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- PDB-5m5e: Crystal structure of a interleukin-2 variant in complex with inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m5e
タイトルCrystal structure of a interleukin-2 variant in complex with interleukin-2 receptor
要素
  • Cytokine receptor common subunit gamma
  • Interleukin-2
  • Interleukin-2 receptor subunit beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / Interleukine-2 / interleukine-2 receptor / cytokine / interleukine-2 variant
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding ...mature B cell differentiation / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T cell differentiation in thymus / interleukin-7-mediated signaling pathway / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / leukocyte activation involved in immune response / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / kinase activator activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / natural killer cell activation / : / Interleukin-15 signaling / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine binding / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / Interleukin-7 signaling / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / T cell differentiation in thymus / gene expression / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / receptor complex / cell adhesion / endosome / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / : / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 ...Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / : / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / alpha-D-mannopyranose / Interleukin-2 receptor subunit beta / Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Klein, C. / Freimoser-Grundschober, A. / Waldhauer, I. / Stihle, M. / Birk, M. / Benz, J.
引用ジャーナル: Oncoimmunology / 年: 2017
タイトル: Cergutuzumab amunaleukin (CEA-IL2v), a CEA-targeted IL-2 variant-based immunocytokine for combination cancer immunotherapy: Overcoming limitations of aldesleukin and conventional IL-2-based immunocytokines.
著者: Klein, C. / Waldhauer, I. / Nicolini, V.G. / Freimoser-Grundschober, A. / Nayak, T. / Vugts, D.J. / Dunn, C. / Bolijn, M. / Benz, J. / Stihle, M. / Lang, S. / Roemmele, M. / Hofer, T. / van ...著者: Klein, C. / Waldhauer, I. / Nicolini, V.G. / Freimoser-Grundschober, A. / Nayak, T. / Vugts, D.J. / Dunn, C. / Bolijn, M. / Benz, J. / Stihle, M. / Lang, S. / Roemmele, M. / Hofer, T. / van Puijenbroek, E. / Wittig, D. / Moser, S. / Ast, O. / Brunker, P. / Gorr, I.H. / Neumann, S. / de Vera Mudry, M.C. / Hinton, H. / Crameri, F. / Saro, J. / Evers, S. / Gerdes, C. / Bacac, M. / van Dongen, G. / Moessner, E. / Umana, P.
履歴
登録2016年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns_shell / Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Interleukin-2 receptor subunit beta
C: Cytokine receptor common subunit gamma
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,10215
ポリマ－75,0413
非ポリマー3,06112
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.965, 127.965, 135.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 BCD

#1: タンパク質 Interleukin-2 receptor subunit beta / IL-2RB / High affinity IL-2 receptor subunit beta / p70-75 / p75


分子量: 26638.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RB / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14784
#2: タンパク質 Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2 receptor subunit gamma / IL-2RG / gammaC / p64


分子量: 30220.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2RG / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31785
#3: タンパク質 Interleukin-2


分子量: 18182.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60568*PLUS

-
糖 , 5種, 7分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 177分子

#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.0, 2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→111.07 Å / Num. obs: 55462 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.1 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 8.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2erj

2erj


解像度: 2.3→111.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.001 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23487 2812 5.1 %RANDOM
Rwork0.19874 ---
obs0.20053 52650 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å2-0 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→111.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4271 0 194 172 4637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9786268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91539725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3195512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09824.163221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16215757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6981528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1774.5112066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1774.5092065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7556.7382572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7546.7412573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4774.8532529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4774.8512528
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2187.1653697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.23783.10817999
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.23883.12117920
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 189 -
Rwork0.378 3887 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06470.40320.10030.34210.25710.31440.01990.02950.07850.0371-0.06840.0486-0.0228-0.06510.04850.1021-0.02120.00210.05940.00540.04344.6559-29.252235.184
20.8436-0.3829-0.84690.66631.12862.0052-0.0220.0141-0.0093-0.0251-0.00610.0280.0154-0.02210.0280.1041-0.0653-0.01590.0819-0.00940.011936.7885-58.12129.452
30.3131-0.135-0.48911.13020.36512.38750.00430.08350.00290.045-0.0211-0.05750.0011-0.14610.01680.041-0.0090.010.07990.01340.012958.0256-41.001810.7183
400000000000000-00.0669000.066900.0669000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B6 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2C33 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3D4 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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