[日本語] English
万見
- PDB-5m69: Thermolysin in complex with inhibitor and xenon -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m69
タイトルThermolysin in complex with inhibitor and xenon
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7GR / XENON / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council268145-DrugProfilBind ドイツ
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: How Nothing Boosts Affinity: Hydrophobic Ligand Binding to the Virtually Vacated S1' Pocket of Thermolysin.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,76115
ポリマ－34,3601
非ポリマー1,40014
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.476, 92.476, 129.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-729-

HOH

21E-782-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 7種, 345分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-7GR / (2~{S})-4-methyl-2-[2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]ethanoylamino]pentanoic acid


分子量: 415.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N3O7P
#6: 化合物 ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#7: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.4 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 59253 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 37.22 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 28.01
反射 シェル解像度: 1.44→1.53 Å / 冗長度: 8.05 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 8.05 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln


解像度: 1.44→46.238 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1405 2963 5 %
Rwork0.1083 --
obs0.1099 59253 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→46.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 63 331 2805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1733498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.884875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4399-1.46350.181340.10022543X-RAY DIFFRACTION96
1.4635-1.48880.15861370.09732598X-RAY DIFFRACTION98
1.4888-1.51590.12991370.08972613X-RAY DIFFRACTION98
1.5159-1.5450.13851370.07912601X-RAY DIFFRACTION98
1.545-1.57650.11051370.07782600X-RAY DIFFRACTION98
1.5765-1.61080.1271380.08132635X-RAY DIFFRACTION99
1.6108-1.64830.12671390.08242637X-RAY DIFFRACTION99
1.6483-1.68950.12721380.08382624X-RAY DIFFRACTION99
1.6895-1.73520.14621400.0852647X-RAY DIFFRACTION99
1.7352-1.78630.13221390.08412650X-RAY DIFFRACTION99
1.7863-1.84390.1421400.08642666X-RAY DIFFRACTION99
1.8439-1.90980.14281410.09142675X-RAY DIFFRACTION99
1.9098-1.98630.12321410.09242680X-RAY DIFFRACTION100
1.9863-2.07670.131420.09192686X-RAY DIFFRACTION100
2.0767-2.18620.12171420.09522696X-RAY DIFFRACTION100
2.1862-2.32320.12021430.09292722X-RAY DIFFRACTION100
2.3232-2.50250.14121440.10162735X-RAY DIFFRACTION100
2.5025-2.75430.12191440.10652734X-RAY DIFFRACTION100
2.7543-3.15280.12931440.11562751X-RAY DIFFRACTION100
3.1528-3.97190.15591480.12972812X-RAY DIFFRACTION100
3.9719-46.26180.17451580.15332985X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る