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- PDB-5m5q: COPS5(2-257) IN COMPLEX WITH A AZAINDOLE (COMPOUND 4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m5q
タイトルCOPS5(2-257) IN COMPLEX WITH A AZAINDOLE (COMPOUND 4)
要素COP9 signalosome complex subunit 5
キーワードHYDROLASE / METAL PROTEASE / COP9 SIGNALOSOME / HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / COP9 signalosome / protein neddylation / metal-dependent deubiquitinase activity ...macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / COP9 signalosome / protein neddylation / metal-dependent deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / regulation of JNK cascade / post-translational protein modification / translation initiation factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / metallopeptidase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle / Neddylation / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / translation / chromatin / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / : / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7K1 / COP9 signalosome complex subunit 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Renatus, M. / Altmann, E.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Azaindoles as Zinc-Binding Small-Molecule Inhibitors of the JAMM Protease CSN5.
著者: Altmann, E. / Erbel, P. / Renatus, M. / Schaefer, M. / Schlierf, A. / Druet, A. / Kieffer, L. / Sorge, M. / Pfister, K. / Hassiepen, U. / Jones, M. / Ruedisser, S. / Ostermeier, D. / ...著者: Altmann, E. / Erbel, P. / Renatus, M. / Schaefer, M. / Schlierf, A. / Druet, A. / Kieffer, L. / Sorge, M. / Pfister, K. / Hassiepen, U. / Jones, M. / Ruedisser, S. / Ostermeier, D. / Martoglio, B. / Jefferson, A.B. / Quancard, J.
履歴
登録2016年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6764
ポリマ－28,9511
非ポリマー7253
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.365, 102.365, 69.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 5 / Signalosome subunit 5 / Jun activation domain-binding protein 1


分子量: 28950.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS5, CSN5, JAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-7K1 / 1-[(3~{R})-3-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)morpholin-4-yl]-3-[2-(4-methyl-2-phenyl-phenyl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]propan-1-one


分子量: 541.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H31N5O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 35% MPD, 0.2M LiSO4, 0,1 M Mes pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 18226 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 57.66 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2.2→21.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 929 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 18206 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.1623 Å20 Å20 Å2
2---10.1623 Å20 Å2
3---20.3247 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1747 0 50 47 1844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011844HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.042492HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d626SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes258HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1844HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion224SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2021SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 143 4.9 %
Rwork0.242 2775 -
all0.246 2918 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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