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- PDB-5m5k: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m5k
タイトルS-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii in complex with adenosine and cordycepin
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / SAHase / SAH / SAM-dependent methylation / nitrogen fixation / symbiotic bacteria / NAD / conformational transition / molecular gate / adenosine / cordycepin
機能・相同性
機能・相同性情報


L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE / ACETATE ION / ADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium elkanii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Manszewski, T. / Mueller-Dieckamann, J. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用
ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: Crystallographic and SAXS studies of S-adenosyl-l-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii.
著者: Manszewski, T. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: An enzyme captured in two conformational states: crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii.
著者: Manszewski, T. / Singh, K. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: High-resolution structures of complexes of plant S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (Lupinus luteus).
著者: Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2008
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of plant S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (Lupinus luteus).
著者: Brzezinski, K. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Nat. Struct. Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure determination of selenomethionyl S-adenosylhomocysteine hydrolase using data at a single wavelength.
著者: Turner, M.A. / Yuan, C.S. / Borchardt, R.T. / Hershfield, M.S. / Smith, G.D. / Howell, P.L.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,14619
ポリマ－210,9494
非ポリマー4,19715
水26,8421490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28830 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area60420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.162, 176.283, 102.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase


分子量: 52737.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii (根粒菌) / 遺伝子: ahcY, BeSAHase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087WNH6, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 8種, 1505分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-3AD / 3'-DEOXYADENOSINE / コルジセピン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 16% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.223 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.223 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.82 Å / Num. obs: 168719 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 21.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16.62
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 5.08 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LVC

4lvc


解像度: 1.84→47.82 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.96
詳細: Riding H atoms were added. TLS parameters were included.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1917 1243 0.74 %RANDOM
Rwork0.1461 ---
obs0.1464 168719 98.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14489 0 282 1490 16261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01515309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38120761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2719229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8346-1.90810.27931220.239116520X-RAY DIFFRACTION89
1.9081-1.99490.24631380.198918509X-RAY DIFFRACTION99
1.9949-2.10010.25131390.167118728X-RAY DIFFRACTION100
2.1001-2.23170.20661390.153118730X-RAY DIFFRACTION100
2.2317-2.4040.19391390.145418768X-RAY DIFFRACTION100
2.404-2.64590.18091400.143118805X-RAY DIFFRACTION100
2.6459-3.02870.18991400.148518882X-RAY DIFFRACTION100
3.0287-3.81560.19951410.138318988X-RAY DIFFRACTION100
3.8156-47.83240.14851450.122119515X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94510.111-0.09421.8124-0.86131.15490.0242-0.0817-0.2051-0.1404-0.0189-0.05280.18620.034-0.00790.19720.0223-0.04240.13450.03840.352831.64881.790834.6784
21.94012.2035-0.27653.59620.06020.1690.0937-0.13030.20070.2227-0.14980.6763-0.0489-0.02540.06530.20850.0093-0.02490.23030.03870.361717.78711.648.7755
30.86410.0280.23711.16320.50731.3510.0436-0.0474-0.2108-0.0024-0.02180.03110.1061-0.1352-0.02310.1149-0.0176-0.02080.11430.03530.17359.859320.77228.3336
40.336-0.06190.01551.6838-0.06670.51960.0199-0.2097-0.17630.3044-0.0546-0.26470.02690.04360.02060.1926-0.0001-0.08940.2350.06330.276137.353822.906248.4672
50.79370.3849-0.12630.6202-0.03360.73510.0887-0.30040.1150.0967-0.0844-0.0178-0.06080.09760.01620.1649-0.02220.00170.2547-0.06940.12820.101758.471659.8692
60.51570.86510.11383.14930.89563.46040.1666-0.39640.06340.2317-0.2141-0.1838-0.21630.15530.03270.1873-0.0253-0.02790.4365-0.05040.165131.370257.01269.9759
70.06170.0303-0.15220.7763-0.06681.71770.0153-0.2522-0.00130.0825-0.0787-0.08140.22870.20380.0920.12520.0113-0.02680.28690.00070.136726.475344.261252.3032
81.38230.3952-0.09523.0857-0.16420.75630.0359-0.1211-0.00960.023-0.0145-0.2143-0.02840.077-0.0270.0915-0.0014-0.01650.1614-0.0170.127439.032647.679438.0159
90.37430.10640.00320.64590.01120.47790.0118-0.209-0.03020.0897-0.0206-0.01140.0198-0.02190.01790.130.0016-0.01020.19850.00630.098718.667441.427950.1819
100.69920.023-0.22140.94190.03820.9001-0.09490.2461-0.2042-0.25760.1073-0.2424-0.00810.0965-0.01460.259-0.07390.04930.2601-0.11270.248521.616520.6105-8.87
110.58940.20220.11020.54430.03390.4211-0.02870.1299-0.1271-0.130.04-0.14250.02910.0413-0.01380.1511-0.01580.02650.1444-0.04330.143127.325432.06398.595
122.7029-1.31931.21262.3426-1.21261.5167-0.00890.02270.11780.11620.0480.1883-0.2078-0.114-0.04870.2119-0.00680.02650.13870.00020.175525.197678.128512.0479
130.57940.1276-0.1450.37650.0310.332-0.00750.09290.0413-0.09040.01050.0132-0.0983-0.0524-0.01110.18060.0096-0.02250.1519-0.00820.1418.330656.076615.3221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 137 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 230 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 393 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 394 through 473 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 162 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 163 through 198 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 199 through 248 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 249 through 361 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 362 through 473 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 3 through 230 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 231 through 473 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 6 through 190 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 191 through 473 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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