[日本語] English
万見
- PDB-6quy: NgCKK (N.Gruberi CKK) decorated 13pf taxol-GDP microtubule -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6quy
タイトルNgCKK (N.Gruberi CKK) decorated 13pf taxol-GDP microtubule
要素
  • CKK domain protein
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Microtubule CAMSAP Calmodulin-regulated spectrum-associated proteins CKK Cryo-EM Cryo-Electron Microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly ...odontoblast differentiation / Post-chaperonin tubulin folding pathway / Cilium Assembly / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / GTPase activating protein binding / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / MHC class I protein binding / Recycling pathway of L1 / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule-based process / intercellular bridge / Hedgehog 'off' state / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cytoplasmic microtubule / spindle assembly / COPI-mediated anterograde transport / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cellular response to interleukin-4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / AURKA Activation by TPX2 / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / PKR-mediated signaling / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / HCMV Early Events / Aggrephagy / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / cell body / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / calmodulin binding / cilium / protein domain specific binding / membrane raft / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CKK domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein / CKK domain superfamily / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / CKK domain profile. / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / PRC-barrel-like superfamily / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain ...CKK domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein / CKK domain superfamily / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / CKK domain profile. / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / PRC-barrel-like superfamily / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Predicted protein / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Atherton, J.M. / Luo, Y. / Xiang, S. / Yang, C. / Jiang, K. / Stangier, M. / Vemu, A. / Cook, A. / Wang, S. / Roll-Mecak, A. ...Atherton, J.M. / Luo, Y. / Xiang, S. / Yang, C. / Jiang, K. / Stangier, M. / Vemu, A. / Cook, A. / Wang, S. / Roll-Mecak, A. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A. / Baldus, M. / Moores, C.A.
資金援助 英国, オランダ, スイス, 6件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R000352/1 英国
722.016.002 オランダ
175.010.2009.002 オランダ
718.015.001 オランダ
184.032.207 オランダ
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural determinants of microtubule minus end preference in CAMSAP CKK domains.
著者: Joseph Atherton / Yanzhang Luo / Shengqi Xiang / Chao Yang / Ankit Rai / Kai Jiang / Marcel Stangier / Annapurna Vemu / Alexander D Cook / Su Wang / Antonina Roll-Mecak / Michel O Steinmetz / ...著者: Joseph Atherton / Yanzhang Luo / Shengqi Xiang / Chao Yang / Ankit Rai / Kai Jiang / Marcel Stangier / Annapurna Vemu / Alexander D Cook / Su Wang / Antonina Roll-Mecak / Michel O Steinmetz / Anna Akhmanova / Marc Baldus / Carolyn A Moores /
要旨: CAMSAP/Patronins regulate microtubule minus-end dynamics. Their end specificity is mediated by their CKK domains, which we proposed recognise specific tubulin conformations found at minus ends. To ...CAMSAP/Patronins regulate microtubule minus-end dynamics. Their end specificity is mediated by their CKK domains, which we proposed recognise specific tubulin conformations found at minus ends. To critically test this idea, we compared the human CAMSAP1 CKK domain (HsCKK) with a CKK domain from Naegleria gruberi (NgCKK), which lacks minus-end specificity. Here we report near-atomic cryo-electron microscopy structures of HsCKK- and NgCKK-microtubule complexes, which show that these CKK domains share the same protein fold, bind at the intradimer interprotofilament tubulin junction, but exhibit different footprints on microtubules. NMR experiments show that both HsCKK and NgCKK are remarkably rigid. However, whereas NgCKK binding does not alter the microtubule architecture, HsCKK remodels its microtubule interaction site and changes the underlying polymer structure because the tubulin lattice conformation is not optimal for its binding. Thus, in contrast to many MAPs, the HsCKK domain can differentiate subtly specific tubulin conformations to enable microtubule minus-end recognition.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32021年2月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: em_entity_assembly_naturalsource / Item: _em_entity_assembly_naturalsource.organism
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4644
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
W: CKK domain protein
H: Tubulin beta chain
G: Tubulin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,41213
ポリマ－220,7235
非ポリマー3,6898
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18510 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area67210 Å2
手法PISA

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 5分子 ACWHG

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GTP / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: tsa201 / 組織: Embryonic kidney / 参照: UniProt: P68363
#2: タンパク質 CKK domain protein


分子量: 20879.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
遺伝子: NAEGRDRAFT_50049 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2VJG4
#3: タンパク質 Tubulin beta chain / Tubulin beta-5 chain


分子量: 49717.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GDP Taxol / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: tsa201 / 組織: embryonic kidney / 参照: UniProt: P07437

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1NgCKK (N.Gruberi CKK) decorated 13pf taxol-GDP microtubuleCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2tubulinCOMPLEX#1, #31NATURAL
3N.Gruberi CKKCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)5762
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: BRB20
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
詳細: dose weighted images used in final reconstructions

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27635 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00645800
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89162264
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.2527504
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0566920
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0078330

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る