[日本語] English
万見
- PDB-5m63: Crystal structure of group B Streptococcus type III DP2 oligosacc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m63
タイトルCrystal structure of group B Streptococcus type III DP2 oligosaccharide bound to Fab NVS-1-19-5
要素
  • H chain of Fab NVS-1-19-5
  • L chain of Fab NVS-1-19-5
キーワードIMMUNE SYSTEM / GBS / Fab / oligosaccharide / vaccine
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-7GW
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Carboni, F. / Adamo, R. / Veggi, D. / Rappuoli, R. / Malito, E. / Margarit, I.R. / Berti, F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of a protective epitope of group B Streptococcus type III capsular polysaccharide.
著者: Carboni, F. / Adamo, R. / Fabbrini, M. / De Ricco, R. / Cattaneo, V. / Brogioni, B. / Veggi, D. / Pinto, V. / Passalacqua, I. / Oldrini, D. / Rappuoli, R. / Malito, E. / Margarit, I.Y.R. / Berti, F.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: H chain of Fab NVS-1-19-5
L: L chain of Fab NVS-1-19-5
M: H chain of Fab NVS-1-19-5
N: L chain of Fab NVS-1-19-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,48623
ポリマ－102,7304
非ポリマー4,75619
水2,414134
1
H: H chain of Fab NVS-1-19-5
L: L chain of Fab NVS-1-19-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,77412
ポリマ－51,3652
非ポリマー2,40910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
2
M: H chain of Fab NVS-1-19-5
N: L chain of Fab NVS-1-19-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,71211
ポリマ－51,3652
非ポリマー2,3479
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.341, 142.231, 144.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21M
12L
22N

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNALAALAHA20 - 24020 - 240
21GLNGLNALAALAMC20 - 24020 - 240
12VALVALASPASPLB24 - 23724 - 237
22VALVALASPASPND24 - 23724 - 237

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 HMLN

#1: 抗体 H chain of Fab NVS-1-19-5


分子量: 26189.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 L chain of Fab NVS-1-19-5


分子量: 25174.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1323.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4[DGalpb1-4DGlcpb1-6]DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-2-4-1-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1_c6-f1_d3-e2_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}[(6+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 149分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-7GW / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-2-[bis(oxidanyl)methyl]-5-(hydroxymethyl)oxolane-3,4-diol


分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Cadmium chloride hemi (pentahydrate), 30% (v/v) PEG 400, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6 (Structure Screen 1 & 2 HT-96; Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→49.02 Å / Num. obs: 36702 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 67.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.08093 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル解像度: 2.74→2.838 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7761 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JO1

4jo1


解像度: 2.74→49.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 41.711 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.648 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28218 1834 5 %RANDOM
Rwork0.23552 ---
obs0.23784 34868 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.74→49.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6480 0 316 134 6930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9939506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.928314626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5985.647927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.76524.737228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77715.4261080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6691518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217573
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5384.3253512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5384.3243511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7466.4814383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7466.4834384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4644.5323442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4644.5323442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4756.7545124
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.70349.2896908
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.68649.2976907
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H16324.82
22L15804.52
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.488 113 -
Rwork0.393 2454 -
obs--95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.149-0.11460.2871.29490.26731.01820.01030.04740.05080.4514-0.0671-0.11280.2711-0.26590.05670.5016-0.09370.00910.45570.04250.028220.478140.726152.1396
20.5622-0.0170.65620.56230.28891.95170.03310.19990.13960.19260.0252-0.2073-0.1585-0.1913-0.05830.41530.0768-0.03550.28760.08840.120322.625957.662550.6722
30.29130.21370.29520.7426-0.36041.1102-0.04-0.070.0279-0.29460.02210.01890.24760.12590.01790.50680.01910.02840.315-0.02390.006847.97343.16621.9633
40.41390.06760.36350.2114-0.34571.6503-0.0141-0.11360.114-0.06070.05470.0934-0.1187-0.0032-0.04060.4961-0.0453-0.01280.1895-0.00130.065441.247859.258619.4246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H20 - 446
2X-RAY DIFFRACTION2L24 - 457
3X-RAY DIFFRACTION3M20 - 482
4X-RAY DIFFRACTION4N24 - 453

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る