PDB-5m5f: Thermolysin in complex with inhibitor and krypton

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m5f

タイトル

Thermolysin in complex with inhibitor and krypton

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: How Nothing Boosts Affinity: Hydrophobic Ligand Binding to the Virtually Vacated S1' Pocket of Thermolysin.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m5f.cif.gz	207 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m5f.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5m5f_validation.pdf.gz	903.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m5f_full_validation.pdf.gz	904.7 KB	表示
XML形式データ	5m5f_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5m5f_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/5m5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/5m5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lvdC 5m69C 5m9wC 5ma7C 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sbk-d 3t8h-d 4n66-d 3t8d-d 5onr-d 4mtw-d 3do1-d 5t9k-d 6yi6-d 5js3-d 5wr2-d 6d5t-d 5taj-d 4n5p-d 5lif-d 5fxn-d 4n4e-d 5dpf-d 5tae-d 4mxj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.428, 92.428, 130.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-769- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 7種, 398分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-7GR / (2~{S})-4-methyl-2-[2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]ethanoylamino]pentanoic acid 分子量: 415.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₆N₃O₇P
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-KR / KRYPTON 分子量: 83.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.8594 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月5日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8594 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 75575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 25.98
反射シェル	解像度: 1.33→1.41 Å / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 6.26 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.33→43.552 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1387	3779	5 %
R_work	0.1113	-	-
obs	0.1127	75575	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→43.552 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2416	0	63	384	2863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2621
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.169	3582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.079	901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3301-1.3469	0.1704	135	0.1205	2564	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3469-1.3647	0.1489	138	0.1083	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3647-1.3834	0.1222	137	0.0995	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3834-1.4031	0.1237	139	0.1004	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4031-1.4241	0.1444	137	0.0954	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4241-1.4463	0.1487	138	0.1001	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4463-1.47	0.1424	137	0.0952	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.4954	0.1455	139	0.0928	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4954-1.5226	0.1443	138	0.093	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5226-1.5519	0.1185	138	0.0905	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5519-1.5835	0.1557	139	0.0887	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5835-1.618	0.1392	138	0.0911	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.618-1.6556	0.1138	138	0.0909	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6556-1.697	0.1463	139	0.0931	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.697-1.7429	0.1302	139	0.094	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7429-1.7942	0.1471	140	0.0933	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7942-1.8521	0.1229	139	0.0975	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8521-1.9183	0.1353	140	0.0978	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9183-1.9951	0.1272	139	0.0996	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9951-2.0859	0.1241	140	0.1009	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0859-2.1959	0.1215	142	0.0995	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1959-2.3334	0.1226	141	0.0991	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3334-2.5136	0.124	141	0.1071	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5136-2.7665	0.1219	143	0.1091	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7665-3.1667	0.1343	143	0.1179	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1667-3.9893	0.1375	146	0.1367	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9893-43.5749	0.1893	156	0.1535	2949	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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