PDB-5m6b: structure of recombinant mushroom tyrosinase (abPPO4)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m6b

タイトル

structure of recombinant mushroom tyrosinase (abPPO4)

要素

Polyphenol oxidase 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heterologous expression / polyphenol oxidase / tyrosinase activity / agaricus bisporus

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosinase / tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agaricus bisporus (セイヨウマツタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Pretzler, M. / Bijelic, A. / Rompel, A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Heterologous expression and characterization of functional mushroom tyrosinase (AbPPO4).
著者: Pretzler, M. / Bijelic, A. / Rompel, A.

履歴

登録	2016年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2018年6月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / refine_hist ...pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _refine_hist.d_res_low
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m6b.cif.gz	850.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m6b.ent.gz	712.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m6b_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m6b_full_validation.pdf.gz	492.9 KB	表示
XML形式データ	5m6b_validation.xml.gz	74.1 KB	表示
CIF形式データ	5m6b_validation.cif.gz	98.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/5m6b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ouaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6et3-1 4oua-2 3ugf-2 2ac1-d 4pv3-d 1ox6-1 4x0l-d 1ox5-1 3reu-d 4d9b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Polyphenol oxidase 4

A: Polyphenol oxidase 4

C: Polyphenol oxidase 4

D: Polyphenol oxidase 4

ヘテロ分子

261 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Polyphenol oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Polyphenol oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Polyphenol oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Polyphenol oxidase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	287.300, 52.090, 152.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Polyphenol oxidase 4 / Phenolase 4 / Cresolase / Tyrosinase 4 分子量: 65184.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agaricus bisporus (セイヨウマツタケ) 遺伝子: PPO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7FF05, tyrosinase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド分子量: 15.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 5.8 and 13 % (w/w) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→48.9 Å / Num. obs: 35520 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.251 / Net I/σ(I): 5.68
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique all: 3462 / CC_1/2: 0.826

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	(1.10.1-2155)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OUA

