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万見
- PDB-5m4o: Crystal structure of hydroquinone 1,2-dioxygenase from Sphingomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m4o
タイトルCrystal structure of hydroquinone 1,2-dioxygenase from Sphingomonas sp. TTNP3 in complex with 4-nitrophenol
要素
  • Hydroquinone dioxygenase large subunit
  • Hydroquinone dioxygenase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / CUPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit, N-terminal / Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit N-terminal / RmlC-like cupin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / P-NITROPHENOL / Hydroquinone dioxygenase small subunit / Hydroquinone dioxygenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas sp. TTNP3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Da Vela, S. / Scozzafava, A. / Kolvenbach, B. / Corvini, P.F.X.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: The crystal structures of native hydroquinone 1,2-dioxygenase from Sphingomonas sp. TTNP3 and of substrate and inhibitor complexes.
著者: Ferraroni, M. / Da Vela, S. / Kolvenbach, B.A. / Corvini, P.F. / Scozzafava, A.
履歴
登録2016年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroquinone dioxygenase small subunit
B: Hydroquinone dioxygenase large subunit
C: Hydroquinone dioxygenase small subunit
D: Hydroquinone dioxygenase large subunit
E: Hydroquinone dioxygenase small subunit
F: Hydroquinone dioxygenase large subunit
G: Hydroquinone dioxygenase small subunit
H: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,02216
ポリマ－227,2428
非ポリマー7808
水19,3841076
1
C: Hydroquinone dioxygenase small subunit
D: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子

A: Hydroquinone dioxygenase small subunit
B: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0118
ポリマ－113,6214
非ポリマー3904
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
2
A: Hydroquinone dioxygenase small subunit
B: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子

C: Hydroquinone dioxygenase small subunit
D: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0118
ポリマ－113,6214
非ポリマー3904
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area16340 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area34540 Å2
手法PISA
3
E: Hydroquinone dioxygenase small subunit
F: Hydroquinone dioxygenase large subunit
G: Hydroquinone dioxygenase small subunit
H: Hydroquinone dioxygenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0118
ポリマ－113,6214
非ポリマー3904
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15740 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area35230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.992, 125.982, 92.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hydroquinone dioxygenase small subunit


分子量: 18571.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hydroquinone 1,2-dioxygenase small subunit / 由来: (天然) Sphingomonas sp. TTNP3 (バクテリア)
参照: UniProt: F8TW82, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: タンパク質
Hydroquinone dioxygenase large subunit


分子量: 38238.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hydroquinone 1,2-dioxygenase large subunit / 由来: (天然) Sphingomonas sp. TTNP3 (バクテリア)
参照: UniProt: F8TW83, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1076 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG 3350, 0.35 M MgCl2 and 0.1 M Mes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.7 Å / Num. obs: 112445 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.04 % / Biso Wilson estimate: 33.313 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 6.54
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.230.8831.560.636194.7
2.23-2.380.6182.210.8199
2.38-2.570.4352.990.887198.9
2.57-2.810.284.210.941199.1
2.81-3.140.1816.40.972199.3
3.14-3.620.11810.160.987199.3
3.62-4.420.08314.470.991199.2
4.42-6.180.07316.290.99198.4
6.18-29.6970.06518.810.993198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→29.697 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 9.347 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.21 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 5436 4.8 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.191 106980 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.25 Å2 / Biso mean: 33.931 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å20 Å20.61 Å2
2---1.86 Å20 Å2
3---4.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15329 0 44 1076 16449
Biso mean--35.41 37.06 -
残基数----1971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01915813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.93521499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25751978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65923.397789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.899152362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.58815129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2893.3547894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0995.029857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7033.4087919
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 398 -
Rwork0.353 7154 -
all-7552 -
obs--90 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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