[日本語] English
万見
- PDB-5m4s: Transcription factor TFIIA as a single chain protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4s
タイトルTranscription factor TFIIA as a single chain protein
要素Transcription initiation factor IIA subunit 2,Transcription initiation factor IIA subunit 1,Transcription initiation factor IIA subunit 1
キーワードTRANSCRIPTION / TFIID / TFIIA / single chain
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / transcription preinitiation complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance ...transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / transcription preinitiation complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / cell junction / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Kandiah, E. / Gupta, K.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Architecture of TAF11/TAF13/TBP complex suggests novel regulation properties of general transcription factor TFIID.
著者: Gupta, K. / Watson, A.A. / Baptista, T. / Scheer, E. / Chambers, A.L. / Koehler, C. / Zou, J. / Obong-Ebong, I. / Kandiah, E. / Temblador, A. / Round, A. / Forest, E. / Man, P. / Bieniossek, ...著者: Gupta, K. / Watson, A.A. / Baptista, T. / Scheer, E. / Chambers, A.L. / Koehler, C. / Zou, J. / Obong-Ebong, I. / Kandiah, E. / Temblador, A. / Round, A. / Forest, E. / Man, P. / Bieniossek, C. / Laue, E.D. / Lemke, E.A. / Rappsilber, J. / Robinson, C.V. / Devys, D. / Tora, L. / Berger, I.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor IIA subunit 2,Transcription initiation factor IIA subunit 1,Transcription initiation factor IIA subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1341
ポリマ－24,1341
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.312, 123.312, 34.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2,Transcription initiation factor IIA subunit 1,Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIAS / Transcription initiation ...General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIAS / Transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma / General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa subunit / TFIIA-42 / General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa subunit / TFIIA-42


分子量: 24134.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2, GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52657, UniProt: P52655
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20mM Tris (8.0), 1mM DTT, 0.5mM EDTA and 25mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→53.4 Å / Num. obs: 12483 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.38→2.52 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0085精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→40.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.606 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.225
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 601 4.8 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1864 11859 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.18 Å2 / Biso mean: 38.444 Å2 / Biso min: 15.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→40.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 0 50 1739
Biso mean---34.16 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0881.9432331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7075208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8125.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.815317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021300
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 46 -
Rwork0.274 854 -
all-900 -
obs--99.89 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る