4oua

解像度: 3.25→48.9 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2754	3229	4.99 %
R_work	0.251	-	-
obs	0.2522	35512	93.82 %
all	-	64684	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→48.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16259	0	9	0	16268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	23006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.93	9588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2501-3.2986	0.4152	136	0.3956	2649	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2986-3.3501	0.3435	139	0.3611	2620	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3501-3.405	0.3732	142	0.3589	2671	X-RAY DIFFRACTION	93
3.405-3.4637	0.3594	141	0.3432	2600	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4637-3.5267	0.3704	125	0.3583	2440	X-RAY DIFFRACTION	88
3.5267-3.5945	0.3287	127	0.3398	2533	X-RAY DIFFRACTION	89
3.5945-3.6678	0.3648	146	0.3294	2691	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6678-3.7476	0.3076	138	0.3049	2746	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7476-3.8347	0.348	141	0.2934	2680	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8347-3.9306	0.3217	143	0.3012	2779	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9306-4.0368	0.3126	152	0.2672	2810	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0368-4.1555	0.288	141	0.2723	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1555-4.2896	0.2702	145	0.2549	2803	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2896-4.4428	0.2733	141	0.2454	2691	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4428-4.6205	0.2779	142	0.2262	2692	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6205-4.8306	0.2645	145	0.2123	2687	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8306-5.0851	0.2656	132	0.2147	2602	X-RAY DIFFRACTION	91
5.0851-5.4033	0.2378	136	0.2137	2592	X-RAY DIFFRACTION	91
5.4033-5.8199	0.2411	148	0.231	2736	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8199-6.4044	0.2607	144	0.2507	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
6.4044-7.3285	0.2677	148	0.2303	2743	X-RAY DIFFRACTION	96
7.3285-9.223	0.2484	136	0.2078	2639	X-RAY DIFFRACTION	93
9.223-48.9074	0.1996	141	0.1972	2699	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5076	0.1318	1.1982	3.5428	-0.3378	4.5037	-0.7625	1.5198	0.7018	-1.0662	0.4502	0.7511	-1.2027	0.1127	-0.1799	1.9711	-0.3811	-0.3793	1.6495	0.2792	1.0294	-40.8515	-20.51	5.5579
2	3.9856	0.4631	1.7642	3.3283	-0.3973	6.5271	-0.5598	0.136	0.3671	-0.0316	0.2507	0.5755	-1.0338	-0.1352	0.0688	1.4038	-0.1014	-0.1089	0.8898	0.1153	0.6366	-36.2162	-22.376	21.0211
3	4.5968	-0.2212	0.7397	3.279	1.3884	3.6909	-0.182	0.6011	0.3585	-0.2427	0.3019	-0.0444	-0.7587	0.8304	-0.0003	1.4036	-0.4593	0.1049	1.6299	-0.0941	0.6977	-15.2719	-29.4277	20.489
4	7.6433	-0.9331	1.4134	1.9467	0.259	12.8653	-0.1614	-1.9517	-0.5131	0.5857	0.2582	0.3725	0.8387	-3.363	0.5676	0.9026	0.0053	0.1856	1.908	0.1265	0.5264	-41.0698	-34.9618	66.4395
5	5.9304	-0.9865	2.2313	1.1245	0.2056	9.1786	0.0412	0.0969	-0.1832	-0.3722	-0.2043	0.1913	0.7935	-1.4753	0.1071	0.8003	-0.0463	0.1367	0.7928	0.0147	0.4593	-36.4395	-33.273	51.0031
6	6.7335	-0.5947	0.3453	1.498	3.5381	8.8656	-0.2545	-0.0453	0.9893	-0.2937	-0.1012	-0.0005	-1.6264	1.879	0.3315	1.4313	-0.2443	-0.0462	1.5111	0.1035	0.8618	-18.6454	-21.4798	51.8934
7	7.7719	-2.7371	-1.309	6.0126	1.3561	9.7512	-0.1201	-0.4511	-0.7094	0.6427	0.1132	0.0723	1.5441	1.7662	-0.2897	1.6752	0.5081	-0.0952	1.4918	0.2378	1.1605	-16.8906	-37.7617	57.5158
8	2.7017	0.2178	2.2751	5.7047	2.6281	10.019	-0.6813	0.4315	0.3627	0.1284	0.6404	-0.6044	-0.9795	2.8508	0.092	1.2943	-0.1564	0.0917	2.1718	0.2212	1.039	-9.0475	-28.57	50.0413
9	13.0761	-4.9322	1.895	5.1116	0.2764	6.7059	1.1472	4.6513	-3.2525	-0.8171	0.0071	1.2204	0.4572	-0.5061	2.7206	0.5656	-0.028	-0.2472	1.6435	-1.075	0.8388	13.1422	-55.6662	24.7531
10	12.1402	-0.9011	2.1978	7.5052	0.2389	6.3478	0.2171	2.4644	-1.6926	-0.2377	-0.3236	0.0601	0.0538	1.0431	0.2417	0.587	0.1078	0.0107	1.004	-0.3969	0.7682	26.1138	-53.9814	32.3656
11	9.5936	-4.1636	1.4087	8.1045	-0.4022	5.6994	-0.8015	-2.0116	1.3783	0.7896	0.9553	-0.1758	-1.166	-0.4413	0.0452	0.8094	0.1593	-0.1237	1.2981	-0.2311	0.8377	19.1522	-41.5057	47.8354
12	7.9354	3.7709	4.1505	2.5381	-0.7061	5.908	-0.9625	-2.5166	-3.8211	0.9514	1.0562	2.1666	0.7081	-0.6852	0.2304	0.8647	-0.1551	0.2526	0.8209	0.4547	1.3215	12.3759	-55.244	49.1368
13	5.3341	-6.6159	-0.1291	7.3376	-1.5931	3.2299	-1.0328	-2.9519	-0.1456	1.4785	0.7928	0.1774	-0.7324	-0.8343	-0.0386	1.6076	0.4561	0.0769	2.1928	-0.0447	1.0293	17.6054	-47.3105	57.708
14	9.1864	0.9907	2.9427	2.8068	0.8089	4.9401	-0.8607	2.4795	1.5104	-0.5539	0.5005	-0.2955	-0.6868	2.2156	0.1482	1.1642	-0.2876	-0.2331	2.1756	0.4695	1.3071	-73.6347	-16.3523	43.1918
15	11.5334	-0.3613	4.5068	3.8983	1.5063	7.3327	-1.13	2.21	1.7822	-0.5095	-0.2628	0.3385	-1.1243	0.994	-0.1609	1.0441	-0.2417	-0.2993	1.1772	0.4051	1.1534	-89.7829	-17.0879	42.4673
16	9.5835	-2.1172	0.9233	7.3281	1.4587	6.4168	-0.1494	-1.6118	-1.3213	1.1457	0.2761	0.0574	1.2503	-0.6158	-0.1201	0.9784	-0.086	-0.2299	1.193	0.1066	0.9648	-94.972	-29.3406	59.4528
17	7.9496	-3.93	0.998	5.9552	-4.28	3.0275	-1.2146	-0.8494	1.426	1.2214	0.4218	-0.9536	-1.9042	-0.2716	0.7247	1.8229	-0.0301	-0.6757	1.5864	-0.3959	1.8863	-90.2831	-12.0144	62.5159
18	9.2514	0.5475	6.6067	9.7913	3.5669	5.2312	-0.3941	-3.3576	0.7843	0.8239	-0.2546	0.956	0.325	-1.3601	0.4322	1.699	0.0531	0.2324	2.1163	-0.0124	1.5301	-99.6889	-21.9888	67.5927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 225 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 226 through 364 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 365 through 557 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3 through 225 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 226 through 364 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 365 through 434 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 435 through 478 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 479 through 557 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3 through 225 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 226 through 364 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 365 through 434 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 435 through 478 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 479 through 558 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 3 through 225 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 226 through 364 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 365 through 434 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 435 through 478 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 479 through 558 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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