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万見
- PDB-5m57: Nek2 bound to arylaminopurine 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m57
タイトルNek2 bound to arylaminopurine 6
要素Serine/threonine-protein kinase Nek2
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase / inhibitor / centrosome separation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome separation / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of mitotic centrosome separation / regulation of mitotic nuclear division / : / positive regulation of telomere capping / blastocyst development / mitotic spindle assembly / spindle assembly ...negative regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome separation / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of mitotic centrosome separation / regulation of mitotic nuclear division / : / positive regulation of telomere capping / blastocyst development / mitotic spindle assembly / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / AURKA Activation by TPX2 / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / midbody / protein phosphatase binding / protein autophosphorylation / microtubule / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / nucleolus / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4SP / Serine/threonine-protein kinase Nek2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bayliss, R.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2017
タイトル: Structure-guided design of purine-based probes for selective Nek2 inhibition.
著者: Coxon, C.R. / Wong, C. / Bayliss, R. / Boxall, K. / Carr, K.H. / Fry, A.M. / Hardcastle, I.R. / Matheson, C.J. / Newell, D.R. / Sivaprakasam, M. / Thomas, H. / Turner, D. / Yeoh, S. / Wang, L. ...著者: Coxon, C.R. / Wong, C. / Bayliss, R. / Boxall, K. / Carr, K.H. / Fry, A.M. / Hardcastle, I.R. / Matheson, C.J. / Newell, D.R. / Sivaprakasam, M. / Thomas, H. / Turner, D. / Yeoh, S. / Wang, L.Z. / Griffin, R.J. / Golding, B.T. / Cano, C.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Nek2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0352
ポリマ－32,6321
非ポリマー4021
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.733, 73.595, 75.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Nek2 / HSPK 21 / Never in mitosis A-related kinase 2 / NimA-related protein kinase 2 / NimA-like protein kinase 1


分子量: 32632.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEK2, NEK2A, NLK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51955, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-4SP / O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE / NU-6102


分子量: 402.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N6O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3 % PEG 8000, 50 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→73.5 Å / Num. obs: 14309 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W5A

2w5a


解像度: 2.3→52.664 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 704 4.93 %
Rwork0.2186 --
obs0.2213 14267 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→52.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2065 0 28 40 2133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2362899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.419787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.47760.30041380.24632477X-RAY DIFFRACTION92
2.4776-2.72690.29021450.23772725X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-3.12150.27591320.23462734X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.93250.29451310.22012786X-RAY DIFFRACTION100
3.9325-52.67740.25411580.20392841X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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