PDB-5m4l: Crystal Structure of Wild-Type Human Prolidase with Mg ions and L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m4l

タイトル

Crystal Structure of Wild-Type Human Prolidase with Mg ions and LeuPro ligand

要素

Xaa-Pro dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / prolidase / peptidase / hydrolysis / pita-bread / metalloenzyme / hydroxide ion

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / amino acid metabolic process / negative regulation of programmed cell death / metalloaminopeptidase activity / collagen catabolic process / metallocarboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Wilk, P. / Weiss, M.S. / Mueller, U. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Substrate specificity and reaction mechanism of human prolidase.
著者: Wilk, P. / Uehlein, M. / Kalms, J. / Dobbek, H. / Mueller, U. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.4	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m4l.cif.gz	415.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m4l.ent.gz	339.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5m4l_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5m4l_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	5m4l_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	5m4l_validation.cif.gz	79 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/5m4l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5m4gC 5m4jC 5m4qC 2okn C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mc3-d 5mc1-d 3l24-2 6h2q-d 5m4j-d 3rva-1 4zwp-d 4zwu-d 5mc5-d 6h2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m35m4l / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Xaa-Pro dipeptidase

B: Xaa-Pro dipeptidase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.605, 106.839, 216.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-677- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND SEGID
2	1	1	CHAIN B AND SEGID

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase 分子量: 53799.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

#1: タンパク質

Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Peptidase D / Proline dipeptidase / Prolidase

分子量: 53799.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEPD, PRD / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P12955, Xaa-Pro dipeptidase

-
非ポリマー , 7種, 1169分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10mM NaBorate, 690-760mM NaCitrate / PH範囲: 7.6-8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月3日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator Si-11 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→47.925 Å / Num. obs: 193948 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.96 % / B_iso Wilson estimate: 18.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 18.29
反射シェル	解像度: 1.49→1.58 Å / R_merge(I) obs: 1.177 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

解像度: 1.49→46.75 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.171	2101	1.08 %
R_work	0.146	-	-
obs	0.146	193926	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→46.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7542	0	81	1151	8774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7976
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.222	10812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.98	2962
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1417

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5532	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5532	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4921-1.5268	0.3937	137	0.3364	12462	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5268-1.565	0.3111	138	0.2907	12686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.565-1.6073	0.2638	140	0.265	12711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6073-1.6546	0.2605	139	0.235	12758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6546-1.708	0.2553	139	0.2133	12668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.708-1.7691	0.2378	140	0.1964	12766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7691-1.8399	0.1934	139	0.1825	12734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8399-1.9237	0.2119	140	0.1635	12739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9237-2.0251	0.1866	140	0.144	12785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0251-2.152	0.1677	140	0.1329	12778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.152-2.3181	0.1578	140	0.1249	12818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3181-2.5514	0.1745	141	0.1258	12842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5514-2.9205	0.1304	140	0.1266	12855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9205-3.6793	0.1648	142	0.1186	12965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6793-46.7702	0.1252	146	0.1261	13258	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1649	-0.1009	-0.0117	0.6856	0.1563	0.354	0.0174	0.0217	-0.0351	-0.0745	0.0316	-0.3112	-0.0031	0.0289	0.0082	0.1564	-0.0067	0.0238	0.1771	-0.0016	0.2296	39.9008	27.7719	70.9825
2	0.7473	-0.3042	0.032	0.9786	0.1166	0.2484	-0.0038	0.0278	-0.0349	-0.0676	0.0594	-0.2766	0.0118	0.0341	0.0026	0.147	0.0013	0.006	0.1738	-0.0036	0.2186	39.0298	28.7347	72.4001
3	0.6039	-0.24	-0.0802	1.0805	0.1222	0.1735	-0.0112	0.0006	0.1342	-0.0396	0.0165	0.0806	-0.0354	-0.0272	-0	0.1632	0.0173	-0.0176	0.1769	0.0154	0.1855	15.413	46.0969	74.9506
4	0.1065	0.1272	0.0598	0.4465	-0.1471	0.1515	-0.0991	-0.0854	0.0836	0.1666	0.0247	0.2357	-0.0043	-0.0224	-0	0.2184	0.0398	0.0378	0.2229	-0.0187	0.2816	7.5694	55.6426	84.6254
5	0.206	-0.0036	-0.0029	0.4703	0.0551	0.0752	0.0981	0.1612	0.1476	-0.2333	-0.0721	0.1778	-0.0794	-0.0575	0.0127	0.2173	0.0329	-0.047	0.2296	0.0448	0.2074	11.9628	45.8428	63.6979
6	0.5148	-0.2103	0.0671	0.8043	0.0311	0.3918	-0.0444	-0.0466	0.0518	0.3892	0.0691	0.1078	-0.0755	-0.0495	0.0318	0.3049	0.0237	0.0414	0.1824	0.0165	0.1134	14.0872	23.161	99.7335
7	0.3888	-0.0605	-0.0582	0.0222	0.0367	0.4361	-0.0701	-0.1152	-0.0717	0.411	0.0586	-0.0508	-0.097	0.0256	-0.185	0.4297	0.0231	-0.053	0.2193	0.0255	0.1221	22.8471	14.6302	103.9361
8	0.0982	-0.1896	0.0447	0.758	0.152	0.1199	0.0287	0.0525	-0.0945	-0.0499	-0.0228	0.1136	-0.005	-0.058	-0	0.1601	-0.0052	-0.0188	0.1914	-0.013	0.1766	14.0051	8.3916	70.576
9	0.37	-0.0961	0.0276	0.4314	-0.0786	0.3898	-0.0323	-0.0178	-0.188	0.24	0.06	0.0146	0.1817	0.052	0.0533	0.1557	-0.0001	-0.0114	0.1116	0.0076	0.1411	22.6018	-7.8927	82.3436
10	0.1294	0.1294	0.0537	0.3726	-0.1688	0.199	0.0547	-0.0197	-0.1849	0.0327	-0.0084	-0.1553	-0	0.1014	0.0131	0.1378	0.0097	-0.0126	0.2119	-0.041	0.2531	30.2125	-8.8093	67.8808
11	0.2857	-0.1026	-0.0683	0.4456	0.0659	0.1547	-0.0322	0.1459	-0.2035	-0.011	-0.0856	0.248	0.0665	-0.121	-0.0638	0.1516	-0.0129	-0.0259	0.2225	-0.0196	0.2291	8.2895	2.7914	70.5337
12	0.0005	0.0061	0.0015	0.3004	0.08	0.0222	-0.0517	-0.0052	-0.0173	0.0088	-0.0269	0.0051	0.0408	0.009	-0.0003	0.2909	0.0267	-0.0366	0.5652	-0.0698	0.5357	19.2585	42.0649	78.6053
13	0.033	-0.1039	-0.0026	0.3422	0.008	0.0021	0.0556	0.03	0.038	-0.0128	0.052	0.0153	0.0174	0.0044	0.0004	0.4125	0.0296	-0.1271	0.5952	-0.1041	0.5343	22.3304	5.2954	78.722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 102 THROUGH 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 213 THROUGH 407 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 408 THROUGH 443 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 444 THROUGH 489 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 6 THROUGH 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 156 THROUGH 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 189 THROUGH 319 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 320 THROUGH 407 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 408 THROUGH 443 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 444 THROUGH 489 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 2 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 2 )

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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