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万見
- PDB-5m50: Mechanism of microtubule minus-end recognition and protection by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m50
タイトルMechanism of microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins
要素
  • Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CAMSAP CKK Microtubule Tubulin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of organelle organization / zonula adherens maintenance / microtubule minus-end / protein transport along microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...regulation of organelle organization / zonula adherens maintenance / microtubule minus-end / protein transport along microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / microtubule anchoring / regulation of Golgi organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule minus-end binding / RHO GTPases Activate Formins / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cilium movement / Aggrephagy / epithelial cell-cell adhesion / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / zonula adherens / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of axon guidance / motile cilium / regulation of focal adhesion assembly / spectrin binding / regulation of microtubule polymerization / axoneme / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cell migration / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / actin filament binding / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / in utero embryonic development / microtubule / calmodulin binding / hydrolase activity / cilium / ciliary basal body / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CAMSAP, spectrin and Ca2+/calmodulin-binding region / Spectrin-binding region of Ca2+-Calmodulin / CKK domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein / CKK domain superfamily / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / CKK domain profile. / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain ...CAMSAP, spectrin and Ca2+/calmodulin-binding region / Spectrin-binding region of Ca2+-Calmodulin / CKK domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein / CKK domain superfamily / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / CKK domain profile. / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / PRC-barrel-like superfamily / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Tubulin alpha chain / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Akhmanova, A. / Moores, C.A. / Baldus, M. / Steinmetz, M.O. / Topf, M. / Roberts, A.J. / Grant, B.J. / Scarabelli, G. / Joseph, A.-P. / van Hooff, J.J.E. ...Akhmanova, A. / Moores, C.A. / Baldus, M. / Steinmetz, M.O. / Topf, M. / Roberts, A.J. / Grant, B.J. / Scarabelli, G. / Joseph, A.-P. / van Hooff, J.J.E. / Houben, K. / Hua, S. / Luo, Y. / Stangier, M.M. / Jiang, K. / Atherton, J.
資金援助 英国, 米国, オランダ, スイス, 6件
組織認可番号国
European Research CouncilMR/J000973/1 英国
European Research CouncilMR/M019292/1 英国
Wellcome Trust104196/Z/14/Z 英国
National Institutes of HealthR01GM070862 米国
NWO718.015.001 オランダ
Swiss National Science Foundation310030B_138659 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: A structural model for microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins.
著者: Joseph Atherton / Kai Jiang / Marcel M Stangier / Yanzhang Luo / Shasha Hua / Klaartje Houben / Jolien J E van Hooff / Agnel-Praveen Joseph / Guido Scarabelli / Barry J Grant / Anthony J ...著者: Joseph Atherton / Kai Jiang / Marcel M Stangier / Yanzhang Luo / Shasha Hua / Klaartje Houben / Jolien J E van Hooff / Agnel-Praveen Joseph / Guido Scarabelli / Barry J Grant / Anthony J Roberts / Maya Topf / Michel O Steinmetz / Marc Baldus / Carolyn A Moores / Anna Akhmanova /
要旨: CAMSAP and Patronin family members regulate microtubule minus-end stability and localization and thus organize noncentrosomal microtubule networks, which are essential for cell division, polarization ...CAMSAP and Patronin family members regulate microtubule minus-end stability and localization and thus organize noncentrosomal microtubule networks, which are essential for cell division, polarization and differentiation. Here, we found that the CAMSAP C-terminal CKK domain is widely present among eukaryotes and autonomously recognizes microtubule minus ends. Through a combination of structural approaches, we uncovered how mammalian CKK binds between two tubulin dimers at the interprotofilament interface on the outer microtubule surface. In vitro reconstitution assays combined with high-resolution fluorescence microscopy and cryo-electron tomography suggested that CKK preferentially associates with the transition zone between curved protofilaments and the regular microtubule lattice. We propose that minus-end-specific features of the interprotofilament interface at this site serve as the basis for CKK's minus-end preference. The steric clash between microtubule-bound CKK and kinesin motors explains how CKK protects microtubule minus ends against kinesin-13-induced depolymerization and thus controls the stability of free microtubule minus ends.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4154
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Tubulin alpha chain
E: Tubulin beta-2B chain
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,54213
ポリマ－206,8535
非ポリマー3,6898
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17760 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area68240 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 DAEBC

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 48769.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F2Z4C1, UniProt: P81947*PLUS
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 47940.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3 / Protein Nezha


分子量: 13431.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Camsap3, Kiaa1543 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80VC9

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非ポリマー , 5種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domainCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2tubulinCOMPLEX#1-#21NATURAL
3CAMSAP3-CKK domainCOMPLEX#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bos taurus (ウシ)9913
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: BRB80
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 13pf Microtubules
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
詳細: 25e-/A2 used in final reconstuctions

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
9SPIDER初期オイラー角割当
10FREALIGN最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6530
詳細: Gold-standard noise substitution test used to asses for over fitting (Chen et al., 2013)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415009
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.77720402
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9979009
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482222
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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