0.0368	0.4809	-0.0521	0.0525	0.5159	-0.1641	0.3526	20.4763	-2.1429	-34.0084
17	2.1563	-0.0762	-0.8772	1.7312	0.3843	2.8178	-0.1573	0.4506	-0.3996	-0.2047	0.0973	0.1911	0.3329	-0.334	0.0543	0.4115	-0.0811	0.0287	0.4153	-0.1197	0.3367	9.2021	-3.8127	-21.4853
18	4.6366	-0.8898	-3.2287	3.1215	1.2189	6.4702	-0.2426	0.1024	-0.6571	-0.0236	0.2274	-0.3865	0.8503	0.7494	0.0843	0.6048	0.0941	0.0135	0.4391	-0.2275	0.6317	30.6349	-16.2792	-24.4981
19	3.1844	-2.0835	0.589	5.3654	0.4593	0.7179	-0.09	-0.4783	0.0662	1.3836	0.3392	-0.4635	0.0751	0.4678	-0.2421	0.9803	-0.0733	-0.0445	0.5865	-0.1577	0.5715	27.3537	92.8352	81.806
20	0.2084	-0.1265	-0.2035	2.3859	2.3958	3.0541	-0.0249	-0.0244	-0.0477	0.0801	0.754	-0.7503	0.2312	0.9363	-0.7052	0.3185	0.0429	0.0397	0.6901	-0.2731	0.6465	43.1618	27.828	3.844
21	3.7084	2.4585	-0.7745	6.4856	1.7297	3.5144	-0.5671	0.5765	-0.8403	-0.3287	0.1222	-0.1354	1.5426	-0.2766	0.4098	0.8868	-0.1282	0.2087	0.4661	-0.1444	0.4935	6.3733	54.6005	69.9
22	3.2914	0.4607	0.028	2.8642	-1.118	4.1921	-0.1028	-1.0049	-0.5968	0.6534	-0.5017	-0.7976	0.5432	1.8404	0.5851	0.7359	0.2307	-0.0256	1.113	0.2576	0.6709	13.9956	58.593	104.5444
23	3.2291	0.5833	-2.4075	1.7474	-0.3458	4.8576	-0.5112	-0.0977	-0.7847	0.1372	0.1792	-0.0552	1.0619	-0.0994	0.1817	0.7051	0.0483	0.1371	0.2872	0.0536	0.5328	-2.0325	54.6041	93.0975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 144)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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